Après la défaite de la Bataille des Étoiles Binaires qui a marqué le début de la guerre avec l'Empire Klingon, et la mort de T'Kuvma, qui est devenu un martyr pour lequel les Klingons se battront sans fin, Michael Burnham est condamné à la prison à vie pour sa mutinerie.

Six mois après le début de sa peine, Burnham subit un transfert de prison inattendu lorsqu'une urgence oblige sa navette à être secourue par l'USS Discovery.

Passant plusieurs jours sur le navire, Burnham reçoit l'ordre de son Capitaine, le mystérieux Gabriel Lorca, de participer à une mission scientifique. Burnham surprend le Lieutenant Paul Stamets, un astromycologue qui dirige cette mission, discuter d'une expérience à venir avec un collègue servant sur un autre vaisseau spatial.

Lorca est bientôt informé d'un évènement dramatique survenu sur le navire jumeau du Discovery, l'USS Glenn, qui a tué de nombreux membres de l'équipage. Stamets reçoit l’ordre de diriger une Away Team pour enquêter sur les causes de ces incidents à bord du Glen.

L’Away Team trouve l'ensemble de l’équipage de l'USS Glen mort et affreusement mutilé, ainsi qu'un groupe de Klingons tué par une créature inconnue. Burnham, faisant partie du groupe protège ses collègues des violentes attaques de cette créature ressemblant à un reptile.

Lorsqu'elle revient à bord du Discovery, Lorca demande à Burnham de travailler pour lui malgré sa condamnation, expliquant qu'il a organisé les circonstances qui l'ont amenée à lui afin qu'elle puisse aider à développer un nouveau système de propulsion biologique expérimental à base de spores. Cette motorisation permet des sauts dans l’espace sur de nombreuses années-lumière en quelques secondes et a été testé avec succès sur le Glen avant qu’une expérience n’échoue.

Ayant jugé favorablement le comportement de Burnham pendant la bataille dans le système stellaire binaire, Lorcal la convainc de rester à bord et de réintégrer Starfleet.

Il a également secrètement transporté la créature à bord du Discovery…