Le Zola, un vaisseau du Maquis sous le Commandement du Chef Maquisard Chakotay est projeté dans le Quadrant Delta au début de l'année 2371. Le Zola est arraché du des Badlands dans lesquels il cherchait refuge afin d'échapper aux Cardassiens, par une forme de vie Sporocystienne également connus sous le nom de Pourvoyeur. Le vaisseau est rejoint par l'USS Voyager qui l'a pris en filature et qui effectue une  mission de recherche et de récupération.

Les deux équipage sont forcés de forger une alliance presque contre nature afin de pouvoir faire face à la situation, et le Zola est finalement sacrifié lors d'un combat contre un adversaire Kazon. Voyager se trouve à présent à 70.000 AL de la Terre, et devient le foyer de deux groupes que tout oppose.

L'équipage maquisard est absorbé au sein de l'équipage du Voyager et Chakotay est nommé Premier Officier du vaisseau de Starfleet. Les divisions et les allégeances contradictoires demeurent problématiques pendant des mois, cependant, en tant que membres du Maquis qui sont convaincus que la Fédération les a livrés aux Cardassiens ils doivent maintenant accepter la hiérarchie de Starfleet et ses procédures.

Discipline et fortes personnalités s'affrontent fréquemment. Beaucoup de maquisards affirment que s'ils sont prêts à effectuer leur travail, ils n'accepteront jamais de "sauter à travers les cerceaux de Starfleet".

La polarisation idéologique se caractérise par un violent affrontement entre la demi-Klingonne B'Elanna Torres en Joseph Carey. Le Commander Chakotay explique que Torres est une maquisarde et que parfois les maquisards poussent les gens hors de leur chemin afin de faire avancer les choses. Le très strict Lieutenant Tuvok estime que permettre à Torres de s'en tirer sans même une remontrance après une telle violation du protocole de Starfleet serait un très mauvais exemple pour les autres membres de l'équipage.

De tels conflits divisent même Kathryn Janeway et son Premier Officier. Janeway pense que Chakotay traite les maquisards différemment parce qu'il les considère comme étant son peuple, Chakotay confirme, mais explique son attitude par le fait que personne d'autre que lui ne prendra soin d'eux à bord du vaisseau. Le Capitaine est réticent à obliger les officiers de Starfleet à accepter des membres du Maquis, non formés, comme leurs supérieurs, mais l'argument de Chakotay affirmant que cette autorité amènera en retour une fidélité à toute épreuve, la persuade de nommer Torres Chef Ingénieur.

Le capitaine Janeway se rend vite compte que la meilleure façon d'intégrer les maquisards dans son propre équipage est de leur donner des tâches à accomplir, et donc une place dans la hiérarchie du navire. La plupart, s'intègrent simplement à l'équipage, mais quelques-uns, tels que Chakotay, le Lieutenant Torres, le Lt Ayala et Maria Henley se voient confier des postes de commandements. Les maquisards ont souvent eu à se débrouiller avec les équipements qu'ils pouvaient trouver et cette approche pratique signifie que beaucoup d'entre eux sont des ingénieurs qualifiés.

En plus de Torres, Seska, Michael Jonas et Lon Suder sont tous affectés au département d'ingénierie. Gerron, un jeune Bajoran, a des compétences qui s'avéreront utiles pour le département scientifique du navire.

Néanmoins des rumeurs incontrôlables circulent dans les deux camps. Dans un premier temps, les maquis croient à tort qu'ils seront enfermés dans leurs quartiers lorsqu'ils ne sont pas en service. Une mutinerie reste une réelle possibilité, L'Enseigne Seska et les autres agents de Maquis font comprendre à Chakotay qu'ils sont prêts à le soutenir s'il veut tenter de s'emparer du Voyager.

Cependant, les mentalités lentement commencent à changer. La volonté de Torres et Carey de travailler ensemble, après la promotion de Torres, constitue un exemple pour le reste de l'équipage et Janeway est heureuse de constater, quelques semaines plus tard que les deux groupes commencent à s'entendre. Un petit nombre de Maquisards cependant, s'accrochent à leurs anciennes méthodes, comme la réalisation des réparations de leur propre chef, plutôt qu'en se référant à l'autorité d'un officier supérieur.

À l'occasion,  la nature rebelle des maquisards, peut même influencer les membres d'équipage de Starfleet. Au milieu de l'année 2371, le Lt Carey et, chose extraordinaire, le Lt Tuvok, rejoignent Torres et Seska dans leur tentative pour s'emparer de technologie du trajecteur Sikarien qui pourrait raccourcir leur périple vers la Terre de 40.000 AL.

Le groupe a commencé par une innocente théorisation  du fonctionnement du projecteur, mais lorsque la technologie devient disponible, malgré le fait que c'est illégal, ils décident de s'en emparer sans l'autorisation du Capitaine. Seska personnifie le vieil atavisme du maquis, quand elle dit que l'autorisation n'est pas aussi importante que de se rapprocher à mi-chemin de la maison. Le trajecteur ne pourra finalement pas fonctionner en raison d'une incompatibilité technologique, à la suite de quoi, Tuvok et Torres insistent pour assumer seuls les mesures disciplinaires. Janeway fait clairement savoir que l'équipage de Voyager est un équipage appartenant à Starfleet et que de ce fait certaines normes sont à respecter.

Plus tard la même année, quatre des ex-maquisards les plus perturbateurs sont envoyés en formation sur le terrain avec Tuvok, comme Janeway, il pense qu'on ne peut s'attendre à un comportement répondant aux règles de Starfleet d'individus n'ayant jamais mis les pieds à l'Académie. Ceux choisis pour cette formation, se sentent insultés, ils ont tous le sentiment d'avoir fait du mieux qu'ils le pouvaient pour s'adapter à la vie sur l'USS Voyager.

Le groupe conteste ouvertement l'autorité de Tuvok, forçant Chakotay a utiliser la méthode maquisarde pour faire face au problème, en envoyant Kenneth Dalby, le plus vindicatif, au tapis, d'un direct bien placé. Choqué, Dalby et les autres sont d'accord pour suivre la formation. C'est par cette formation que des leçons seront tirées de chaque côté, Tuvok découvre qu'infléchir légèrement les règles peut parfois aider, tandis que les quatre maquisards apprennent  à apprécier la valeur du suivi et de l'entrainement....

Tous ne sont pas capables de réaliser la transition cependant, deux membres de l'équipage maquisard sont tellement désabusés par la situation dans laquelle ils se trouvent qu'ils décident de trahir le vaisseau. Seska décide de fournir illégalement la technologie des réplicateurs aux Kazons. Elle considère que le temps n'est plus aux grands principes et aux nobles sentiments prônés par Starfleet, l'équipage de Voyager est désormais seul dans le Quadrant Delta et en conséquence il est temps de faire désormais abstraction de la Prime directive.

L'année suivante, Michael Jonas devient un agent de liaison entre Seska et les Kazons Nistrims. Il rapporte les mouvements de Voyager et tente de saboter les bobines Warp du navires. Il en est empêché par Neelix qui l'empêche d'amener Voyager dans un piège et périt dans un incendie de plasma.

Outre ces exemples extrêmes, les maquisards présents dans le Quadrant Delta ne sont plus un groupe distinct, mais une partie productive d'un équipage travaillant ensemble. Quand en 2374, ils apprennent l'anéantissement du Maquis dans le Quadrant Alpha, ils sont immensément attristés, mais savent qu'ils ont néanmoins trouvé leur propre voie.

Banque de Données

• Seska fait une surprise à Chakotay en lui offrant un bol de soupe aux champignons obtenue grâce à une opération "strictement Maquis". Elle a réussi à voler des ingrédients dans les réserves de Neelix.
• Les maquisards n'ont pas de code de conduite écrit. Cependant, ils n'ont plus de raison d'être, car il n'y a pas de Cardassiens dans le Quadrant Delta auxquels ils pourraient s'opposer.