La pire menace qui pèse sur la sécurité de la Fédération (et de la Galaxie) n'est peut-être ni l'invasion, ni la guerre, ni la maladie, mais une molécule microscopique d'une incroyable puissance connue sous le nom d’« Oméga  ».

A la date stellaire 15781, Kathryn Janeway, Capitaine de l’USS Voyager NCC-74656, est alertée au sujet de la présence d'un élément dont l'existence est jusqu'alors connue des seuls Capitaines et Officiers Supérieurs de Starfleet.

Cet élément ultrasecret, dit « molécule Oméga », est la plus puissante substance que connaisse la Fédération : une seule molécule contient autant d'énergie qu'un réacteur à distorsion.

Le potentiel de dévastation d'Oméga est tel que Janeway a pour ordre, au cas où elle rencontrerait cette molécule, de l'isoler et de la détruire à tout prix. Cette Directive Oméga prend le pas sur toute autre instruction de la FUP, même la Prime Directive.

Les vaisseaux de Starfleet sont programmés pour quitter leur vitesse de distorsion aussitôt que la molécule Oméga a été détectée. Les senseurs sont automatiquement coupés au niveau de toutes les stations opérationnelles, et le symbole oméga remplace toutes les données affichées sur les écrans, de telle sorte que le personnel n'a plus aucune possibilité de réaction.

Seuls des codes de commande d'un niveau de clairance 10 ou supérieur peuvent retirer ce symbole oméga, restaurer les fonctions normales du vaisseau et donner accès au dossier sécurisé qui contient tout élément relatif à la molécule.

L'ordinateur étant le premier système du navire à avoir connaissance de l'existence des molécules, il suit un protocole précis qui rappelle au capitaine que la Directive Oméga s'applique désormais, et que toutes les autres priorités sont annulées.

Selon la première théorie des cosmologistes de la FUP, la molécule aurait vécu à l'état naturel durant un laps de temps infinitésimal, au moment précis du Big Bang, et aurait constitué la source d'énergie première de la création de l'Univers.

Plus tard, on estime qu'une petite chaîne de particules Oméga serait capable de pourvoir aux besoins énergétiques de toute une civilisation, c'est pourquoi maintes espèces ont tenté de synthétiser la molécule, avec des résultats toujours désastreux

Il y a un siècle, un savant de Starfleet du nom de Kiteract a maintenu une particule Oméga de création artificielle dans un état de stabilité pendant une fraction de seconde, à sa station de recherche secrète du secteur de Lantaru. Cent vingt-six savants ont péri lorsque la particule s'est déstabilisée.

De nombreuses ruptures subspatiales s'étendant sur des années-lumière sont apparues, qui ont empêché l'essor d'un champ de distorsion stable dans ce secteur. Cette catastrophe a été attribuée à un phénomène naturel, mais Starfleet Command savait ce qu'il en était d'Oméga : une seule particule peut détruire le subespace dans une zone localisée, de sorte que l'on n'y peut atteindre que des vitesses infraluminiques.

Une réaction en chaîne pourrait dévaster le subespace dans tout un quadrant de la Galaxie. Les voyages supraluminiques deviendraient impossibles et toute la structure dés civilisations maîtrisant les voyages spatiaux serait annihilée. Si l’on découvrait qu’une société travaille sur la particule Oméga dans le Quadrant Alpha, Starfleet Command devrait être immédiatement contacté, qui chargerait une équipe de spécialistes de faire face à ce que la FUP voit comme une menace pesant sur toute la Galaxie.

Janeway ne dispose pas d'un tel recours. Cependant, bien qu'elle l'ignore initialement, ses connaissances sont partagées par un membre de son équipage, Seven of Nine, connaît la Directive Oméga, par le biais des souvenirs des nombreux Capitaines de Starfleet assimilés par les Borgs au fil des ans.

Starfleet n'est pas seul à s'intéresser à la molécule Oméga.

En 2146, donc bien avant Voyager, les Borgs ont appris l'existence de la particule. Ayant entendu parler d'une « substance capable d'embraser les cieux », le Collectif Borg a assimilé douze espèces avant d'en absorber une qui ait une connaissance scientifique d'Oméga. Cette particule complexe et harmonieuse était très proche de la représentation Borg de la perfection.

Après plusieurs essais, les Borgs parviennent à créer une molécule et à la maintenir stable, mais en cherchant à exploiter la colossale puissance d'Oméga, ils aboutissent à la destruction de vingt-neuf vaisseaux spatiaux et de 600 000 drones Borgs

Plusieurs moyens, tel que les boucliers multiphasiques et portes imprégnées de Duritanium, ont été utilisés pour protéger les sites ou des personnels travaillent sur Oméga et contenir les réactions potentiellement catastrophiques de la molécule.

Étant donné les quantités de radiations présentes, les sauveteurs qui arrivent sur un tel site d'essais doivent au préalable recevoir des injections d'Orithrazine.

Starfteet a mis au point une charge gravimétrique de quelque 80 isotonnes destinée à une torpille à photons standard afin de détruire une molécule. Les Borgs ont créé une chambre de résonance harmonique capable de contenir et stabiliser très brièvement des molécules.

Quant à l'équipage de Voyager, il se sert des informations acquises auprès de l'espèce du Quadrant Delta ayant travaillé sur sa propre version de la particule Oméga afin de détruire, voire de contrôler les molécules instables.

Seven of Nine adapte la chambre de résonance Borg pour émettre une fréquence de confinement inverse, ayant pour effet de dissoudre les liens entre les atomes des molécules Oméga.

Avant que les molécules n'explosent dans l'espace, Seven assiste à une stabilisation spontanée de 3,2 secondes d'Oméga, mais Kathryn Janeway juge beaucoup trop dangereuse toute nouvelle expérience de stabilisation.

Jusqu'à ce que les Scientifiques de la FUP puissent être certains qu'une telle technologie permet de contenir ces extraordinaires molécules, le politique de destruction sera poursuivi.