Une sonde sphérique d'origine inconnue apparaît subitement à proximité de la Terre et fait feu sur l'hémisphère Nord du continent américain. Le faisceau laisse une plaie béante de 4000 km de long sur la surface du globe depuis la Floride jusqu'au Venezuela. Après cette attaque, la sonde et son pilote s'écrasent sur la Terre.

L'amiral Forrest appelle l'Enterprise et annonce au capitaine Archer que la Terre a été attaquée et que les pertes se chiffrent à plus d'un million de morts. En conséquence, Starfleet rappelle immédiatement l'Enterprise. Le Capitaine est tellement abasourdi par ce qu'il vient d'apprendre qu'il ne songe même pas à demander pourquoi le vaisseau est rappelé, puisque l'attaque est terminée.

L'Enterprise fait donc demi-tour et se dirige vers la Terre. En chemin, le vaisseau est rattrapé et contacté par 8 vaisseaux Sulibans. Avant que quiconque ait pu réagir, le capitaine Archer disparaît, téléporté par les Sulibans. A bord de l'un d'eux, Archer se retrouve face à Silik qui affirme avoir des renseignements à lui communiquer en ce qui concerne l'attaque de la Terre.

Archer est méfiant mais la curiosité du capitaine est la plus forte. Archer est amené dans la salle de communication temporelle où il entre en contact avec le mystérieux Inconnu du Futur (cf. épisode "Shockwave"). Ce dernier explique à Archer que la sonde qui a attaqué la Terre est une sonde Xindi.

L'Inconnu explique que 400 ans dans le futur (vers 2550), la Terre sera en conflit avec cette race et la détruira. Une personne, également impliquée dans la Guerre Froide Temporelle, a prévenu les Xindis et a envoyé cette sonde. Les Xindis du présent sont actuellement en train de préparer une arme de destruction géante susceptible de détruire toute la Terre.

En "cadeau", l'Inconnu donne au Capitaine les coordonnées spatiales de la planète des Xindis. Lorsque Archer lui demande pourquoi il l'aide, l'Inconnu explique que si la Terre est détruite, la ligne temporelle sera tellement affectée qu'il disparaîtra lui aussi.

Pendant ce temps, sur Qo'noS, dans la salle du Haut Conseil Klingon, le Chancelier est furieux que le capitaine Archer ait pu s'échapper de la colonie pénitentiaire de Rura Penthe et que les chasseurs de primes lancés à sa poursuite n'aient pas réussi à le capturer. Il donne une dernière chance à Duras de retrouver son honneur en lui donnant l'ordre d'attaquer l'Enterprise et de capturer Archer.

Sûr de la supériorité de son vaisseau, Duras se lance à la recherche du vaisseau d'Archer. Le vaisseau Klingon intercepte l'Enterprise à la limite du système solaire Terrien.

Le combat s'engage et Duras parvient à détruire les canons phasiques du vaisseau d'Archer. Les Klingons s'apprêtent à se lancer à l'abordage quand trois vaisseaux de Starfleet (d'un type plus ancien, capable d'atteindre seulement Warp 2) arrivent sur les lieux et attaquent le vaisseau de Duras, qui est obligé de battre en retraite.

Après avoir remercié les capitaines venus à son aide, Archer reprend la direction de la Terre. En arrivant sur place, l'équipage découvre que l'attaque a laissé de profondes traces : une immense cicatrice barre la surface du globe sur toute la Floride, jusqu'au Venezuela...

Lorsqu'il rejoint l'Amiral Forrest, le Capitaine Archer lui raconte ce qu'il a appris sur les Xindis et ce dernier répond que les Vulcains ne croient absolument pas à la possibilité des voyages temporels, et encore moins à celle d'une attaque venant du futur. Archer explique alors que l'Inconnu du futur avait prévu cette réaction et il a conseillé à Archer de procéder à une datation quantique des débris de la sonde.

Archer analyse donc avec un tricordeur les différentes pièces de la sonde. La plupart indiquent un âge de 2 ou 3 ans, mais une pièce particulière indique moins 420 ans !

Cette fois, Soval ne peut nier les preuves, mais il reste tout de même réticent. Cette réticence vient du fait que les Vulcains ont analysé les coordonnées fournies à Archer et ils en ont déduit que la planète Xindi se situe dans l'Etendue Delphique, une zone de l'espace mystérieuse et dangereuse, comparable au Triangle des Bermudes sur Terre.

Les rapports les plus terribles circulent sur cette zone. Ainsi, un équipage de Klingons a été retrouvé mort dans son vaisseau, complètement "retourné", c'est-à-dire les organes à l'extérieur. Mais Archer n'en démord pas et l'Amiral Forrest indique qu'il n'a pas encore pris la décision d'envoyer ou non l'Enterprise.

Un peu plus tard, Archer et Forrest prennent une navette qui passe à proximité des chantiers spatiaux dans lesquels est construit le NX-02. L'amiral explique que le vaisseau pourra partir dans 14 mois. Il explique également que le NX-02 sera équipé des dernières innovations technologiques de Starfleet, qui sont actuellement en train d'être installées sur l'Enterprise.

Lorsque Archer revient sur son vaisseau, il a la surprise d'être convoqué par le docteur Phlox qui lui présente un scientifique Vulcain qui est un spécialiste des radiations et qui doit examiner ceux qui ont été en contact direct avec la sonde Xindi.

Mais pendant qu'il examine Archer, il lui pose d'étranges questions et Phlox fait une discrète recherche et découvre la supercherie : les Vulcains ont envoyé un psychiatre qui, se faisant passer pour un spécialiste en radiations, est chargé d'effectuer une évaluation de l'état mental du capitaine Archer car ce dernier continue à tenir pour acquis les voyages temporels.

Pendant ce temps, les données continuent à affluer concernant les dégâts causés par la sonde. Les chiffres indiquent maintenant plus de quatre millions de morts et ils augmentent encore. Bien que chargé de l'enquête sur la sonde Xindi, Tucker est à l'agonie : sa sœur habite en Floride et il ne sait toujours pas si elle est encore vivante.

 Peu après, et malgré la pression des autorités Vulcaines, Starfleet décide d'envoyer l'Enterprise dans l'Etendue Delphique pour enquêter sur les Xindis. Mais avant de partir, le vaisseau doit subir une série de modifications et d'améliorations qui devront l'aider dans sa mission.

La coque est renforcée et blindée et la polarisation est améliorée. Le vaisseau reçoit également les premières torpilles à photons, beaucoup plus puissantes. Le capitaine Archer est convoqué par l'amiral Forrest et lui demande d'ajouter à l'équipage des officiers militaires entraînés pour le combat.

Pendant ce temps, Tucker peut enfin se rendre en Floride pour prendre des nouvelles de sa soeur. Il apprend alors qu'elle fait partie des victimes et il apprend également les derniers chiffres concernant l'attaque. Le nombre de morts semble se stabiliser et s'élève maintenant à 7 millions de personnes. Tucker est fou furieux et lorsque Reed lui demande s'il veut se rendre à la cérémonie funèbre, Tucker lui répond qu'il ne veut pas rendre hommage aux victimes : il ne veut que la vengeance.

 Les Vulcains tentent une dernière fois de convaincre Forrest et Archer d'abandonner leur projet et l'ambassadeur Soval leur montre un enregistrement secret du vaisseau scientifique Vulcain Vankara. Ce dernier s'était rendu dans l'Etendue Delphique pour une mission de recherche et 2 jours après son entrée dans la zone, il a envoyé un message de détresse montrant des images terribles : l'équipage semblait devenu fou furieux et se massacrait à mains nues ou en utilisant des armes blanches.

Une heure après réception du message, le Vankara explosait. Malgré cet enregistrement, Archer est toujours prêt à partir. En sortant de cette réunion, T'Pol est convoquée par Soval qui lui apprend qu'elle a été réaffectée sur Vulcain et qu'elle doit quitter l'équipage d'Archer et même la Terre. La Vulcaine sait qu'elle n'a pas le choix et accepte donc. Lorsque le capitaine Archer est mis au courant, il propose de déposer T'Pol sur Vulcain lorsque l'Enterprise partira pour la l'Etendue Delphique.

Les Vulcains acceptent et quelques temps après, l'Enterprise quitte la Terre. Alors que le vaisseau approche de Vulcain, T'Pol est convoquée par Archer et lui explique qu'elle a décidé de rester sur le vaisseau, quitte à être renvoyée du Haut Commandement : plus que jamais, le capitaine aura besoin d'un bon officier scientifique. Archer accepte et ordonne un changement de cap à Mayweather.

 Le vaisseau voyage pendant 7 semaines à Warp 5 avant d'arriver à la barrière de particules qui entoure l'Etendue. Pendant 6 heures le vaisseau traverse les nuages de particules sans atteindre l'Etendue lorsque soudain, trois Oiseaux de Proie Klingons se placent derrière l'Enterprise et attaquent à nouveau.

La confiance de Duras est pourtant vite dissipée lorsque son vaisseau est frappé par les premières torpilles à photons du vaisseau de Starfleet, dont la coque renforcée encaisse assez bien les tirs Klingons. Archer tient bon et continue à avancer.

Craignant l'Etendue Delphique et ses effets, deux des trois Oiseaux de Proie abandonnent la poursuite, laissant Duras continuer seul. Duras a placé toute la puissance de ses boucliers sur l'avant de son vaisseau et il continue à tirer sur l'arrière de l'Enterprise. Comprenant cela, Archer demande à Mayweather de se diriger vers un nuage de particules plus dense et d'effectuer un looping.

Aveuglé par les particules, Duras ne voit pas l'Enterprise se placer derrière son vaisseau, dont l'arrière n'est plus protégé. Reed tire alors une dernière salve qui détruit le vaisseau de Duras. Quelques minutes plus tard, le vaisseau de Starfleet termine de traverser la barrière de particules qui délimite l'Etendue. L'Enterprise sort des nuages et entre alors véritablement dans l'Etendue Delphique.