En 2353, le lendemain de la fête d'un dénommé George à laquelle elle avait assisté, Jennifer Sisko se détendait sur Gilgo Beach, Long Island en profitant du soleil. C'est là, qu'elle fit la rencontre d'un homme transportant trois limonades se brûlant la plante des pieds sur la sable et qui accidentellement, en renversa une bonne partie sur elle.
C'est ainsi qu'elle rencontra pour la première fois son futur mari, Benjamin Sisko, un jeune diplômé de l'Académie de Starfleet et qui attendait sa première affectation. Et très attiré par la très jolie Jennifer.
Elle commença par refuser le verre proposé par cet inconnu, et évita ses diverses attentions, mais une attraction évidente existait déjà entre eux.
La mère de Jennifer l'avait prévenue de prendre garde aux jeunes Officiers fraichement émoulus de l'Académie de Starfleet, mais la jeune femme ne put résister à l'offre de Ben de cuisiner un repas pour elle. Ils se marièrent dans les deux années qui suivirent. Jennifer Sisko partagea avec Ben un mariage parfaitement heureux et même sa mère adorait son gendre.
Le couple décida d'avoir un enfant très rapidement, Jennifer surprit son époux, par son empressement à fonder une famille sur un vaisseau spatial, ce qui n'était pas considéré par beaucoup comme l'endroit idéal. Elle passa beaucoup de temps à décorer la chambre de leur futur bébé, transformant même le plafond en une voute étoilée.
Jake Sisko vit le jour en 2355. Jennifer parvint à jongler habilement entre sa vie de famille et sa vocation scientifique, mais il est fort probable que son mari y a bien contribué en faisant une grande partie de la cuisine familiale.
Elle adorait son fils, et écoutait toujours tous ses problèmes avec attention et tendresse. Il se souvient d'elle comme d'une mère douce et aimante. Elle avait même appris le ski-nautique à son fils durant des vacances en famille passées dans un camping sur la planète Itamish III.
Le travail de Jennifer est inévitablement influencé par les différentes affectations de son époux. Pendant, un certain temps, elle vit avec lui sur la colonie Lunaire de New Berlin, où elle devient amie avec Gretchen Hudson, l'épouse du Commander Calvin Hudson. Les deux couples passent beaucoup de temps ensemble, profitant des festivités comme le Festival Mazurka, Bière et Saucisses.
En 2366, Jennifer et son époux se trouvent à bord de l'USS Saratoga NCC-31911 lorsque les Borgs envahissent l'espace de la Fédération. Le vaisseau rejoint l'armada de Starfleet à Wolf 359, mais le Saratoga est rapidement mis hors de combat lors d'un assaut dévastateur. Jennifer est coincée dans leurs quartiers par la chute de plusieurs poutres de soutien, et elle est déjà morte lorsque Benjamin essaie de la libérer. Sa mort laisse un poids très lourd à porter, pour son époux et son fils qui, tous deux, pleurent la femme qu'ils ont tant aimée.
En un sens cependant, Jennifer continue à vivre. Elle existe dans une réalité parallèle connue de Starfleet comme étant l'Univers Miroir, où sa carrière en tant que scientifique a considérablement évolué.
Les Terriens sont jugés comme inférieurs dans cet univers, mais elle est originaire d'une des quelques familles Terriennes privilégiées qui collaborent avec la tyrannique Alliance. Cela ne veut pas dire qu'elle y mène une vie heureuse cependant, car elle se plaint souvent du fait que personne n'a jamais vraiment pris soin d'elle.
Il y a de nombreuses similitudes entre les deux Jennifer, le Professeur Sisko est mariée à un homme nommé Benjamin, mais leur mariage n'est pas heureux et prend fin lorsque ce Sarazin coureur de jupons la quitte.
Elle possède exactement le même physique et la même voix que son homologue, et Jack Sisko transfère toute son affection sur la Jennifer de l'Univers Miroir aussitôt qu'il la rencontre. Il a l'impression de parler à sa mère et lui raconte tous les évènements qui se sont passés durant les neuf années qui ont suivi sa mort.
Cette Jennifer est aussi une ardente humanitaire, et cela la mène à travailler avec l'Alliance pour saper la rébellion Terrienne. Elle insiste pour que les tueries s'arrêtent et utilise ses connaissances scientifiques pour développer un réseau de capteurs transpectral, destiné à découvrir les emplacements des bases de la résistance.
Elle est persuadée de changer cette allégeance à l'Alliance par une rencontre avec le Benjamin Sisko de l'Univers Primaire, dont elle réalise très rapidement que ce n'est pas son mari. Mais il y a suffisamment de points communs entre sa femme décédée et son homologue pour remuer le cœur de Sisko, et un lien se crée de manière indéniable entre les deux.
Cette Jennifer est beaucoup plus manipulatrice, cependant, en 2372, elle conçoit un plan pour se rendre dans l'Univers Primaire et emmener Jack avec elle, forçant ainsi son père à les suivre et à apporter à la Rébellion l'assistance dont elle a besoin grâce à leur version de l'USS Defiant NX-74205.
Ses actions ne font cependant que refléter les circonstances désespérées de l'Univers dans lequel elle est obligée de vivre. Jennifer retourne à Jake son affection, voyant en lui le fils qu'elle n'a jamais eu.
Elle sacrifiera sa vie pour lui, en se jetant devant un tir de disrupteur afin de le protéger. Jennifer Sisko meurt une seconde fois, mais avec deux personnes qui l'aimaient à ses côtés.