Il est impossible de raconter l'histoire des combattants de la liberté appelés aussi Maquis,  sans décrire leurs ennemis jurés, les Cardassiens. C'est la combinaison de la politique de l'Union Cardassienne, expansionniste et brutale et de l'échec de la Fédération Unie des Planètes à s'impliquer, qui conduit à la formation de ce groupe.

Dans les années qui précèdent la signature du traité de paix entre la Fédération et les Cardassiens, les colonies situées le long des frontières de ces deux puissances interstellaires existent dans un contexte politiquement contesté, mais relativement pacifique. Les planètes telles que Dorvan V, Jurhaya Ronara, et Veloz Prime commencent à s'épanouir.

Le traité a déplacé les frontières politiques. Plusieurs des planètes colonisées par la Fédération se retrouvent au sein du territoire Cardassien ainsi que dans la Zone Démilitarisée, nouvellement créée. En tant qu'instrument politique de la Fédération, Starfleet se voit confier la tâche de déménager les populations concernées par la modification des frontières, mais de nombreux citoyens Fédérés choisissent de demeurer dans les foyers qu'ils ont construits.

Il devient vite évident, que les Cardassiens ne sont pas prêts à accepter les citoyens de la Fédération à leur porte, et l'Union se lance sur un programme de violentes opérations clandestines et de tactiques de terreur afin de chasser ou d'éradiquer les colons. Sans preuve, Starfleet ne peut pas intervenir, et les colons subissent les attaques furtives des troupes Cardassiennes dans la Zone Démilitarisée, même les navettes civiles Cardassiennes sont armées de la même arme plasma que les Class Galor afin de les utiliser contre les navires et les installations appartenant aux colonies. La fin de la guerre froide entre Cardassia et la Fédération est trop récente pour que les politiciens de la FUP se hasardent à accuser le Haut Commandement Cardassien d'actions paramilitaires. Face à ce manque de réactions diplomatiques de la Fédération, de nombreux colons se sentent trahis.

N'ayant pas d'autre choix, les colons prennent leur destin en main et créent le Maquis, une force de résistance clandestine. Les membres du Maquis sont financés par des groupes de colons et des sympathisants, citoyens de la Fédération, y compris certains membres du personnel de Starfleet, et grâce à ces fonds, ils parviennent à créer rapidement leurs propres bases.

Le Maquis se procure également des navires pour son propre usage, il arme de petits vaisseaux de Class Peregrine et s'approprie quelques vaisseaux d'attaque de Starfleet (Attack Fighters) afin de lutter contre les forces Cardassiennes. Dans un premier temps, la lutte du Maquis est purement défensive, mais après quelques mois, l'accent est davantage placé sur le "On tire les premiers" et leur stratégie devient plus offensive.

Le Conseil Detapa Cardassien (conseil gouvernemental) remet des protestations officielles à la Fédération, qui charge Starfleet de traquer et d'arrêter ces renégats, chose rendue plus difficile de par le nombre d'officiers de Starfleet démissionnaires et liant leur sort avec celui du Maquis. Pour les officiers ayant combattus les "Cardies" dans de nombreux accrochages au fil du temps, soutenir le Maquis contre les Cardassiens ne représente pas une décision très difficile à prendre.

Un exemple typique est le Lt Ro Laren, qui sur Bajor, a dû vivre durant des années sous la férule de plus en plus pesante des Cardassiens. Plus tard, en prenant part à une opération d'infiltration, Ro est témoin des attaques brutales des forces Cardassiennes contre les colons sur la planète Ronara, et elle choisit de rester avec les maquisards plutôt que de trahir leur organisation auprès de SFI.

La guerre du Maquis contre les Cardassiens commence pour de bon avec l'attentat à bord d'un cargo Cardassien, le Bok'Nor, sur Deep Space Nine en 2370. L'Officier Commandant de la station, Benjamin Sisko accompagné de Gul Dukat de l'armée Cardassienne, pénètre dans la zone démilitarisée pour découvrir les coupables. Le Commander Calvin Hudson, un ancien ami de Sisko depuis l'Académie  de Starfleet, choisit ce moment pour déserter pour intégrer le Maquis. Sisko parvient à éviter une attaque du Maquis qui menaçait de relancer le conflit entre la Fédération et Cardassia, mais le Commander Hudson et de ses disciples parviennent à lui fausser compagnie afin de poursuivre leur lutte.

Les autorités de la Fédération refusant d'accuser ouvertement Cardassia d'avoir commis des exactions dans la Zone Démilitarisée, le Maquis se tourne vers  son propre réseau de renseignements.

En 2371, ils découvrent des informations sur la construction, par l'Ordre de l'Obsidienne Cardassien, d'une force secrète de navires de guerre de classe Keldon dans le système Orias. Au lieu de demander à Starfleet d'enquêter, une cellule dirigée par l'agent maquisard de Starfleet, Thomas Riker, qui, se faisant passer pour son "jumeau", le Cder William Riker de l'USS Enterprise NCC-1701-D parvient à voler l'USS Defiant NX-74205 et mène un raid sur le système Orias. L'attaque est un échec, mais elle ouvre finalement les yeux de Starfleet à la duplicité Cardassienne.

Indépendamment de ces événements, le Conseil de la Fédération, publie un décret stipulant que ceux qui choisissent de s'allier avec le Maquis ne seront plus considérés comme des citoyens de la Fédération.

Pour leur part, les forces militaires de Cardassia portent une haine constante aux renégats et rejettent leurs appels à l'auto-détermination, comme ils l'avaient fait pour le peuple Bajoran, dont ils ont occupé le monde natal pendant de nombreuses décennies.

En 2373, l'Union Cardassienne s'allie avec le Dominion ce qui leur fournit la clé de leur victoire : une série d'attaques menées par le Jem'Hadar se termine par le démantèlement du Maquis.

Banque de Données

• En 2370, l'année où le traité de paix est signé, le haut-commandement Cardassien entame la construction secrète d'armes meurtrières biogéniques destinées à être utilisées sur des planètes situées en Zone Démilitarisée.
• Deux ans plus tard, face à l'alliance de l'Union Cardassienne et du Dominion, l'ancien officier de Starfleet Michael Eddington utilise la même technologie sur les forces Cardassienne.