Le futur Commandant en Second de l’USS Voyager NCC-74656 est né dans les années 2330 sur une planète sise aux frontières des territoires Cardassiens, de parents d’origine Amérindienne.

L’accouchement s’est déroulé par le siège, ce qui, dans la culture de son peuple, annonce un enfant à problèmes. Le médecin de famille supprime un gène héréditaire, cause de troubles cognitifs ayant affecté le grand-père du garçon et ayant pour symptômes majeurs des hallucinations visuelles et auditives.

Chakotay ne partage pas la passion de son père Kolopak pour le riche héritage de leur peuple, ce qui provoque une discorde entre le père et le fils. Par exemple, à l’âge de quinze ans, Chakotay est furieux d’être obligé d’accompagner son père dans une expédition en Amérique Centrale, sur Terre, dans le but d’étudier leurs racines, il annonce alors son intention de se porter candidat à l’Académie de Starfleet. Son père est déçu, mais Chakotay intègre l’Académie en 2353.

Des années plus tard, après la mort de Kolopak, Chakotay revient vers ses racines Amérindiennes, il va jusqu’à se tatouer le front pour honorer ses ancêtres.

Dans sa vie adulte, il est défini par la force de ses convictions spirituelles, lorsqu’il a besoin d’être éclairé ou affermi, il entreprend de multiples quêtes de visions. Il tente pour la première fois de communiquer avec son père au début de 2372, à l’anniversaire de la mort de ce dernier, et y parvient à la fin de cette même année.

Chakotay partage ses croyances avec ceux qui l’entourent. En 2371, il aide Kathryn Janeway et le Lieutenant B’Elanna Torres à rechercher leur guide animal, avec des degrés de réussite variés. Il demande aussi à Torres d’accomplir un rituel médicinal pour lui s’il venait à être grièvement blessé. L’année suivante, sur une planète du Quadrant Delta, Chakotay rencontre des descendants des légendaires Esprits du Ciel qui visitaient les anciennes tribus Amérindiennes sur Terre.

Outre un respect accru pour sa culture, la mort de Kolopak a insufflé à Chakotay le désir de combattre ces Cardassiens qui ont tué son père et menacé sa planète-mère. Il quitte Starfleet pour rejoindre le Maquis naissant et trouve rapidement sa voie en tant que leader pétri de principes, sachant inspirer confiance et dévouement. En retour, il se fie implicitement à ses subordonnés, ce qui permettra à la Cardassienne Seska et à Tuvok, espion de Starfleet, d’infiltrer son réseau du Maquis.

A la suite de la projection dans le Quadrant Delta, par l’être connu sous le nom de « Pourvoyeur », de son propre vaisseau, le Zola, et de Voyager, Chakotay est nommé Premier Officier du spationef de la Fédération par le Capitaine Janeway, qui perçoit combien il est sur et capable.

Dans ce nouveau rôle, Chakotay prend adroitement en main l’équipage le plus potentiellement explosif que Starfleet ait jamais eu à gérer, composé de personnels issus de la Fédération mais aussi du Maquis. Il a une considération particulière pour les ex-rebelles, dont il estime que nul autre que lui ne se préoccupe, tout en ayant la volonté de toujours présenter un front uni avec Janeway devant l’équipage.

A maints égards, Chakotay incarne le mélange idéal de Starfleet et du Maquis. Il évoque librement ses inquiétudes avec le Capitaine dans leurs conversations en privé, mais ne saurait tolérer que les membres de son ancien équipage puissent envisager de saper la hiérarchie et les procédures en vigueur à bord du spationef. Il n’en reste pas moins proche de B’Elanna Torres et de nombre des anciens résistants.

Il prend comme un affront personnel la défection de Seska, passée aux Kazons, et plus tard, encourt des sanctions disciplinaires pour avoir entrepris une mission « sauvage » destinée à détruire la technologie de téléportation dérobée à l’instigation de la traîtresse.

Seska le manipule ensuite de façon à lui faire croire qu’il est le père de son enfant, ce qui plonge Voyager dans un piège à la fin de 2372.

Chakotay noue des relations étroites avec le Capitaine Kathryn Janeway, qui le considère comme un solide soutien, une certaine attirance semble même se développer entre eux. L’harmonie entre Chakotay et son Capitaine ne fait que rendre plus saisissants leurs rares désaccords, la résistance de Janeway à une alliance avec les Kazons, par exemple, ou sa décision d’unir ses forces à celles des Borgs pour défaire l’Espèce 8472. Chakotay appuie néanmoins le Capitaine en ces deux occasions.

Le Commandant en Second de Voyager est un homme passionné, qui se lance dans de nombreuses liaisons avec Seska, avec l’ex-drone Borg Riley Frazier, avec Kellin et même avec un membre de l’Espèce 8472 (sous forme humaine, certes)

Chakotay est aussi industrieux et plein de ressources :

En 2373, Janeway et lui se trouvent abandonnés sur une planète. Le Commander construit un abri modulaire et l’équipe d’une baignoire pour le Capitaine à la suite d’une remarque désinvolte de celle-ci. L’année suivante, alors que les membres de l’équipage de Voyager sont insidieusement remplacés par des aliens, le second échappe à tout contrôle, il sabote à lui seul les systèmes du vaisseau et cause d’immenses soucis aux envahisseurs. L’une des grandes qualités de Chakotay est son sens de l’honneur.

En 2372, il est prêt à sacrifier sa vie pour sauver celle d’un jeune Kazon. L’année suivante, il affronte le Chef des Voths, aux côtés du Pr Gegen, en audacieux soutien de la théorie de l’Origine Lointaine développée par ce dernier.

En 2374, alors qu’il est impliqué dans la guerre entre les Voris et les Kradins, l’indignation que suscite en lui les crimes de guerre auxquels il croit assister facilite le lavage de cerveau que lui infligent les Voris.

Finalement, le dévouement de Chakotay à Voyager et à son équipage ne fait que traduire l’esprit d’entreprise et l’intégrité dont il a fait montre tout au long de sa vie.