Le Maquis, alliance de maintes races et cultures, lutte pour ce qu’il croit être juste. S’estimant abandonné de la Fédération et persécuté par les Cardassiens, il ne peut compter que sur sa propre ingéniosité.

Le Maquis (qui tire son nom d’un mouvement de résistance Français durant la deuxième guerre mondiale) rassemble des colons de la Fédération et d’anciens membres du personnel de Starfleet en désaccord avec les termes du traité de paix conclu entre la FUP et l’Union Cardassienne.

Le Maquis se constitue, une fois que les conséquences du traité apparaissent clairement. Mais les racines de la haine vouée par ses membres aux Cardassiens sont profondes. Dans les années 2350, l’Union Cardassienne entretient des querelles frontalières avec la Fédération.

En 2370, un traité est enfin conclu entre les deux parties, mais la paix est fragile, sauvegardée seulement grâce au Capitaine Jean Luc Piccard qui, à bord de l’USS Enterprise NCC-1701-D empêche l’USS Phœnix de Benjamin Maxwell de poursuivre ses agressions contre les Cardassiens (date stellaire 44429.6)

En 2368. L’Enseigne Bajorane Ro Laren, dont la planète a subi 60 années d’occupation Cardassienne contribue à révéler un complot Cardassien. Exclue de Starfleet pour avoir désobéi aux ordres, Ro se voit offrir le pardon en échange de son aide à Picard dans des négociations avec un groupe de militants Bajorans qui attaquent des avant-postes de la Fédération.

Ro et Picard découvrent que les coups de mains sont en fait perpétrés par les Cardassiens ! Les Bajorans sont innocents et Ro intègre l’équipage de l’Enterprise D (date stellaire 45076.3)

La même année 2370, est signé entre la Fédération et l’Empire Cardassien un traité de paix qui redessine les frontières en créant une Zone Démilitarisée entre les deux territoires. Plusieurs colonies de la Fédération situées dans cette zone devront être évacuées ou accepter l’autorité Cardassienne.

Starfleet jure de réagir face à toute agression significative de l’Empire Cardassien, mais ne reconnaît pas comme telle l’activité de terroristes Cardassiens au sein de la zone. De nombreux colons estiment que la Fédération les abandonne et entrent en dissidence. L’Enterprise sera entraîné dans ce bourbier.

A la date stellaire 47751.2 Picard reçoit l’ordre d’évacuer une colonie d’Amérindiens sur Dorvan V. Les colons refusent de partir, Picard doit se résoudre à les laisser sur place, en tant que citoyens de l’Empire Cardassien.

Si un traité met officiellement fin aux hostilités, la Zone Démilitarisée continue d’être le théâtre d’agressions perpétrées contre les avant-postes de la Fédération. Chakotay, membre de la colonie de Dorvan V, se refuse à accepter ces exactions contre son peuple. Il démissionne de Starfleet pour rejoindre le Maquis, mouvement formé par des colons de la Fédération qui ont décidé de prendre en main leur destin...