Starfleet utilise un système de codes transpondeurs pour identifier et localiser ses spationefs à travers les vastes étendues du cosmos. Tous les vaisseaux de la Fédération sont équipés de manière à émettre un code transpondeur.

Il s'agit d'une sorte de signal IFF [pour « Identification : Friend or Foe » (Ami ou Ennemi)] initialement employé pour les boîtes noires des avions volant dans l'atmosphère de la Terre au XXe siècle. Les systèmes radar de cette époque étaient capables d'identifier l'aéronef cible se dirigeant vers eux, bien avant qu'il ne soit à portée de vue.

Au XXIe siècle, les codes transpondeurs transmettent des données de base concernant un vaisseau : nom, classe et allégeance politique du bâtiment. Le fait que ces données soient aisément disponibles contribue à clarifier les intentions d'un appareil et à prévenir toute confusion évitable. Dans la mesure où ils peuvent être émis dans le subespace, les codes transpondeurs sont susceptibles de permettre la localisation d'un vaisseau à grande distance, en s'affranchissant des limitations propres aux systèmes senseurs.

Les codes transpondeurs sont très utiles lorsque des spationefs opèrent en groupe, grâce à eux, le Commandant de la flottille peut identifier instantanément chacun des vaisseaux placés sous ses ordres, et s'assurer avec précision de la manière dont ils sont déployés. Les bâtiments de la Fédération procèdent automatiquement à des vérifications croisées des codes transpondeurs avec les données figurant dans leurs ordinateurs de bord et leurs senseurs, de façon à obtenir une image détaillée d'un vaisseau en phase d'approche.

L'usage de codes transpondeurs est fort répandu au sein d'autres civilisations, mais pour des raisons tactiques ces codes ne sont pas émis ouvertement. Les transpondeurs ne sont pas conçus pour que quiconque puisse localiser un vaisseau, les bâtiments occultés, par exemple, ne transmettent pas de codes transpondeurs.

Les codes transpondeurs émis dans le subespace le sont exclusivement sous forme masquée, ce qui empêche les vaisseaux ennemis de les utiliser pour traquer sans discrimination des bâtiments, et confère ainsi un avantage tactique aux vaisseaux militaires.

Il est arrivé que Starfleet parvienne à accéder aux codes employés par ses adversaires pour protéger des informations de transpondeurs : en 2367, l'USS Enterprise NCC-1701-D réussit à détecter tous les codes transpondeurs Cardassiens dans le subespace. Cela représente un avantage tactique significatif, car les vaisseaux de Starfleet peuvent ainsi observer le déploiement de la flotte Cardassienne.

Bien entendu, les codes transpondeurs ne sont pas le seul moyen d'identifier un astronef. Les systèmes senseurs du XXIVe siècle, ultra perfectionnés, sont capables, à courte portée, de réunir suffisamment d'informations pour identifier tout vaisseau connu. Si un bâtiment pénètre dans une zone fortement développée, un réseau de senseurs installés à bord des astronefs, des stations spatiales et des installations planétaires pourra transmettre des données à un centre des opérations tactiques.

Le résultat auquel aboutissent tous ces efforts est le même que celui qu'obtient un seul récepteur subspatial captant un signal transpondeur codé. Qui plus est, il n'est pas impossible de leurrer les senseurs. L'un des principaux modes d'identification d'un vaisseau spatial consiste à relever sa signature de distorsion, or les spationefs peuvent être modifiés de façon à émettre une fausse signature.

Lorsque des rebelles du Maquis conduits par Thomas Riker s'emparent de l'USS Defiant NX-74205, ils programment au moins un Raider du de manière à émettre la signature de distorsion du Defiant.

En conséquence, les Cardassiens gaspillent des ressources précieuses à essayer de s'en prendre à un bâtiment insignifiant, cependant que le Defiant est libre d'engager une autre cible. Cette supercherie est percée à jour par le Commander Sisko, qui remarque des contradictions dans la variance subspatiale.

Riker a certainement neutralisé le transpondeur du Defiant, Starfleet, qui coopère avec les Cardassiens, ne parvient pas à retrouver sa trace même lorsqu'il n'est pas occulté.

Si un vaisseau est endommagé ou détruit, son enregistreur de vol transmet un signal transpondeur subspatial, ce qui permet de le retrouver et de le récupérer dès que possible.