Silik et ses soldats Sulibans abordent l'Enterprise et fouillent le navire à la recherche du Capitaine Archer, T’Pol lui affirme qu’il a disparu en voulant se rendre et ne se trouve plus à bord.

En fait, Archer est bloqué au 31ème siècle avec Daniels, essayant de déterminer pourquoi son retrait du 22ème siècle a conduit à la dévastation à laquelle ils assistent.

Daniels est étonné de découvrir qu'un monument commémorant une organisation appelée « Fédération » n'a jamais été construit. Les deux trouvent une ancienne bibliothèque délabrée et commencent à y chercher des réponses.

Sur l’Enterprise, les Sulibans récupèrent les disques de données qui leur avaient été volés précédemment et qui démontraient leur responsabilité dans la catastrophe survenue sur Paraagan II. Ils détectent également une signature temporelle à bord qui prouve que T’Pol ne mentait pas au sujet de la disparition d’Archer, dés lors plutôt que d’exécuter tous les membres de l'équipage, Silik les confine dans leurs quartiers et prend le commandement du vaisseau.

Pendant ce temps, sur la Terre, l'Ambassadeur Soval est indigné par le fait que l'Entreprise n'a pas suivi les instructions mettant fin à sa mission et annonce à l'Amiral Forrest qu'il n'a pas d'autre choix que d'envoyer le navire Vulcain D'kyr à leur poursuite.

Après avoir mis l’Enterprise à quai sur une « Helix », station spatiale appartenant à la Cabale Suliban. Silik refuse de détruire le vaisseau avant d’avoir pu contacter son leader se trouvant dans le futur et avoir reçu des instructions nouvelles, en fait la signature temporelle de l’Enterprise change entièrement le scénario prévu. A défaut, il décide d’interroger T’Pol.

Dans la bibliothèque du 31ème siècle Daniels révèle à Archer, dans des termes plutôt vagues, que celui-ci a un rôle clé à jouer dans le processus éventuel de formation de la Fédération et qu’il a pris conscience qu’en le retirant de son époque, il a provoqué ce qu’il tentait précisément d’éviter.

En conséquence, Archer doit être renvoyé dans son époque, mais étant donné que l'équipement du portail du temps est hors d’usage, Daniels élabore un plan nécessitant l'utilisation de pièces provenant du communicateur et du scanner du Capitaine.

Silik drogue T’Pol et l'interroge sur Archer, mais bien que toutes ses réponses soient véridiques, elles ne lui servent à rien. Pendant ce temps, le reste de l'équipage, toujours confiné dans ses quartiers, trouve un moyen de communiquer les uns avec les autres à travers les portes et ils commencent à monter un plan contre les Sulibans.

T’Pol affaiblie et tremblante est renvoyée dans ses quartiers et pendant qu’elle tente de se remettre de cet interrogatoire brutal, elle est témoin d'une communication visuelle floue d'Archer, il appelle du futur, et il a des instructions.

Maintenant que les membres de l'équipage parviennent à communiquer discrètement entre eux, T’Pol les informe du message d’Archer et ils décident de mettre en place un plan destiné à utiliser les Sulibans à leur insu. Les amener à récupérer un équipement futuriste dissimulé sur le navire, dans les anciens quartiers de Daniels.

Le Lieutenant Reed découvre l'appareil dissimulé dans un « trou » dimensionnel ouvert dans le mur, mais il est immédiatement capturé par les Sulibans et battu dans le but de lui soutirer des informations, Reed raconte alors à Silik qu'il ne sait pas ce que fait le dispositif, mais qu'Archer lui a donné l’ordre, avant de partir, de le détruire afin que Silik ne le trouve pas et ne puisse pas l’utiliser pour « contacter quelqu'un ». Cela conduit Silik à croire que l'appareil l'aidera à entrer en contact avec son Chef.

Alors que Silik s’empare de l’appareil et retourne dans sa chambre temporelle située sur l’Helix, Trip Tucker et T’Pol reprennent le contrôle de l'ingénierie et mettent en place une brèche apparente du réacteur.

En entendant les nouvelles du risque d’explosion imminente, Silik ordonne aux forces Sulibans d'évacuer le navire et de remorquer l'Entreprise loin de l'Helix. Suite à cet ordre, les cellules Sulibans composant l’Helix s’écartent et s’éloignent, car apparemment l'Entreprise est sur le point d’exploser. C’est à ce moment que le vaisseau passe en vitesse de distorsion, car tout cela n’était qu’un leurre pyrotechnique. Mais les Sulibans réagissent rapidement et se lancent à leur poursuite.

Pendant ce temps, Silik essaie de mettre au point l'appareil futuriste afin de contacter son patron. Une silhouette prend lentement forme dans une colonne de lumière, mais à la grande surprise de Silik, la silhouette bondit et l'attaque : c'est le Capitaine Archer !

Tenant une arme sur la tempe de Silik, Archer exige qu’il lui rende les disques de données et l'utilise en tant qu’otage pour sortir de la chambre temporelle, en détruisant également l'appareil futuriste.

Pendant ce temps, l’Enterprise affronte des douzaines de cellules Sulibans provenant de l’Helix, mais au moment même où il semble que la défaite soit imminente, les Sulibans se retirent soudainement et s'éloignent. Une dernière cellule, solitaire, s’approche de l’Enterprise, à son bord, Archer, revenant du futur en compagnie d’un Silik, inconscient.

Après avoir obtenu une entrevue sur le D'kyr, Archer présente la preuve que l’Enterprise n’a aucune responsabilité dans la tragédie de Paraagan. Malgré cela, Soval annonce son intention de recommander le rappel de l'Entreprise en fonction de sa première année dans l’espace qu’il juge « imprudente »

Archer lui-même se trouve placé en examen afin de reconsidérer son affectation, mais T’Pol intervient et souligne dans un discours presque passionné que les Vulcains furent autrefois, ce que les Humains sont aujourd’hui. Apparemment, elle a une haute opinion d’Archer et la décision est finalement prise de laisser l’Enterprise poursuivre sa mission.