Benjamin Lafayette Sisko est entré à l'Académie de Starfleet en 2350, à l'âge de 18 ans. En deuxième année, il est affecté sur le terrain à la Base Stellaire 137. Au sortir de l'Académie, en 2354, Ben Sisko se voit attribuer le grade d'Enseigne, peu après, il est affecté à bord de l'USS Livingstone. Quelques années plus tard, sa carrière prend un tournant spectaculaire avec sa mutation à bord de l'USS Okinawa du Capitaine Leyton.

Bien que l'intérêt premier de Sisko aille à la technique, Leyton perçoit le potentiel du jeune officier en tant que leader, aussi l'élève-t-il au grade de Lieutenant-Commander, il en fait le Commandant en second de l'Okinawa. Sisko saisit l'occasion d'exercer un commandement. Des plus ambitieux dans sa jeunesse, il s'est efforcé de se gagner une place au sein de l'Amirauté, au grand amusement de son ami et mentor Curzon Dax, qui ne voyait pas en lui un bureaucrate. Sisko a servi à bord de l'Okinawa pendant la guerre avec les Tzenkethis.

Sisko est ensuite transféré sur l'USS Saratoga en tant que second, conservant son rang de Lieutenant-Commander. Pendant son séjour à bord, il subit l'une des pertes les plus tragiques de sa vie. En 2367, sa femme Jennifer est tuée au cours de la bataille de Wolf 359 contre les Borgs. Sisko parvient à s'échapper du Saratoga avec leur jeune fils Jake, quelques secondes avant la destruction du vaisseau. Accablé par la mort de son épouse, Sisko perd une grande part de l'énergie et de la motivation qui étaient siennes jusqu'alors.

Le Saratoga disparu, Sisko est affecté aux Chantiers spatiaux Utopia Planitia sur Mars.

Sa formation technique trouve son aboutissement dans la direction de l'équipe de développement d'un cuirassé expérimental, l'USS Defiant, destiné à servir de première ligne défensive contre de nouvelles attaques des Borgs. Lorsque la menace Borg semble diminuer, le projet Defiant est mis en réserve, mais sera ultérieurement réactivé contre le Dominion.

Au lendemain du retrait Cardassien de Bajor, en 2369, Sisko est promu au grade de Commander et affecté, sur recommandation de Leyton (désormais Amiral), à la station Deep Space Nine, une ancienne station minière Cardassienne.

Sa mission consiste à aider Bajor à se préparer à l'entrée dans la Fédération. Peu satisfait de cette affectation, Benjamin Sisko envisage brièvement de démissionner de Starfleet.

Peu après son arrivée, toutefois, Sisko découvre un vortex stable reliant les Quadrants Alpha et Gamma. A l'intérieur de ce vortex, il rencontre des êtres en qui les Bajorans voient les Prophètes de leur religion. Les expériences vécues par Sisko dans le vortex l'aident à surmonter la perte de sa femme, il en sort avec une attitude plus positive envers la vie et sa carrière dans Starfleet. La découverte du vortex par Sisko amène aussi les Bajorans à croire qu'il est l'Emissaire, le lien entre les Prophètes et le peuple de Bajor. Ce rôle n'est guère confortable pour Sisko, car il se heurte souvent à celui d'officier de Starfleet.

En tant que Commandant de Deep Space Nine, Sisko occupe l'un des postes les plus sensibles de la Fédération. Ses talents de diplomate, combinés à ses connaissances en matière de stratégie militaire, le placent au point névralgique des rapports entre la Fédération, Cardassia, Bajor et l'Empire Klingon, exposés aux menaces venues du Quadrant Gamma, celles du Jem'Hadar et du Dominion.

Les performances exemplaires de Sisko lui valent d'accéder au grade de Capitaine à la fin de 2371 et bon nombre des Officiers ayant servi sous ses ordres jugent cette promotion bien tardive. Familier des affaires du Quadrant Gamma, Sisko est un atout précieux pour Starfleet Command.

En 2372, alors que l'on craint une infiltration de Starfleet Command par des membres du Dominion, il est rappelé sur Terre et temporairement nommé Chef de la Sécurité de Starfleet. Au cours de cette mission, Ben Sisko est contraint de se dresser contre l'Amiral Leyton, après avoir appris que celui-ci projette un coup d'Etat pour s'emparer du gouvernement de la Terre.

Après la prise de contrôle de Deep Space Nine par le Dominion et l'évacuation de son personnel par Starfleet, en 2373, Sisko joue un rôle important dans les opérations militaires de Starfleet et mène à bien de nombreuses missions contre le Dominion à bord du Defiant.

En 2374, l'Amiral Ross le retire du front pour faire de lui son adjoint. Lorsque Starfleet apprend que le Dominion a mis au point une méthode de désactivation du champ de mines qui entoure le Vortex Bajoran, Sisko reçoit le commandement d'une armada de vaisseaux et parvient à reprendre Deep Space Nine. Il réintègre alors son ancien poste de Commandant de la station.