Le rôle du Commandant en Second est crucial pour le bon fonctionnement de tout spationef. Les liens de loyauté et d'amitié tissés entre un Capitaine et son Second peuvent perdurer longtemps après que leur collaboration ait cessé.

Le Commandant en Second, dont le seul supérieur à bord d'un vaisseau est le Capitaine, est un élément essentiel de la structure de commandement de tout astronef. Ce poste, parfois désigné sous l'appellation de « Numéro Un », a été créé sur Terre au milieu du XVe siècle à bord des voiliers qui naviguaient sur les mers du globe.

De nombreuses planètes ont créé au sein de leurs organisations militaires respectives des postes comparables, qui ont évolué pour donner lieu à un métier aux multiples facettes, qui toutes sont cruciales pour le bon fonctionnement d'un spationef de Starfleet.

Jusqu'à la fin du XXIIIe siècle, le Second occupait souvent un poste supplémentaire à bord d'un vaisseau spatial (par exemple, M. Spock est aussi Officier Scientifique de l'U.S.S. Enterprise NCC-1701), mais au XXIVe siècle, les spationefs étant devenus plus gros et plus complexes, les fonctions de Commandant en Second constituent un métier à part entière.

La responsabilité première du Commandant en Second est de prendre le commandement lorsque le Capitaine est tué, porté disparu ou placé dans l'incapacité d'assumer ses fonctions. Il doit donc connaître son vaisseau et son équipage aussi bien que le Capitaine lui-même. Pouvant être à tout moment appelé à occuper le siège central, il doit se tenir prêt à le faire sans hésitation.

Le FO a également pour tâche de relever le CO de son commandement si, pour une raison ou pour une autre, celui-ci est jugé incompétent ou incapable de remplir ses fonctions. Une telle décision ne peut être prise à la légère, si un second prend cette responsabilité, il lui faudra ultérieurement en rendre compte devant une commission mise en place par Starfleet.

Assumer le commandement du vaisseau est le devoir majeur du Second, mais plus quotidiennement, il doit veiller à ce que le bâtiment opère avec une efficacité optimale. Il supervise les responsables des divers départements, qui le tiennent en permanence au courant de leurs activités et de leurs préoccupations. Le Second informe le Capitaine des résultats de ces briefings et recommande des actions, il évalue les aptitudes des membres d'équipage et propose certaines promotions, que le Capitaine peut choisir de soumettre à Starfleet Command.

Le bien-être de l'équipage entre dans le cadre des attributions du Second qui, dans ce domaine, travaille en collaboration avec le Conseiller du vaisseau. Ensemble, ils s'efforcent de maintenir l'équipage au top de ses possibilités, en veillant à résoudre les problèmes et en faisant en sorte que chacun puisse venir trouver l'un ou l'autre pour exposer toute situationpréoccupante.

Plus généralement, le Second joue un rôle de tampon entre l'équipage et le Capitaine. Un tel mode de fonctionnement peut sembler bien impersonnel, mais en réalité cette fonction de tampon est cruciale.

Si le Capitaine était distrait par les menus aléas quotidiens, il ne pourrait se concentrer pleinement sur ses responsabilités majeures. Il revient donc au Second de traiter les détails et de communiquer les affaires les plus importantes au Capitaine, lorsque l'intervention de ce dernier s'avère nécessaire.

Le Commandant en Second doit veiller à ce que la sécurité du Capitaine soit préservée à tout prix. Au XXIIIe siècle, c'est chose courante que de voir le Capitaine d'un spationef prendre la tête de détachements en mission extérieure et se mettre en péril en se téléportant (parfois seul) au coeur de situations dangereuses. Mais à la fin du XXIVe siècle, Starfleet Command s'est rendu compte que le taux de mortalité parmi ses Capitaines devenait tout à fait inacceptable, et a donc institué de nouvelles procédures concernant les détachements hors des vaisseaux.

Désormais, le Commandant en Second est généralement le premier à se téléporter et dans certaines circonstances, il peut mettre en question les ordres du Capitaine et lui conseiller de ne pas intervenir dans une situation qui le mettrait en danger.

Parmi ses missions les plus délicates et lourdes de conséquences, le Second peut être appelé à participer à l'activation de la séquence d'autodestruction de son vaisseau, le plus souvent lancée par le Capitaine et si ce dernier est dans l'incapacité de déclencher le processus, la responsabilité en incombe au Second.

La plupart des Commandants en Second sont issus de la branche « Commandement » de Starfleet, mais certains viennent de la division scientifique (voire même, plus rarement encore, de la division technique). Quel que soit son parcours antérieur, tout Second assume des fonctions dont l'objectif sous-jacent est de le préparer au commandement de son propre vaisseau. Les Capitaines éclosent au poste de Second et il y a très peu de Commandants en Second dit « de carrière », s'ils ont toujours la possibilité de refuser une promotion au capitanat, très peu le font.

A dire vrai, un Second qui refuserait plus d'une fois une promotion serait considéré d'un oeil défavorable. Le poste de Commandant en Second comporte de grandes responsabilités et procure de belles récompenses.

Un bon Commandant en Second peut faire la différence entre le succès et l'échec d'une mission. C'est lui qui a le doigt sur le pouls du vaisseau, c'est lui qui peut savoir instantanément si quelque chose cloche.

Il connaît par coeur son Capitaine, doit être capable d'anticiper toute décision de sa part et exécuter tout ordre à la lettre. Et comme tout Officier de Starfleet, il peut être amené à tout instant à donner sa vie dans l'accomplissement de son devoir.

Dès lors, il ne fait aucun doute que le Commandant en Second occupe une place décisive à bord de son vaisseau et représente un maillon crucial de la chaîne de commandement.