L'équipage de l'USS Enterprise apprend qu'une gigantesque entité extragalactique affichant la forme d'un nuage spatial se déplace en faisant disparaître les planètes se trouvant sur son passage.
L'entité se dirige à présent vers les territoires de la Fédération, menaçant chacune des planètes. L'Enterprise intercepte le nuage spatial dans un secteur planétaire peuplé.
Presque immédiatement, le nuage enveloppe la planète Alondra, la pulvérisant en quelques secondes. Il se dirige ensuite directement vers la planète Mantilles, dont la population est de 100 millions d'habitants.
En raison de sa proximité avec le nuage et malgré tous les efforts de l'équipage, l'Enterprise est attiré à l'intérieur et se trouve menacé par une barrière d'antimatière.
Les boucliers du vaisseau sont sur le point de céder lorsque Spock découvre que le nuage est une entité non seulement vivante mais aussi intelligente. Il découvre également que le vaisseau peut s'échapper à travers la partie supérieure de l'entité s'ils agissent rapidement.
L'Entreprise se déplace à travers le corps de la créature pendant que l'antimatière continue de drainer la puissance du navire. Scotty, cependant, est capable de créer un système de régénération de puissance en utilisant une partie de corps de l'entité.
Kirk réalise que la seule façon de sauver la planète est de tuer la créature en faisant exploser l'Enterprise à l'intérieur, mais Spock choisit de tenter une fusion mentale avec l'entité, ce qui permet à la créature d'avoir un aperçu de la vie humanoïde.
Elle comprend alors que sa nourriture, les planètes, contient des créatures vivantes. Le nuage permet à l'USS Entreprise de s'éloigner pacifiquement et accepte de quitter la Galaxie afin de regagner son lieu de naissance.