Le Vice-amiral Nechayev ordonne au Capitaine Jean Luc Picard, au Docteur Crusher et au Lieutenant Worf d’entreprendre un entrainement intensif dans le but d’effectuer une mission secrète. Pendant leur absence, le commandement de l’Enterprise NCC-1701-D se ra assuré par le Capitaine Edward Jellico. Son style de commandement exigeant agace rapidement le staff des officiers seniors du vaisseau Déjà préoccupé par la montée des tensions entre l’Union Cardassienne et la Fédération.
Alors que l’Enterprise débute les pourparlers diplomatiques avec le Cardassien Gul Lennec, Jellico apporte une série d'ajustements, très impopulaires, aux procédures de routine du vaisseau. Simultanément, alors qu’ils font route vers Celtris III, Picard révèle à Worf et Crusher les détails de leur mission secrète : on suspecte les Cardassiens de fabriquer des armes métagiques interdites et ils ont pour mission de détruire, par n’importe quel moyen ces terrifiants virus métagéniques capables de modifier l’ADN.
L’Enterprise arrive sur le lieu de rendez-vous avec le Class Galor Cardassien, le Reklar, située à la frontière entre la Fédération et l’espace Cardassien. S’appuyant sur sa connaissance de la psychologie Cardassienne, rend Lemec furieux en le faisant attendre plus d’une heure, puis saisit chaque occasion pour intimider et contrarier la délégation Cardassienne au cours des discussions houleuses qui ont finalement lieu. Retournant soudainement la situation, Lemec laisse entendre que les Cardassiens ont pleinement connaissance de la mission «secrète» de Picard.
Sur Celtris III, les trois officiers de Starfleet se frayent un chemin sur un terrain inhospitalier et dangereux. Ils réussissent à pénétrer dans une caverne dans laquelle les armes métagéniques sont censées être stockées, mais se rendent vite compte que la caverne, complètement vide, fait partie d'un piège Cardassien soigneusement mis au point, Worf et Crusher parviennent à s’enfuir, mais Picard est capturé.
Picard est amené devant le Gul Madred, un expert dans l’art des techniques de torture. Il offre un choix très simple à Picard : Répondre à toutes les questions que le leader Cardassien lui posera, ou mourir.
Les pourparlers de Paix entre le Capitaine Edward Jellico et Gul Lemec se poursuivent sur l’USS Enterprise NCC-1701-D. Pendant ce temps, Gul Madred soumet son nouveau prisonnier, Jean Luc Picard à un sérum de vérité.
Picard répond à toutes les questions concernant sa mission destinée à détruire les armes métagéniques, mais affirme qu’il n’a aucune information concernant les plans d’attaque de la Fédération contre l’Union Cardassienne. Insatisfait parles réponses obtenues, le cruel Madred soumet Picard des séances de torture mentale et physique intenses.
Lors d'une réunion ultérieure sur l'Enterprise, Jellico apprend de Lemec que Picard a été capturé par les Cardassiens. Le capitaine fait rechercher le Dr Beverly Crusher et le Lt Worf, mais rejette la demande du Commander William Riker de sauver également Picard. La relation entre Jellico et Riker se détériore davantage lorsque le capitaine refuse également de reconnaître que la mission de Picard a été approuvée par Starfleet, une dispute furieuse entre les deux officiers se termine avec le Remplacement temporaire de Riker par le Commander Data en tant que Premier Officier du navire.
Jellico passe outre les objections de ses cadres supérieurs et ordonne à l'Entreprise de s'installer près de la planète frontalière de Minos Korva. Malgré un manque de preuves solides, il est convaincu que les Cardassiens vont commencer leur assaut contre la Fédération dans cette région. Ignorant que sa capture peut précipiter une guerre, Picard continue de lutter avec Madred, faisant appel à toute sa force intérieure pour résister au cruel Cardassien.
Lorsque Jellico conçoit une stratégie défensive en dispersant des mines dans l'Espace Cardassien, il est forcé d’utiliser l'expertise de pilotage de Riker pour exécuter le plan. Le capitaine ignore les vaines menaces de Lemec et menace de faire exploser le champ de mines à moins que tous les vaisseaux Cardassiens ne se retirent de la frontière et que Picard soit ramené en sécurité sur l'Entreprise.
Les Cardassiens n'ont pas d'autre choix que d'accepter et un Picard battu et meurtri reprend malgré tout le commandement de son vaisseau, au grand plaisir de l'équipage.
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