Pour une navette, l'atterrissage ou l'appontage est une procédure très délicate qui requiert plusieurs membres d'équipage travaillant en tandem afin de garantir une arrivée sécurisée, sans accrocs.

Par exemple, l'USS Enterprise NCC-1701-D (Class Galaxy) est doté de trois hangars à navettes.

Le hangar principal, beaucoup plus vaste que les deux autres, est situé sur le pont 4, juste derrière les issues de secours de la soucoupe de commandement; les hangars 2 et 3 se trouvent sur le pont 13, dans le col de la coque technique. Cela signifie qu'en cas de séparation du module soucoupe, les deux parties du vaisseau sont pourvues de hangars à navettes.

Chaque hangar à navettes est équipé pour superviser les décollages et les atterrissages, ainsi que pour assurer toutes les opérations de maintenance. Un champ de force annulaire entourant les portes des hangars permet aux navettes d'entrer et de sortir tout en préservant l'intégrité atmosphérique à l'intérieur des hangars, qu'il n'est donc pas nécessaire de dépressuriser et de repressuriser à chaque fois.

Les opérations de vol d’un chaque hangar sont supervisées par l'Officier du pont d'envol, qui se tient dans une cabine de contrôle. Cet Officier et ses homologues sont sous l'autorité directe de l'Officier du hangar principal, à qui il revient d'obtenir le permis de décollage et d'atterrissage auprès du Chef des Opérations sur la passerelle de commandement.

L'USS Enterprise doit être à allure d'impulsion lors des manoeuvres, qu'un appareil ne peut effectuer avec suffisamment de précision à vitesse de distorsion. L'Enterprise est d'ordinaire équipé de vingt-cinq navettes, les hangars à navettes sont conçus pour traiter aussi de nombreux appareils n'appartenant pas à Starfleet.

En mode croisière, une navette ou une capsule de transbordement sont toujours parées au décollage immédiat. La procédure de lancement est d'une extrême simplicité. Après que le pilote a effectué les diverses vérifications préalables au vol, il informe l'Officier du pont d'envol que la navette est prête à partir. Dès lors que la passerelle donne l'autorisation, les portes du hangar à navettes s'ouvrent et le champ de force est mis en place.

Le lancement à proprement parler est généralement géré par une série de rayons tracteurs à courte portée, opérant dans les hangars et à l'extérieur du vaisseau, qui guident la navette vers la sortie avec plus de précision qu'aucun pilote. Selon la procédure, le pilote se doit d'informer l'Officier de vol dès que la navette est sortie du hangar.

Si elle transporte une cargaison dangereuse, la passerelle la tiendra sous surveillance afin, qu'en cas de problème, le pilote puisse être téléporté en sûreté.

Dans des circonstances normales, les procédures d'arrimage sont tout aussi faciles. Lorsque la navette en approche se trouve à 350 mètres de l'Enterprise, elle reçoit l'aval de l'Officier du pont d'envol, qui lance alors la procédure.

Les rayons tracteurs de précision se fixent à la navette et la manipulent jusqu'à ce qu'elle se pose en sécurité sur le pont. Cette procédure gérée par le personnel de bord et par les ordinateurs ne nécessite aucune intervention du pilote.

Diverses circonstances interdisent l'emploi des rayons tracteurs pour contrôler l'arrimage des navettes. Si les téléporteurs du vaisseau sont en parfait état de fonctionnement, ils peuvent amener directement la navette dans le hangar ou ailleurs (dans une soute, par exemple). Dans le cas contraire, un arrimage manuel s'impose.

Une navette peut même avoir besoin de se poser à bord d'un vaisseau en perte de puissance et à la commande d'orientation défectueuse. En l'absence d'un Officier de pont, le pilote a encore la possibilité de régler les stabilisateurs axiaux de la navette afin de s'aligner sur la rotation du vaisseau en difficulté et d'atterrir en mode manuel.

Les portes du hangar peuvent s'actionner à distance, à bord de la navette, et le pilote peut alors se poser avec le recours des propulseurs de manoeuvre.

En cas d'atterrissage mouvementé, les navettes sont conçues pour protéger avant tout les passagers et ont une certaine résistance aux impacts violents. Tout choc déclenchera automatiquement une balise de détresse.