En 2367, un traité met fin à la guerre entre la Fédération et les Cardassiens. Les deux parties tombent d'accord pour créer le long de leur frontière une ligne démilitarisée et en profitent pour modifier, en partie, cette frontière. De ce fait, certains mondes Cardassiens deviennent part intégrante de la Fédération et vice versa.

La Zone Démilitarisée qui fait tampon entre les deux frontières est basée sur le même principe que la Zone Neutre située entre la Fédération et l'Empire Romulien. Cette zone est interdite à tout bâtiment Fédéral ou Cardassien pourvu d'un un armement. La violation de cette règle signifiant un acte de guerre avec toutes les conséquences qui en découlent.

Evidemment, il y eut des mécontents. Les colonies de la Fédération qui passèrent sous le joug Cardassien n'apprécièrent pas. Ayant construit leur monde selon les principes de la démocratie et avec l'aide de la Fédération, ce changement brutal, prit sans leur accord  fut loin de leur plaire. La Fédération proposa alors de déplacer les habitants de ces mondes sur d'autres lui appartenant. Mais même si certains acceptèrent, nombreux furent ceux qui refusèrent, espérant pouvoir continuer leur vie à l'ombre de l'Ordre Obsidien. Cela se révéla être une erreur.

Parallèlement, certains Officiers du Commandement Central Cardassien considéraient que le traité n'était pas équitable. Ainsi naquis dans leur esprit qu'il serait certainement de bon ton de forcer les habitants des mondes Fédérés présents au sein de la Zone Démilitarisée à quitter les lieux en leur rendant la vie impossible. Dans les mois qui suivirent de nombreux agents Cardassiens s'infiltrèrent sur ces mondes, effectuant de multiples sabotages. Les Cardassiens espéraient ainsi pousser les colons Fédérés à quitter la Zone Démilitarisée, la laissant alors vide, ce qui leur permettrait de revendiquer cette partie, en majorité peuplée dès lors par des Cardassiens.

Mais le résultat ne fut pas celui escompté. Plutôt que de fuir, les colons se considérant comme étant abandonner par la Fédération (qui ne pouvait intervenir en raison du traité signé) s'armèrent. Ils allèrent chercher dans l'histoire de la Terre un nom à leur mesure. Puisant dans le passé de la France, ils se nommèrent : LE MAQUIS !!

Peu après l'étrange explosion d'un bâtiment Cardassien sur Deep Space Nine, la Fédération découvrit que la Zone Démilitarisée était devenue une zone de guerre où même les bâtiments de commerce pouvaient cacher de puissants navires de guerre. La situation se tendit encore davantage, quand Gul Dukat fut enlevé par des inconnus. Peu après, un groupe se faisant appelé le Maquis revendiquait ces deux exactions.

C'est suite à deux missions du Commander Sisko, visant à retrouver Gul Dukat au sein des 'Badlands' (en zone démilitarisée) que la Fédération prit conscience de l’existence du Maquis. Elle découvrit aussi que de leur côté les Cardassiens fournissaient des armes à leurs ressortissants. Finalement les deux parties convinrent d'un accord. Ils poursuivraient tous les bâtiments susceptibles de transporter ou de livrer des armes au sein de la Zone.

A la vue de ces événements de nombreux Officiers de Starfleet démissionnèrent pour rejoindre le Maquis. Ils étaient en désaccord avec la politique de la Fédération concernant la façon de gérer ce problème. D'autres Officiers préférèrent rester au sein de Starfleet afin d'aider de l'intérieur les maquisards.

C'est la disparition étrange et inexpliquée de l'USS Voyager au sein des Badlands (zone avec de nombreuses tempêtes plasmiques) qui décida Starfleet à pourchasser les membres du Maquis.

L'invasion Klingonne du territoire Cardassien libéra la pression exercée sur le Maquis. Ceux-ci reprirent l'avantage, tandis que la majorité de la flotte Cardassienne participait à la guerre contre les Klingons. C'est à cette époque que le Commander Eddington, Chef du Maquis, autorisa l'utilisation d'une arme chimique sur un monde Cardassien. Eddington, découvert et arrêté, fut juger selon la loi Fédérale et condamné.

Mais un changement de taille allait frapper durement les hommes et femmes du Maquis. Gul Dukat annonça officiellement que les Cardassiens rejoignaient le camp du Dominion. Dans  la foulée celui ci déclara vouloir éliminer totalement toute présence du Maquis. Avec l'aide de la flotte Jem'Hadar, Gul Dukat réussi à en éliminer la majeure partie dans les 5 jours qui suivirent.

Peu de temps après, le Commander Sisko de Deep Space Nine apprit que ce qui restait du Maquis projetait de lancer une attaque directement sur Cardassia. En effet, durant la guerre Cardassio-Klingonne, ceux-ci avaient trouvé, avec le Maquis, un allié de taille. Les Klingons avaient donc transmis la technologie du 'bouclier d'invisibilité aux Officiers du Maquis afin de les aider dans leurs actions. Fort de cette technologie, les Maquisards installèrent des générateurs de bouclier sur des torpilles et envisagèrent de les lancer sur Cardassia.

Le Dominion et les Cardassiens, finirent pourtant par liquider ce qui restait du Maquis qui officiellement n'existe plus dans le Quadrant Alpha. Mais il ne fait de doute pour personne que quelque part subsiste, sur quelques mondes, au sein de quelques bases secrètes des hommes, des femmes, des vaisseaux du Maquis. On peut faire bien des choses avec 30 boucliers d'invisibilité, bien des choses ... Notamment dans le Quadrant Delta.