A bord d'un navire Klingon, un guerrier incite ses semblables à réconcilier les 24 maisons rivales de l’Empire : il veut qu'une guerre contre la Fédération soit menée.

Sur la planète désertique des Crepusculiens, le Capitaine Philippa Georgiou, du navire Shenzhou de Starfleet, et son Premier Officier, le xéno anthropologue Michael Burnham, tentent de remédier à la terrible sécheresse frappant la planète.

Elles recherchent un puits asséché afin de le réactiver pour sauver les Crépusculiens. Leur tâche accomplie, elles sont ensuite téléportées à bord du Shenzhou.

Quelques temps plus tard, l'équipage de l’USS Shenzhou enquête sur un relais interstellaire endommagé en orbite d'un système d'étoiles binaires. Saru détecte un objet d’origine inconnue, émettant un champ de dispersion, pouvant être à l’origine des dégradations.

Equipée d’une combinaison spatiale à propulsion, Michael Burnham se dirige vers cet objet pour en apprendre plus sur ses origines.

Sur cette structure elle est attaquée par un Guerrier Klingon nommé Rejac, qu'elle tue involontairement, puis elle dérive inconsciente dans l’espace avant d’être récupérée par le Shenzhou.

Burnham reprend conscience 3 heures plus tard et avertit le Capitaine Philippa Georgiou de la présence de Klingons, une race guerrière avec laquelle la Fédération des Planètes Unies n'a pas eu de contact depuis cent ans.

A bord d'un navire occulté, un groupe de Klingons, conduit par T'Kuvma, pleure la mort de Rejac. L'un des Klingons, Voq, se propose pour être son remplaçant…

Passé en alerte rouge, les armes du vaisseau de la Fédération sont activées. Le vaisseau Klingon se désoculte, mais reste silencieux. Une puissante activité électromagnétique traverse le Shenzhou quelques instants plus tard.

Burnham s’isole pour entrer en contact avec son père adoptif Vulcain, Sarek, qui lui suggère de se préparer au combat. Elle rapporte les informations obtenues au Capitaine et lui demande d’attaquer les Klingons mais Georgiou préfère la voie diplomatique.

Alors qu’elles s’expliquent dans le bureau du Capitaine, Burnham étourdit Georgiou et se rend sur la passerelle pour donner l’ordre d’ouvrir le feu sur le vaisseau Klingon.

Georgiou arrive alors plus rapidement que prévu pour suspendre cet ordre tout en menaçant son Premier Officier d’un phaser…

A cet instant précis, de nombreux spationefs Klingons, appelé par Voq sortent de vitesse de distorsion et font face au Shenzhou…