L'USS Voyager, encore porteur des modifications «borgifiées» de la guerre entre les Borgs et l'Espèce 8472, poursuit son voyage à travers l'espace borg. Dans une alcôve de la Soute 2 se tient Sept de Neuf. Cette drone séparée du Collectif exige néanmoins d'être rendue aux Borgs. Tout à coup, elle ressent une douleur à l'intérieur de son crâne: un nouvel implant borg est frappé de rejet. Sept de Neuf s'agite violemment jusqu'à ce que Tuvok et le Docteur réussissent à la mettre sous sédation.
A l'infirmerie, Kes manifeste des pouvoirs télékinétiques; il semble que ses facultés mentales se soient dernièrement accrues.
Le capitaine Janeway a enquêté sur les origines de Sept de Neuf; les archives de Deep Space Four ont révélé le nom d'Annika Hansen. L'image d'une jeune fille apparaît sur l'écran de la console de Janeway: il s'agit bien de la drone Borg. Les parents d'Annika étaient des explorateurs excentriques opérant sans lien avec la Fédération. Aux dernières nouvelles, ils se dirigeaient vers le Quadrant Delta à bord d'une navette, mais ils refusèrent de déposer un plan de vol, et depuis lors, nul n'a plus entendu parler d'eux.
Le Docteur appelle Janeway; le cas de Sept de Neuf lui pose un grave problème d'éthique. Les implants borgs continuent d'être rejetés par son système immunitaire humain; si le Docteur ne les retire pas, Sept de Neuf va mourir, et pourtant elle refuse de s'humaniser davantage. Le Docteur est réticent à aller à l'encontre des souhaits de sa patiente, mais Janeway lui donne l'ordre d'intervenir.
Sept de Neuf est soudain prise de convulsions; on demande à Kes de stabiliser le cortex moteur de la Borg, mais l'Ocampane fixe quelque chose que le Docteur ne peut voir dans le crâne de la patiente: un implant appuie sur le nerf trochlée. Très calmement, Kes le dissout par télépathie; elle vient de sauver l'hôte Borg de Voyager.
Tuvok paraît très préoccupé par les facultés croissantes de l'Ocampane. Il se propose de lui apprendre à discipliner ses pouvoirs. Ils entament une série de méditations, en se concentrant sur une flamme dans une lampe et en essayant de maîtriser le feu au niveau subatomique. Kes voit au-delà du subatomique, dans un nouveau domaine de réalité empli de formes d'énergie aux couleurs éclatantes. La lampe vulcaine se tord alors que Kes tente de la contrôler. Ses pouvoirs ont déjà dépassé la formation de Tuvok.
Sept de Neuf est affectée aux services techniques, où elle doit contribuer à la suppression des éléments Borgs du navire. B'Elanna Torres lui demande d'aider Harry Kim à retirer les connexions Borgs dans les tubes de Jefferies. Sept de Neuf repère un nodule de communication. Elle assomme Kim et entreprend de contacter les Borgs. Kes perçoit ses actes; soudain, les circuits placés devant Sept de Neuf explosent; elle est projetée à terre.
La crise est passée, mais Sept a réussi aune transmission partielle en direction des Borgs; les pouvoirs croissants de Kes font assurément peser une menace sur Voyager, l'explosion qu'elle a provoquée a affaibli l'intégrité de la coque. Face à Janeway, Sept de Neuf revendique le droit de choisir de retrouver le Collectif.
Tout en partageant une bouteille de champagne Talaxien au mess, Neelix et l'Ocampane se remémorent leur première rencontre à bord de Voyager. Kes tente de montrer à Neelix ses nouveaux pouvoirs; la table se met à trembloter, manipulée au niveau moléculaire. Inquiet, Neelix demande à Kes d'arrêter, mais il est chassé par télépathie. Kim capte de la passerelle les données énergétiques de Kes; à l'arrivée de Janeway et de Tuvok, son corps oscille entre l'existence et la non-existence.
A l'infirmerie, Tuvok indique que le corps de Kes est dans un état de flux cellulaire; Sept de Neuf est, elle également, devenue instable, au plan émotionnel: elle a attaqué le champ de force de sa cellule. Janeway s'efforce d'en appeler à sa part d'humanité réprimée, mais Sept a le sentiment qu'on lui impose une identité humaine.
Plus tard, le capitaine Janeway rend visite à Kes. L'Ocampane lui annonce qu'il est temps pour elle de quitter Voyager. Paradoxalement, elle use de la même logique que Sept de Neuf: c'est là son destin, et elle a le droit de décider de partir. On se fait des adieux plein de tristesse, juste avant que l'Ocampane ne se transforme de nouveau. Janeway demande à Chakotay de préparer une navette et annonce le départ imminent de Kes, dont la transformation sème le chaos à bord du vaisseau. Tuvok effectue une brève fusion mentale avec l'Ocampane pour ralentir sa transformation.
La navette de Kes est lancée; les officiers de la passerelle entendent sa voix enchantée, alors qu'elle évolue vers un nouveau plan d'existence. Sur ses dernières paroles évoquant le don qu'elle fait à Voyager et à son équipage, le vaisseau est projeté à 9500 années-lumière de là où il était; Kes vient de le propulser hors de l'espace Borg et dix ans plus près de la Terre.
Sept de Neuf s'est, elle aussi, transformée: la majorité de ses implants Borgs ont disparu et son aspect est redevenu presque humain. Janeway lui donne un communicateur pour le cas où elle aurait besoin de quoi que ce soit. Sept fait part d'un souvenir: quand elle était petite, sa couleur préférée était le rouge.
La nuit tombe sur l'USS Voyager NCC-74656. Avant de se coucher, Tuvok place sa lampe de méditation à côté de sa fenêtre, éclairée en souvenir de Kes.
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