L'USS Enterprise NCC-1701 a été chargé de retrouver John Gill, un historien de la FUP disparu six mois auparavant. Parvenu à la planète Ekos, le vaisseau ne réussit pas à se mettre en contact avec Gill. L'Enterprise est bientôt attaqué par une sonde armée, trop évoluée au regard du niveau technologique d'Ekos ou de sa voisine Zeon. L'engin est porteur d'une ogive thermonucléaire, mais le Cpt James Kirk le détruit avant qu'il n'ait pu causer de dommages.
Kirk fait placer en orbite autour d'Ekos, hors de portée des dispositifs de détection de la planète. Spock lui apprend que, selon les données à sa disposition, les Ekosiens sont un peuple primitif, belliqueux, vivant dans l'anarchie. Zeon jouit d'une technologie supérieure et sa population est pacifique.
Kirk décide de se téléporter sur Ekos en compagnie de Spock. Leonard McCoy les équipe tous deux d'un transpondeur sous-cutané. James Kirk demande à Scotty de placer l'Enterprise sur une position autorisant les communications. Si Spock et lui n'ont`pas établi le contact dans les trois heures, Scotty se servira des transpondeurs pour les localiser et les ramener à bord.
Spock et Kirk arrivent à la surface de la planète où un homme de Zeon les exhorte à se cacher, avant d'être arrêté par des officiers arborant des svastikas. Spock rappelle à Kirk que la Prime Directive leur interdit d'intervenir.
Des nouvelles diffusées sur écran dans la rue révèlent qu'Ekos a adopté un régime militaire comparable à celui de l'Allemagne nazie et se trouve en guerre contre Zeon. James Kirk est perplexe : il est pratiquement impossible qu'une autre planète ait pu se doter de façon indépendante d'une culture identique à celle qui existait jadis sur Terre.
Les deux membres de Starfleet assistent à la remise d'une décoration à un officier nazi, une femme du nom de Daras, et découvrent que la planète est sur le point d'appliquer une décision. synonyme d'anéantissement de la population de Zeon. Juste avant la fin de l'émission, le présentateur salue le Führer, John Gill.
Kirk et Spock se font passer pour des officiers nazis mais sont interpellés avant d'avoir pu trouver Gill. Leurs phaseurs et leurs communicateurs sont confisqués, puis ils sont emmenés dans un centre de détention pour y être torturés et interrogés. En cellule, ils rencontrent Isak, l'homme dont ils ont assisté à l'arrestation. Il leur apprend que le mouvement nazi est né sur Ekos à l'arrivée de Gill, quelques années auparavant, et ajoute qu'Ekos ne va pas manquer d'envahir Zeon.
Kirk et Spock retirent leur transpondeur, Spock se sert des cristaux de rubindium contenus dans les appareils pour construire un laser de fortune qui sert à ouvrir la porte de la cellule. Les phaseurs ont été saisis par la Gestapo, les communicateurs démontés, mais Spock pense pouvoir en réparer un.
Isak conduit les évadés jusqu'à un groupe de résistants dirigé par son frère Abrom. Celui-ci rechigne à leur apporter son aide, mais Kirk explique que sa mission est de retrouver John Gill et que c'est là le seul moyen de mettre un terme à la guerre. Spock remonte le communicateur, sans pouvoir le tester avant que l'Enterprise ne soit à portée.
Les résistants sont capturés par Daras, la dignitaire nazie vue aux actualités. Elle abat Abrom. Kirk et Spock parviennent à la désarmer, mais s'aperçoivent qu'il s'agissait en fait de mettre leur loyauté à l'épreuve: en réalité, Daras fait partie de la résistance.
Kirk et Spock sont fermement décidés à voir Gill. Isak et Daras leur apprennent que le commandement est exercé par le vice-Führer Melakon. Gill ne reçoit personne, mais il va faire un discours de la Chancellerie. Daras accepte d'aider Kirk, Spock et Isak à franchir le barrage des gardes. Ils se déguisent en membres d'une équipe de cinéastes de la Gestapo pour s'introduire dans le bâtiment. Isak veut que l'on tue Gill dès que possible, mais Kirk refuse.
Gill est assis dans un box entouré de gardes. Spock remarque qu'il semble malade ou drogué, puis il réussit à contacter l'Enterprise. James Kirk demande à Leonard McCoy de passer un uniforme nazi et de se téléporter. Ils sont surpris par l'arrivée d'officiers nazis qui ont capté le signal du communicateur, Kirk parvient à les convaincre que McCoy est ivre et que l'on essayait de le cacher aux regards du public.
McCoy assiste au discours de John Gill et confirme qu'il est drogué. Kirk, Spock et Isak neutralisent les gardes du Führer.
Le Médecin en Chef de Starfleet administre à ce dernier deux doses d'un puissant stimulant, sans parvenir à tirer Gill de son état comateux.
Il hésite à aller plus loin au risque de le tuer, aussi Kirk demande-t-il à Spock de procéder à une fusion mentale avec Gill. Pendant ce temps, Melakon lance la solution finale : la guerre totale contre Zeon. Daras supplie Kirk de se servir de l'Enterprise pour détruire la flotte d'invasion. Kirk refuse.
Amené par Spock à un niveau de conscience acceptable, Gill explique qu'il s'est servi de l'exemple de l'Allemagne nazie pour ramener l'ordre sur Ekos. Cela a fonctionné dans un premier temps, mais Melakon s'est emparé du pouvoir réel et a déclenché une guerre contre Zeon. L'historien, drogué, est devenu un fantoche. Gill perd connaissance. McCoy refuse de lui administrer une nouvelle dose de stimulant. Des nazis font alors irruption, James Kirk les convainc que Spock est le seul espion et ce dernier est arrêté.
Kirk injecte à Gill une nouvelle dose de stimulant, il revient à lui et se lance dans une grande déclaration à son peuple : la flotte est rappelée sur le champ, la guerre doit cesser, Melakon n'est qu'un traître.
Melakon ouvre le feu sur la cabine avant d'être abattu par Isak. Gill, mortellement blessé, déclare à James Kirk avoir eu tort d'enfreindre la Prime Directive, mais il a le sentiment maintenant d'avoir réparé son erreur : Ekosiens et Zeons travailleront désormais main dans la main.
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