Impossible d'évoquer l'histoire du « Maquis » sans parler de ses grands ennemis, les Cardassiens. La brutale politique expansionniste de l'Union Cardassienne et la neutralité de la Fédération Unie des Planètes face à cela, ont abouti à la formation de ce mouvement de résistance. Dans les années précédant la signature du traité de paix entre la FUP et Cardassia, les colonies frontalières implantées entre ces deux puissances intersidérales existaient dans un secteur spatial, contesté au plan politique, mais plutôt paisible. Et des mondes comme Dorvan V, Juhraya, Ronara ou Veloz Prime prospéraient.

Or, l'accord conclu déplace les frontières. Des mondes colonisés par la Fédération se retrouvent du jour au lendemain en territoire Cardassien, dans la toute nouvelle Zone Démilitarisée (ZD). En tant qu'organe exécutif de la politique de la FUP, Starfleet est contraint de procéder à l'évacuation et au transfert des populations des colonies concernées, mais certains citoyens de la Fédération préfèrent rester dans les foyers qu'ils ont bâtis de leurs mains. Il devient bientôt manifeste que les Cardassiens ne veulent pas de citoyens de la FUP près de leur territoire, ils montent de brutales offensives pour décourager ou éliminer les réfractaires. La politique de l'Union Cardassienne est celle de la terreur.

Faute de preuves, Starfleet ne peut pas intervenir, et les colons subissent les attaques de soldats Cardassiens infiltrés dans la ZD.

Même les navettes Cardassiennes civiles sont équipées de batteries plasmiques afin de menacer les vaisseaux et les installations des colons. La guerre froide qui sévit entre les gouvernements est trop récente pour que les politiciens de la Fédération commencent à accuser les Cardassiens d'actes paramilitaires caractérisés. Les colons se sentent donc trahis. N'ayant d'autre choix, ils prennent la situation en main et fondent le Maquis en liaison avec des citoyens de la FUP sympathisant (et des Officiers de Starfleet acquis à leur cause).

Mouvement de résistance clandestin, le Maquis récupère également des vaisseaux pour son propre usage, armant de petits astronefs de Class Peregrine et quelques chasseurs de combat de Starfleet pour mieux lutter contre les Cardassiens. Initialement, le Maquis mène une lutte purement défensive, mais il ne tardera pas à porter la guerre dans le camp de l'ennemi en adoptant la stratégie de « l'attaque préventive ».

Le Conseil Detapa qui règne sur Cardassia Prime proteste officiellement auprès de la FUP, et Starfleet est chargé de traquer ces renégats en les mettant hors d'état de nuire, une tâche rendue plus ardue encore par les défections croissantes d'officiers de Starfleet qui démissionnent pour rejoindre le Maquis. Et parmi ces officiers, nombreux sont ceux qui ont combattu les Cardassiens lors d'escarmouches incessantes au fil des ans. Soutenir le Maquis n'est pas une décision très difficile à prendre pour eux...

Un exemple tout à fait typique en est le Lieutenant Ro Laren qui, en grandissant sur Bajor, a souffert dans sa chair des exactions commises par les Cardassiens. En participant un peu plus tard à une mission clandestine, Ro assiste aux raids brutaux lancés contre les colons de Ronara, et elle préférera rejoindre le Maquis à son tour plutôt que de le trahir auprès des services secrets de Starfleet.

La guerre du Maquis avec les Cardassiens éclate pour de bon quand le cargo Cardassien Bok'Nor est saboté sur Deep Space Nine en 2370. Le Commander Benjamin Sisko, accompagné de Gul Dukat, militaire Cardassien, entre dans la ZD pour arrêter les coupables. Le Commander Calvin Hudson, ami et collègue de Sisko, choisit cet instant pour passer au Maquis. Ben Sisko déjoue une offensive des Maquisards qui menaçait de relancer le conflit armé entre la Fédération et Cardassia, mais Hudson et ses partisans lui échappent, libres de poursuivre la lutte ailleurs.

La Fédération Unie des Planètes rechignant à accuser Cardassia de méfaits et de crimes dans la ZD, le Maquis se tourne alors vers son réseau d'espions. En 2371, les résistants découvrent ainsi que l'Ordre Cardassien de l'Obsidienne arme en secret des cuirassés de Class Keldon dans le système d'Orias. Au lieu de demander à Starfleet d'ouvrir une enquête, le Lieutenant Thomas Riker, qui se trouve à la tête d'une cellule du Maquis, se fait passer pour son « jumeau », le Cder William T. Riker, afin de détourner l'USS Defiant NX-74205 et de le lancer contre les Cardassiens. L'attaque se solde par un échec, mais elle aura au moins dessillé les yeux de Starfleet sur la fourberie des Cardassiens.

Sans tenir compte de ces faits, la Fédération déchoit de leurs droits de citoyens tous ceux qui rallient le Maquis.

Pour leur part, les Cardassiens vouent une haine féroce aux renégats, à qui ils refusent tout droit à l'autodétermination. En occupant la planète des Bajorans pendant des décennies, ils n'avaient pas agi différemment.

En 2373, l'alliance Cardassienne avec le Dominion lui apportera une victoire écrasante : la série de terribles attaques menées par les Jem'Hadar s'achèvera sur l'entière destruction du Maquis.

Mais quelques groupes en ont réchappés et selon les informations obtenues par les services secrets d'STSF, ils s’apprêtent à reprendre leur combat …