Les Capitaines de spationef tiennent un des rôles les plus exigeants et les plus astreignants de tout Starfleet. Leur principale responsabilité concerne la sécurité de leur vaisseau et de l'équipage. Mais ces fonctions requièrent aussi le recours fréquent à des talents diplomatiques, tactiques et aux relations sociales.
En intégrant l'Académie de Starfleet, une nouvelle recrue peut nourrir l'ambition de commander un jour un vaisseau spatial. Mais pour beaucoup d'appelés, il y a peu d'élus... Les rigueurs de l'entraînement, la théorie et l'étude ne sont que le début du long chemin qui mène à la Capitainerie. Des années de service, depuis le grade d'Enseigne jusqu'à celui de Premier Officier, sont nécessaires aux candidats désireux de diriger et de protéger des centaines d'âmes. Les Capitaines de Starfleet tendent donc à être des êtres exceptionnels, aptes à jongler avec les divers rôles qui leur sont dévolus dans le cadre de leurs devoirs.
Dans les années 2150, Jonathan Archer est nommé Capitaine du premier vaisseau Terrien capable d'atteindre la vitesse de distorsion 5, l'Enterprise NX-01. Au XXIIIe siècle, la fonction se rapprochant le plus de celle de Commandant de navire qu'occupe le Capitaine Christopher Pike, son subordonné immédiat à bord de l'USS Enterprise NCC-1701, n'est autre que celle occupée par "Numéro Un", détenant le rang de Lieutenant. Pour les Capitaines occupant le poste de Commandant de navire, la phase promotionnelle suivante est celle de Capitaine de la Flotte Stellaire.
Quand James T. Kirk prend le commandement de l'Enterprise, le titre officiel de « Numéro Un » a été remplacé par le statut d'Officier en Second ou Premier Officier. Au contraire des années qui suivront, ce n'est pas là une fonction en soi. Spock demeure l'Officier Scientifique de bord autant que l'Officier en Second de Kirk. Le titre de Capitaine de la flotte est remplacé par le grade de Commodore.
Trois grandes responsabilités incombent à un Capitaine de Starfleet. La première, et la plus vitale, est la bonne marche, dans l'efficacité et la sécurité, des affaires du vaisseau et de l'équipage. Les actes et la personnalité d'un Capitaine doivent inspirer de la loyauté à tous ceux qui le servent. Si l'équipage ne respecte plus les décisions de son Chef, la désaffection et la mutinerie ne seront pas longues à suivre...
Ensuite, on demande aux Capitaines qu'ils soient des tacticiens militaires ingénieux, capables d'évaluer la gravité de tout ce qui pourrait menacer le vaisseau, ainsi que la sécurité de la Fédération Unie des Planètes, et d'agir en conséquence. Ainsi, à l'occasion d'un affrontement avec les Ferengis en 2355, le Capitaine Jean-Luc Picard ourdit une stratégie belliqueuse hautement efficace que l'on baptisera la « Manoeuvre de Picard ». Depuis, elle fait partie du tronc commun obligatoire de l'enseignement dispensé à l'Académie de Starfleet.
Enfin, les Capitaines sont souvent appelés à remplir des fonctions diplomatiques. On attend d'eux qu'ils représentent la Fédération au mieux de ses intérêts et qu'ils prennent des décisions en son nom. En conséquence, un Capitaine doit se tenir informé de beaucoup de choses, dans le domaine de la législation notamment, ainsi que des coutumes des autres espèces et sociétés.
Cela exige une appréciation certaine des cultures et traditions extraterrestres. Les situations concernant des formes de vie nouvelles ou difficiles peuvent s'avérer problématiques mais, en toutes circonstances, le Capitaine doit faire respecter la Prime Directive : la non-interférence avec les autres cultures et leur évolution. Dans certains cas, les Capitaines sont dans l'obligation de préserver le statu quo, mais aussi de réparer les dégâts, fortuits ou non, infligés à des espèces ou à des chronologies spatio-temporelles par la Fédération. Respecter la Prime Directive équivaut parfois à entrer en conflit avec les autres devoirs incombant au Capitaine et à le soumettre à de rudes pressions.
Des tensions nerveuses, d'ordre tant émotionnel qu'intellectuel, font partie intégrante du quotidien d'un Capitaine de Starfleet. Au niveau le plus élémentaire, un Capitaine aura toujours à coeur de préserver la vie et le bien-être de son équipage, et de protéger son vaisseau.
Parfois, la fatigue nerveuse et le surmenage qu'entraînent de si lourdes responsabilités deviennent insupportables. La perte d'un équipage, d'un commandement ou d'une famille a incité plus d'un Capitaine de Starfleet à commettre des actes contraires aux intérêts de la Fédération. Comme le Capitaine Benjamin Maxwell de l'USS Phoenix NCC-65420 qui, dans un moment d'aberration mentale, manque de déclencher un conflit avec les Cardassiens en 2367.
Si un Capitaine est déclaré physiquement inapte au service, d'autres Officiers peuvent le relever de ses fonctions, notamment l'Officier Médical en Chef ou le Conseiller de bord. De graves blessures, des signes de tension extrême, un comportement inhabituel ou inquiétant peuvent également faire qu'un Capitaine soit démis de ses fonctions, quoiqu'une telle requête doive émaner d'au moins deux Officiers Supérieurs. Des règlements de Starfleet spécifiques permettent d'appliquer ce genre de décision.
En cas de défaillances ou de changements au sein de la hiérarchie normale de Starfleet, le Capitaine peut se retrouver dans une position délicate. C'est ce qui arrive au Capitaine Kathryn Janeway de l'USS Voyager NCC-74656, qui en vient à devoir compter uniquement sur son humanité, son sens de la discipline et ses connaissances des protocoles de Starfleet pour motiver son équipage alors qu'ils sont perdus dans l'immensité du Quadrant Delta.
Dans cette situation extraordinaire, le rôle « d'ancre » que joue le Capitaine vis-à-vis de son navire est encore plus primordial. Janeway noue ainsi avec ses subordonnés des liens bien plus étroits qu'il n'est normal pour un Capitaine de Starfleet, même si elle a recours aux règlements en vigueur pour maintenir la discipline à bord et préserver l'encadrement hiérarchique.
Saluons la force de caractère d'un tel Officier Commandant, ses talents pour la communication et sa nature pleine de compréhension, car Janeway sait tout autant s'attirer le respect de ceux qui n'ont pas choisi de servir Starfleet, c'est-à-dire des agents du Maquis, coincés eux aussi à bord de Voyager.
Selon la classe du vaisseau, différentes structures sont ou non proposées à la discrétion du Capitaine. A bord de la plupart des astronefs de la FUP, la configuration même de la passerelle reflète l'importance capitale de celui qui la dirige, en cela que la position de commandement occupe pratiquement toujours le centre, avec des systèmes de communication et les principaux Officiers tout proches.
Bien des navires disposent également d'un bureau adjacent à la passerelle, et dans lequel le capitaine peut avoir des entrevues de nature privée ou diplomatique, ou encore débattre de problèmes critiques.
C'est aussi souvent un lieu privilégié où mettre à jour son journal de bord, un relevé officiel des missions entreprises et du cours des événements. Des additifs personnels complètent ces rapports officiels du Capitaine, faisant état de réflexions et de sentiments plus intimes.
Les Officiers Commandants de Starfleet ne remplissent pas leurs devoirs depuis la passerelle d'un vaisseau spatial : certains reçoivent le commandement d'une base stellaire, d'une station ou d'un avant-poste. En 2369, le Commander Benjamin Sisko se voit confier les rênes de DS9, une ancienne station minière Cardassienne en orbite autour de Bajor.
La découverte d'un vortex proche transforme le rôle de Sisko en l'une des affectations les plus délicates de la FUP, tandis que l'exploration galactique proprement dite est reléguée au second plan, au profit de négociations diplomatiques et stratégiques forts complexes. Sisko est promu Capitaine à la Date stellaire 48959 en reconnaissance des mérites qu'il y a à jongler ainsi avec les factions de Bajor, de Cardassia et du Dominion.
Tous les Capitaines ne commandent pas des vaisseaux spatiaux, certains ont pour base les Quartiers Généraux de Starfleet et l'Académie de Starfleet, sur Terre.
Les Capitaines sont en général appréciés pour leur expérience diplomatique et militaire, mais certains Officiers se voient décerner ce grade en reconnaissance de leurs compétences techniques, médicales ou juridiques. Par exemple, au XXIVe siècle, Philippa Louvois officie en qualité de juriste pour le Président des services judiciaires de la Flotte dans le secteur 23. En 2365, Louvois convoque une audience solennelle afin de déterminer si l'Officier Androïde Data devrait se voir accorder les mêmes droits qu'un être vivant à part entière.
Les Capitaines de Starfleet sont souvent appelés à prendre part à des conflits ou à des audiences de nature juridique, leur grade et leur autorité garantissant une approche objective et impartiale des faits.
En 2366, le Commander William T. Riker est accusé d'avoir assassiné un savant, et le Capitaine Picard en appelle à un règlement spécifique de Starfleet permettant à tout Capitaine de statuer sur le bien-fondé d'une extradition. L'année suivante, Picard est prié de se présenter au tribunal sur convocation de Norah Satie, à des fins d'enquête sur l'espionnage Romulien.
Par la force des choses, le Capitaine doit souvent mener une existence solitaire. Stabiliser des relations personnelles avec ses subordonnés peut générer bien des problèmes, or rien ne doit venir influer sur des décisions de commandement. Un Capitaine a également besoin de bien connaître dans la pratique les systèmes embarqués et les départements.
En 2375, le Capitaine Picard prouve qu'il est capable de déceler un problème d'alignement de l'ordre de douze microns seulement dans les détecteurs de force de torsion de l'USS Enterprise NCC-1701-E.
Les Capitaines doivent savoir quand prendre les armes, quand prendre la tangente et quand, en cas de crise insoluble, détruire leur propre navire à l'aide de la séquence d'autodestruction.
Qu'il préside un mariage ou des funérailles, qu'il s'exprime au nom de la FUP ou qu'il défende ses intérêts par des moyens militaires, un Capitaine de Starfleet doit toujours s'élever au-dessus des préjugés et des influences, afin de prendre des décisions aussi sensées que justes.