Un immense vaisseau spatial de plus de 500 mètres de diamètre poursuit et rattrape l'Enterprise à la vitesse de Warp 6. Lorsqu'il se trouve juste derrière le vaisseau Terrien, l'avant du vaisseau s'ouvre et l'Enterprise se fait "avaler" par le vaisseau alien. L'équipage du capitaine Archer n'a rien pu faire et les moteurs ainsi que tous les systèmes d'arme de l'Enterprise semblent ne plus fonctionner.

Sur l'écran de contrôle de la passerelle, les officiers ne voient qu'un immense hangar vide et les senseurs du vaisseau ne détectent aucune forme de vie et ne peuvent pas pénétrer la coque du vaisseau. Archer repère alors des volutes d'énergie dont les mouvements sont trop précis pour être aléatoires. Ces volutes sont visibles mais ne sont pas détectées par les radars du vaisseau.

Rapidement, il semble que leurs mouvements soient ceux de créatures vivantes, probablement intelligentes. Archer forme une équipe d'exploration avec Reed et Tucker et décide de prendre une navette pour aller voir de plus près.

 Arrivés sur place, les trois hommes enfilent leur scaphandre et sortent de la navette. Sur son tricordeur, Reed remarque que l'atmosphère de l'immense hangar change progressivement pour devenir respirable.

 Une fois les officiers sortis de la navette, ils sont entourés de volutes d'énergie et l'une d'elle traverse la visière du scaphandre de Tucker et s'introduit à l'intérieur de son corps, prenant brièvement possession de l'ingénieur en chef. Cette possession ne dure que quelques secondes, et quand Tucker reprend ses esprits, il raconte que pendant ce bref intervalle, il a eu l'impression d'être revenu sur Terre.

Alerté par le risque que ces "possessions" représentent, Archer retourne au vaisseau avec ses hommes. Tucker est immédiatement examiné par le docteur Phlox, mais ce dernier ne découvre aucun élément permettant d'affimer que Tucker est toujours possédé. Malgré tout, Archer lui conseille de rester prudent.

 Un peu plus tard, Tucker est en salle des machines en train d'essayer de remettre les moteurs du vaisseau en état de marche, lorsqu'une volute d'énergie surgit dans la salle des machines et reprend le contrôle de son corps. Abandonnant son travail, il quitte la pièce dans un état second et se rend dans le réfectoire pour manger.

 Prévenu par l'ingénieur Rostov, le capitaine Archer arrive quelques minutes plus tard dans le réfectoire et il demande des explications à Tucker. L'alien qui possède l'ingénieur en chef explique au capitaine qu'il fait partie d'une race qui a abandonné son enveloppe matérielle des siècles auparavant.

En prenant possession du corps de Tucker par ce qu'il appelle un "croisement", il savoure à nouveau les sensations d'un corps physique telles que l'appétit ou le goût. Archer est furieux car il n'accepte pas que Tucker soit ainsi "remplacé". Il exige de l'alien qu'il rende son corps à Tucker et que le vaisseau alien libère l'Enterprise.

Il se passe un moment, puis Tucker revient à lui et explique que cette fois encore, il était dans un état de béatitude complète pendant que l'alien était aux commandes de son corps. Simultanément, les portes du vaisseau alien s'ouvrent et le vaisseau est expulsé du hangar. L'Enterpise est libre, mais les moteurs ne fonctionnent toujours pas, laissant le vaisseau dériver à faible distance du vaisseau ennemi.

 Tucker est libre, mais à bord du vaisseau, de nouveaux aliens font leur apparition et commencent à s'attaquer aux hommes d'équipage. L'un d'eux poursuit Reed et s'empare de lui.

Possédé, le lieutenant change brutalement de comportement et se montre extrêmement pressant envers toutes les femmes qu'il rencontre. Il se rend finalement dans les quartiers de T'Pol et lui demande si elle veut bien être également "croisée" afin que les deux aliens puissent à nouveau ressentir ce que cela signifie d'être un homme et une femme.

T'Pol refuse sèchement et appelle la sécurité. Un peu partout dans le vaisseau, des membres d'équipage sont à leur tour possédés et Archer, qui sent que la situation lui échappe, les fait enfermer dans leurs quartiers. Il est ensuite appelé par le Docteur Phlox qui explique qu'un des alien a tenté de prendre le contrôle de son corps, mais qu'apparemment, son organisme n'est pas compatible.

 Pendant ce temps, Tucker demande à Mayweather d'aller vérifier les cônes de polarisation d'une nacelle et en se rendant sur place, l'enseigne est poursuivi par une volute d'énergie. Il fuit et entre dans le "chemin de ronde" qui court sous les nacelles. Voyant que la créature ne le suit plus, il en conclut que les créatures ne peuvent pas entrer dans le "chemin de ronde" à cause de l'alliage particulier utilisé pour cette partie du vaisseau.

 Entre temps, Phlox a trouvé le moyen de configurer un tricordeur pour vérifier quels sont les membres d'équipage "possédés". Ces derniers sont alors consignés dans leurs quartiers.

Archer fait transférer tous les membres d'équipage non atteints dans le "chemin de ronde" pour les protéger, mais sur l'équipage entier, 27 membres sont déjà atteints. Les moteurs à impulsion du vaisseau étant fonctionnels, T'Pol propose au capitaine de partir au plus vite, mais le capitaine refuse de "perdre" 27 personnes.

 T'Pol demande alors au capitaine l'autorisation de se laisser posséder par un des aliens afin de découvrir leurs véritables intentions. Elle assure qu'elle pourra se débarrasser ensuite télépathiquement de l'intrus grâce à la discipline mentale Vulcaine.

Archer accepte à contrecoeur et après ce contact, elle révèle au capitaine que les aliens comptent prendre possession de tous les corps qu'ils trouveront. Ils veulent en effet fuir leur vaisseau, qui est au bord de la destruction, et partir avec l'Enterprise.

 Des centaines d'aliens sont en attente et lorsque 81 d'entre eux auront pris possession des membres d'équipage, les autres attendront le passage d'un autre vaisseau spatial dont l'équipage pourra être possédé. Archer refuse bien sûr cette situation et le docteur lui confirme que les aliens quitteront probablement les corps envahis si ceux-ci approchent la mort de trop près.

 Archer propose alors de commencer à remplir les cabines de l'équipage avec du dioxyde de carbone, afin de les asphyxier temporairement, à condition que le docteur soit sûr de pouvoir les réanimer. Immunisé contre les aliens, Phlox sort du "chemin de ronde" pour atteindre les contrôles environnementaux du vaisseau.

Mais s'il est immunisé contre les aliens, il ne l'est pas contre les "possédés" qui s'attaquent à lui. Ainsi, en chemin il est appelé par l'entité qui possède Sato, laquelle lui fait croire que Sato a la jambe cassée. Lorsque Phlox arrive dans la cabine de la jeune femme, il manque de peu de se faire assommer par Sato.

Plus tard, alors qu'il est sur le point de terminer les modifications pour libérer le dioxyde de carbone, il est attaqué par Tucker. Phlox doit se battre contre Tucker mais il parvient finalement à reprogrammer les contrôles, et tout le vaisseau est envahi de dioxyde de carbone.

Les membres d'équipage suffoquent : ils s'écroulent les uns après les autres et sont débarrassés des aliens. Archer éloigne alors l'Enterprise du vaisseau alien et s'enfuit. Au seuil de l'asphyxie, les membres d'équipage retrouvent finalement leurs esprits, une fois que le dioxyde de carbone est évacué.

L'Enterprise s'éloigne le plus vite possible du vaisseau alien, mais ce dernier se lance à sa poursuite. Une fois proche du vaisseau Terrien, le vaisseau alien ouvre à nouveau les portes avant du hangar mais cette fois, Archer fait tirer des torpilles dans le hangar béant du vaisseau ennemi qui explose, laissant le vaisseau d'Archer s'éloigner sain et sauf.