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Au cours de ses premiers rapports avec la Fédération Unie des Planètes, le Major Kira Nerys a une vue nettement ambivalente de Starfleet et de ses officiers, elle pense qu'ils sont une force indésirable dans sa propre vie et dans le destin de Bajor.

Les premiers mots qu'elle adresse au Commander Benjamin Sisko lorsqu'il prend le commandement de la station spatiale DS9, sont que la Fédération n'a pas à s'impliquer dans les affaires de Bajor.

La femme forte et passionnée qui émet cette opinion abrupte, modifie finalement son point de vue, éprouvant un sentiment de respect pour ses compagnons de Starfleet et au cours des mois et des années qui suivent, elle finit par éprouver une véritable amitié pour la Fédération.

La relation du Major avec Starfleet s'est, sans aucun doute, améliorée suite à son association étroite avec Sisko, qui occupe le double rôle d'Officier Commandant de DS9 et de figure religieuse Bajorane : l'Emissaire des Prophètes.

A la fois, Bajorane hautement spirituelle et Premier Officier de Sisko sur la station spatiale, Kira arrive à bien le connaître et à comprendre la manière dont elle peut, à la fois, l'encourager et le compléter.

Sous différents aspects les nombreuses affinités existant entre Sisko et Kira servent de modèle pour les relations entre le peuple de Bajor et la Fédération. en travaillant ensemble et en harmonie, tout en ayant parfois des points de vue différents, mais en servant le même idéal.

C'est cette entente qui permet à Kira de renforcer l'appel radical de Sisko à Bajor afin de stopper ses plans d'adhésion à la Fédération en 2373, puis de présenter un front uni contre la force des envahisseurs du Quadrant Gamma connue comme étant le Dominion.

La proximité de Kira avec les citoyens de la Fédération ne se limite pas à sa relation de travail avec Sisko, dans le courant de l'année 2373, Kira devient "un membre de la famille O'Brien" d'une manière tangible lorsqu'elle devient mère-porteuse de l'enfant de l'Ingénieur en Chef Miles O'Brien et de son épouse Keiko.

Né à la fin de l'année, le bébé est nommé Kirayoshi O'Brien en l'honneur de son "troisième parent" et Kira continue par la suite à s'intéresser au petit garçon, en prenant le rôle de "Tatie" Nerys.

En 2374, cependant, Kira se retrouve coupée de ses alliés de la Fédération lorsque les forces du Dominion, soutenues par des vaisseaux et des troupes Cardassiennes envahissent et occupent Deep Space Nine.

Kira conserve son poste d'Officier de liaison Bajoran sur la station, qui a, maintenant repris son appellation d'origine Cardassienne : Terok Nor, et se retrouve contrainte de travailler aux côtés de son ennemi juré, Gul Dukat ainsi que de son aide de camp, Damar et du laquais des Fondateurs du Dominion, le Vorta Weyoun.

Face à l'oppression des envahisseurs, Kira se sent coupable, tous ceux avec qui elle a vécu et travaillé, se battent contre le Dominion, sous le commandement du Capitaine Sisko alors qu'elle mange à sa faim et dort confortablement sur Terok Nor, dans le giron de l'ennemi. C'est cette prise de conscience qui pousse le Major à rassembler un groupe de volontaires afin de former un nouveau mouvement de résistance contre le Dominion.

Kira met ses années d'entrainement dans la résistance Bajorane à profit, prévenant secrètement Sisko et l'Amiral William Ross que les Cardassiens sont sur le point de démanteler le champ de mines érigé autour du vortex Bajoran. Cette information fournit à Starfleet l'élan nécessaire pour reprendre Deep Space Nine, libérer la Station des forces du Dominion et les refouler jusqu'aux frontières de l'espace Cardassien.

Pendant que la guerre avec le Dominion fait rage, Kira se trouve à combattre aux côtés de ses alliés de la Fédération, afin de défendre Bajor et son peuple contre les menaces tant en son sein qu'en dehors.

Au début de l'année 2375, Kira obtient une promotion de la part de la Chambre des Ministres Bajorane, et est promue Colonel de la Milice, en reconnaissance de son courage et de ses compétences dans la protection de Deep Space Nine ainsi que de Bajor durant l'Occupation du Dominion.

A ce point de sa carrière militaire, les nombreux devoirs incombant au Colonel Kira l'amènent plus près de Bajor, dans une fonction de commandement et de contrôle, travaillant aux côtés des forces de la Fédération et de ses alliés, y compris les forces Romuliennes et Klingonnes.

Dans les derniers mois de la guerre du Dominion, la Fédération prend la décision radicale de nommer le Colonel Kira Nerys temporairement Officier de Starfleet avec le grade de Commander.

La nomination intervient dans le cadre d'une mission au cours de laquelle Kira entreprend de gagner clandestinement Cardassia afin d'aider un mouvement de résistance en plein essor à lutter contre la domination du Dominion.

La situation est ironique, le vieil ennemi de Kira, Damar, désormais leader de la résistance Cardassienne, se bat contre ses anciens maîtres, accompagné par le résident Cardassien de Deep Space Nine, Elim Garak, les trois improbables combattants de la Liberté, s'unissent pour détruire la base la plus puissante du Dominion et ainsi affaiblir les forces des Fondateurs et ainsi permettent à la Fédération d'affaiblir leurs ennemis.

Kira revêt l'uniforme de Starfleet avec respect, mais son cœur demeure Bajoran et elle ne quitte pas les rangs de la Milice. Lutter pour la liberté des Cardassiens est une rude tâche pour elle, elle n'aurait jamais imaginé aider à sauver une race qui avait brutalisé son peuple.

C'est un témoignage qui honore les enseignements que lui ont donnés ses amis de la Fédération, tout comme ses compatriotes, et qui montre que Kira est capable de dépasser les haines issues de son passé pour se battre une fois de plus pour une cause juste, cette fois auprès de ceux qu'elle aurait vu autrefois mourir sans remord, ni regret.

La guerre contre les forces issues du Quadrant Gamma à peine terminée, le Major conduit elle-même Odo sur la planète des Fondateurs où il est appelé à rejoindre le Grand Lien (ou « Great Link ») afin d’apprendre à ses semblables comment vivre en paix avec le reste de la Galaxie.

Elle regagne ensuite la station Deep Space Nine où elle prend le commandement des forces Bajoranes.