Une mystérieuse sonde, découverte alors qu'elle se trouve dans un des systèmes de la Fédération, a envoyé un signal dans l'espace. Elle est prise en chasse par l'USS Enterprise, qui tente de la rejoindre en suivant la trace laissée par ses systèmes de propulsion.

Ayant rejoint la sonde, l'Enterprise se retrouve face à un vaisseau inconnu entouré d'un magnifique champ d'énergie qu'il étend afin d'entourer également le vaisseau de la Fédération. Le vaisseau inconnu prend alors la forme d'un grand serpent à plumes qui se révèle comme étant Kulkukan, le serpent légendaire des légendes Maya et Aztèque de la planète Terre.

Bouleversé d'avoir été complètement oublié par les Terriens, Kulkukan emmène Kirk, Scott, Mc Coy et l'Enseigne Dawson Walking Bear sur son vaisseau où ils doivent résoudre un énigmatique puzzle. S'ils y parviennent, Kulkukan se révèlera, mais s'ils échouent tout l'équipage périra.

Les quatre membres d'équipage sont transportés dans une ville d'apparence Terrienne où se côtoient de nombreuses cultures différentes et où ils doivent amener une source lumineuse à occuper un espace précis au cœur d'une ancienne pyramide. Dés qu'ils ont accompli leur tâche, Kulkukan apparait sous la forme d'un serpent ailé qui se prétend leur maître.

Transporté dans un lieu d'apparence sinistre, nommé "salle de vie", ils y découvrent de nombreuses créatures représentant différentes espèces en provenance de toute la Galaxie, dont les féroces, mais désormais paisibles, puissants Chats Capellan. Kirk explique qu'ils ne peuvent accepter Kulkukan comme maître, même si celui-ci a contribuer à l'évolution de l'Humanité.

A bord de l'USS Enterprise, Spock découvre un moyen de briser le champ d'énergie présent autour du navire, détournant l'attention de Kulkukan de Kirk et de ses hommes. Ces derniers libèrent les animaux de leurs cages, ce qui provoque un chaos que Kulkukan ne parvient pas à contrôler.

Un chat Capellan piège Kulkukan et s'apprête à le tuer, ce qui révèle que Kulkukan n'est, en fait, qu'un simple mortel. Kirk sauve la vie de Kulkukan, lui enseignant ainsi une précieuse leçon sur la survie Humaine. Kulkukan apparait désormais comme un vieillard brisé et Kirk décide que le prix de la connaissance est bien trop élevé.