Tout en visitant Phylos, une planète récemment découverte, l'Away Team envoyé depuis l'USS Enterprise découvre une ville apparemment abandonnée. En l'explorant Sulu ramasse une plante et est empoisonné.

Alors que les membres de l'Away Team tentent de sauver Sulu, les êtres qui peuplent la planète s'approchent d'eux et réussissent à sauver la vie de Sulu.

Après une enquête approfondie concernant les créatures Aliens peuplant Phylos et nommées Phylosiens, l'équipage découvre que le poison qui a affecté Sulu a été accidentellement introduit sur la planète par un visiteur qui a ensuite tenté de trouver un remède.

Les Phylosiens ont appelé ce visiteur "Maître" et " Sauveur".

Les membres de l'Away Team découvrent que ce visiteur était en fait un scientifique Terrien du nom de Dr Starros Keniclius, décédé depuis. A présent, un clone géant du Dr Starros Keniclius, connu sous le nom de Keniclius V, a pris sa place.

Le géant souhaite cloner Spock afin de créer un artisan de la paix intergalactique. Ignorant les propos de Kirk, affirmant que l'Univers est devenu un conglomérat de mondes différents quasi pacifique, Keniclius V clone Spock, paralysant le Vulcan en mettant sa vie en danger.

Kirk réalise que la seule façon de sauver Spock est de révéler à Keniclius V les différents aspects de la vie spirituelle et de la philosophie Vulcaine concernant la vie et la mort et il parvient à convaincre le clone que le nouveau Spock ne sera qu'une copie et non l'original.

Le clone de Spock sauve la vie de l'original par une fusion mentale et reste sur la planète Phylos en compagnie de Keniclius dans le but de revitaliser la civilisation Phylosienne.