Sur Terre, dans le continent Arctique, une équipe de trois scientifiques découvre les restes de la Sphère Borg détruite par l'Enterprise-E en 2063. Ignorant tout de ce qui s'est déroulé en 2063, les trois scientifiques ne peuvent que constater que les débris sont là depuis presque un siècle.

Parmi les décombres pris dans la glace, ils découvrent deux drones et les ramènent avec eux. Ils remarquent alors qu'une fois réchauffés, les drones commencent à s'auto-soigner rapidement grâce aux nanosondes présentes dans leurs corps. En peu de temps, les drones ont repris conscience et ils attaquent les scientifiques, les transformant en êtres cybernétiques.

Après avoir "assimilé" les scientifiques, les cyborgs prennent le contrôle de leur vaisseau de transport et le transforment pour lui donner la possibilité voyager à Warp 2.8 (normalement, ce vaisseau ne peut pas dépasser Warp 1.3). Ils quittent alors la Terre à une vitesse trop importante pour être rattrapés par les vaisseaux de Starfleet. L'amiral Forrest contacte l'Enterprise et demande au capitaine Archer d'essayer d'intercepter le vaisseau volé et de récupérer les scientifiques.

 Peu après, l'Enterprise reçoit un signal de détresse d'un vaisseau-cargo Tarkaléen et lorsque le capitaine Archer arrive sur place, il assiste à la fin de l'attaque et lance un avertissement au vaisseau scientifique. Ce dernier stoppe son attaque et s'enfuit. T'Pol indique qu'il reste deux survivants Tarkaléens et Archer décide d'abandonner la poursuite pour sauver les aliens.

Parallèlement, Tucker et Reed n'ont pu que constater les importants changements du vaisseau scientifique : ce dernier est maintenant nettement plus rapide et plus lourdement armé qu'à l'origine.

Les deux survivants Tarkaléens sont amenés à bord de l'Enterprise et sont confiés au Docteur Phlox qui constate d'étranges changements chez les patients. Il constate que les organismes des blessés sont envahis de nanosondes. En fait, les deux Tarkaléens sont en cours de transformation.

Peu de temps après, les Tarkaléens se réveillent et attaquent Phlox pendant que le docteur essayait de les soigner. Ils lui injectent des nanosondes qui commencent à envahir l'organisme du Dénobulien. Malgré le garde posté à l'infirmerie, les deux patients s'enfuient.

 La situation est grave et Archer, en voyant les Tarkaléens blessés, se rappelle alors la transcription d'un discours de Zefram Cochrane prononcé dans les années 2100. Il a lu ce rapport des années auparavant et il parvient enfin à le retrouver dans les archives de Starfleet.

Dans ce discours, Cochrane indiquait que lors du Premier Contact avec les Vulcains, lui et son assistante avaient assisté à une lutte entre des cyborgs très dangereux et des Humains venus du futur. T'Pol connaît également ce rapport, mais étant donné que les Vulcains refusent la possibilité de voyager dans le temps et étant donné que Cochrane était connu pour être sérieusement porté sur la boisson, les Vulcains ont toujours considéré ce rapport comme les élucubrations d'un alcoolique.

 Mais cette fois, Archer trouve qu'il y a trop de points communs entre les cyborgs qui ont attaqué Phlox et les descriptions laissées par Cochrane pour qu'il s'agisse d'une coïncidence.

 Pendant ce temps, les deux Aliens se sont échappés de l'infirmerie et ils sont poursuivis par Reed et les gardes. Ils accèdent aux conduits de plasma et aux systèmes du vaisseau, dans lesquels ils injectent quelque chose juste avant d'être découverts.

Malheureusement, Reed ne peut que constater que les aliens se sont adaptés aux pistolets phasiques, qui semblent sans effet contre une sorte de bouclier personnel. N'ayant pas d'autre solution, Archer ordonne à Reed de se retirer avec ses hommes et il décide d'ouvrir les écoutilles de cette section pour expulser le aliens dans l'espace. Les deux cyborgs sont éliminés, mais ils ont considérablement modifié les systèmes.

 Pendant ce temps, à l'infirmerie, le docteur Phlox est lentement mais sûrement envahi par les nanosondes. De son côté, Reed soupçonne que si les deux cyborgs ont pu s'adapter aux pistolets phasiques, il en sera probablement de même pour les ceux que poursuit l'Enterprise et il essaie de modifier les pistolets phasiques de l'armurerie pour qu'ils soient efficaces contre les cyborgs, au moins pendant un temps.

Quelques temps plus tard, l'Enterprise a enfin rattrapé le vaisseau des scientifiques (qui navigue maintenant à la vitesse de Warp 4.9), mais ce dernier repasse en vitesse classique et il émet un signal qui désactive immédiatement les armes et les moteurs du vaisseau de Starfleet. Archer reçoit alors un message audio : "Vous serez assimilés. Toute résistance est inutile".

 Pendant que Tucker se précipite dans la section modifiée par Borgs pour supprimer les modifications qui bloquent les systèmes défensifs et offensifs, Archer et Reed décident que le seul moyen d'agir est de passer à l'abordage du vaisseau ennemi.

Utilisant le téléporteur, ils arrivent à bord du vaisseau des scientifiques et constatent que ces derniers n'ont plus rien d'humain. Parallèlement, des cyborgs se téléportent également sur le vaisseau de Starfleet et entreprennent d'assimiler l'équipage.

Archer et Reed déposent de nombreux explosifs dans le vaisseau scientifique et parviennent à éliminer quelques Borgs avec les armes modifiées par Reed, pendant que les membres de la sécurité de l'Enterprise tentent de lutter contre les envahisseurs. La situation devient critique lorsqu'au bout d'une dizaine de tirs, les Borgs s'adaptent et résistent aux tirs.

Reed et Archer reviennent alors immédiatement sur leur vaisseau et déclenchent l'explosion des charges qui détruisent le centre de communication Borg. Aussitôt, les Borgs qui étaient sur l'Enterprise se téléportent sur leur vaisseau pour réparer et le vaisseau scientifique charge ses armes pour détruire l'Enterprise. Tucker parvient enfin à reprendre le contrôle des systèmes et l'Enterprise détruit complètement le vaisseau assimilé et ses occupants.

A l'infirmerie, le docteur, dont le système immunitaire parvient à ralentir la multiplication des nanosondes, découvre que les nanosondes peuvent être détruites par une forte exposition aux radiations omicron. Même s'il sait que cette opération très douloureuse peut lui être fatale, il se soumet à ces radiations, qui risquent de le laisser handicapé à vie.

Bien que très affaibli, il survit à l'opération qui débarrasse son corps des intrus. Dès qu'il a repris conscience, il explique que pendant que les nanosondes occupaient son corps, son esprit était en liaison télépathique avec une sorte de conscience de groupe formée par les autres individus assimilés.

Il explique alors qu'il "entendait" en permanence la même séquence de chiffres et que celle-ci a été envoyée par les cyborgs à partir du vaisseau scientifique avant qu'il ne soit détruit. Archer analyse le signal et constate qu'il s'agit des coordonnées de la Terre en fonction de pulsars qui pourraient servir de points de repère !

Selon T'Pol, le signal a été envoyé vers le cœur du Quadrant Delta et que, vu la puissance de l'émetteur, il mettra environ 200 ans pour atteindre sa destination. Mais Archer reste inquiet : les futurs humains du 24ème siècle risquent de se trouver confrontés à un problème de taille.

Banque de données

Vers 2350, le signal sera reçu par les Borgs qui enverront un vaisseau qui ravagera le Zone Neutre en 2364, puis attaqueront le Terre à la fin de l'année 2366.