Les vaisseaux de la Fédération emploient un autre code vital pour leur sécurité, appelé code préfixe. Il est conçu pour empêcher un ennemi de prendre à distance le contrôle des systèmes informatiques d'un bâtiment de la FUP.

Lors de son lancement, chaque vaisseau de Starfleet se voit assigner un code qui lui est propre. Tous les spationefs de la flotte fédérale détiennent une liste de tous les codes préfixes. En cas d'urgence, ils peuvent être utilisés pour prendre le contrôle d'un autre bâtiment.

Ils sont rarement employés, mais en certaines occasions la connaissance du code préfixe d'un autre spationef a contribué à la victoire au combat ou à l'évitement d'une guerre.

En 2285, l'USS Reliant NCC-1864 du Capitaine Clark Terrell accomplit une mission consistant à étudier des planètes dans le cadre du projet Genesis lorsqu'il est détourné par le surhomme dément Khan Noonien Singh.

Se faisant passer pour un vaisseau de Starfleet aux intentions amicales, le Reliant commandé par Khan manœuvre de façon à ouvrir le feu à bout portant de ses phaseurs. Connaissant précisément les points sensibles de l'USS Enterprise NCC-1701 à viser, Khan désempare le bâtiment. Lorsque celui-ci est réduit à l'impuissance, Khan s'apprête à le détruire, et avec lui son ennemi juré l'Amiral James T. Kirk.

Kirk est si expérimenté qu'il parvient à se sortir de ce mauvais pas : il prend le contrôle des ordinateurs du Reliant en communiquant le code préfixe du vaisseau détourné (N°16309) de l'Enterprise au Reliant. Aussitôt la transmission effectuée, Kirk dispose des fonctions de la passerelle de commandement de Khan : il abaisse les boucliers du Reliant. Avant que Khan ait pu passer en commande manuelle, l'Enterprise endommage sévèrement le Reliant. Grâce au code préfixe, Khan est défait.

En 2367, le Capitaine Jean-Luc Picard, Capitaine de l'USS Enterprise NCC-1701-D, révèle le code préfixe d'un spationef de Starfleet, l'USS Phoenix NCC-65420, aux autorités Cardassiennes. Il a décidé de cette mesure car le Capitaine du Phoenix, Benjamin Maxwell, se livre à une série d'attaques illicites contre des cibles Cardassiennes. Le code préfixe donne aux Cardassiens la faculté de neutraliser à distance les boucliers du Phoenix, mais Maxwell réagit rapidement, si bien qu'il parvient à vaincre un vaisseau de guerre Cardassien.

Les Officiers de Starfleet peuvent aussi employer leurs codes de commandement personnels pour accéder à distance aux ordinateurs de leur astronef. La procédure standard veut que ces codes soient modifiés lorsqu'un Officier est capturé.