Les nanites sont des robots submicroscopiques qui opèrent au niveau moléculaire dans la lutte contre diverses lésions et maladies. Conçus pour pénétrer dans l'appareil circulatoire des organismes vivants, ils sont capables d'effectuer des réparations à l'intérieur même d'une cellule.

Le terme de « nanotechnologie » a fait son apparition au XXe siècle. Un nanomètre étant un milliardième de mètre, ce terme s'est appliqué à l'étude de tout ce qui était susceptible d'être mesuré en nanomètres.

Au XXIVe siècle, la nanotechnologie est surtout développée dans ses applications médicales. Des vaisseaux de la Fédération, tels que l'USS Enterprise NCC-1701-D, emportent des nanites dans les réserves de matériel génétique de l'infirmerie.

Les nanites sont si minuscules qu'ils ne sont visibles qu'avec les microscopes les plus puissants et détectables que par des scanners ultra perfectionnés, ils recèlent pourtant des gigaoctets de mémoire informatique.

Les nanites opèrent dans le noyau même des cellules humaines. Ils ont la capacité de s'attaquer à une affection médicale avec une précision nettement supérieure à celle des instruments médicaux les plus perfectionnés et même à celle du système immunitaire humain, car ils réagissent plus vite et à une échelle plus infime.

Les nanites font l'objet de manipulations complexes qui accroissent de façon spectaculaire leur efficacité. Ils peuvent être programmés pour reconnaître tous les virus avec lesquels un organisme a déjà été en contact. Capables d'identifier des critères tels que la malignité de certaines cellules cancéreuses, ils détruisent spécifiquement ces cellules. Ils peuvent aussi oeuvrer pour empêcher la survenue d'une maladie.

Les nanites peuvent aussi représenter une force de destruction d'une puissance incommensurable. Les types de nanites les plus virulents sont susceptibles de servir à des fins militaires, comme des armes biologiques. La Fédération a déjà envisagé d'employer ce type de nanites pour attaquer les Borgs et d'autres ennemis puissants.

Bien que conçus pour un usage sur des entités organiques, les nanites peuvent également exercer leurs effets sur le matériel informatique. Des nanites hostiles pourraient s'en prendre à une mémoire informatique, la détruire et, avec elle, tous les systèmes de diagnostic habituellement employés en situation de crise, ainsi que les systèmes d'armements défensifs, les boucliers et les amortisseurs inertiels. Privé de ses systèmes informatiques, un spationef est pratiquement sans défense.

Ces précieux nanites peuvent donc être d'une dangerosité notable et leur emploi dans des conditions qui ne seraient pas parfaitement contrôlées présenterait des risques inacceptables. C'est pour cette raison qu'ils sont confinés au laboratoire, où on les stocke à l'état inerte.

En 2366, Wesley Crusher procède à bord de l'USS Enterprise NCC-1701-D à des expériences génétiques avancées qui comprennent des interactions avec des nanites. Wesley met à l'épreuve son hypothèse selon laquelle deux nanites oeuvrant en tandem pourraient accroître leurs capacités. Hélas, il s'endort sans avoir veillé à leur bon confinement.

Non confinés, les deux nanites sur lesquels Wesley a fait des expériences se trouvent dotés d'une conscience et se reproduisent rapidement pour en donner des millions d'autres. Ils migrent dans les systèmes informatiques de l'Enterprise et absorbent des informations provenant de leur environnement, les intégrant à leur propre mécanisme tout en se dupliquant. Ils sont en outre capables de construire de nouveaux nanites et d'améliorer leur propre conception à chaque nouvelle génération.

Les nanites doués de conscience partagent une intelligence collective et s'enseignent mutuellement de nouvelles compétences. Lorsqu'ils sont attaqués, ils se comportent comme un organisme vivant et attaquent en groupe dès lors que certains des leurs sont menacés.

Les nanites des ordinateurs de l'USS Enterprise perturbent accidentellement nombre des fonctions de routine du navire, comme la navigation et les communications, plaçant l'Enterprise en grand danger.

L'équipage comprend vite que les rayons gamma de faible intensité ralentissent leur rythme de reproduction, alors que des rayonnements gamma de haute intensité peuvent les tuer.

A mesure que leur intelligence se développe, les nanites prennent de plus en plus le contrôle des systèmes de l'Enterprise. Ils sont tout près de faire capoter une expérience d'astrophysique historique, oeuvre de toute la vie du Professeur Paul Stubbs.

Finalement, les nanites se dotent d'un langage et parviennent à communiquer avec certains membres de l'équipage de l'Enterprise, d'abord par le biais du traducteur universel, puis de manière plus efficace, en prenant temporairement le contrôle du Lieutenant-Commander Data.

Ils font part à l'équipage de leur incapacité à survivre plus longtemps ainsi confinés dans les ordinateurs de l'USS Enterprise et demandent à être transférés sur une planète à eux. Le Capitaine Jean-Luc Picard ayant donné son accord, les nanites vont s'établir sur Kavis Alpha IV.