Afin de protéger et ses bases et ses membres, le Maquis est divisé en cellules individuelles. Les groupes, distincts, opèrent à partir des innombrables colonies et de bases soigneusement dissimulées. Seuls, les leaders de chacune des cellules connaissent l'emplacement des autres.

Les premiers jours du Maquis voient les cellules opérer à partir des colonies situées dans la Zone Démilitarisée. La population de ces mondes frontaliers forme un mélange de membres actifs du Maquis et de citoyens de la Fédération, dont beaucoup sont des sympathisants de la résistance, même s'ils n'y jouent aucun rôle. La présence du Maquis est un secret de Polichinelle parmi la population de ces planètes. Mais la plupart des cellules restent prudentes envers les nouveaux arrivants, même si certains leaders, comme Macias, font confiance aux nouveaux arrivants en les mettant au courant des opérations du Maquis.

Les colonies installées sur des planètes de Classe M, comme Volon III et Ronara sont toutes bâties suivant un modèle de base, avec des bâtiments de couleur blanche et de faible hauteur disposés autour d'une place centrale. Des passerelles et des balcons fixés en hauteur surplombent les bâtiments environnants offrant de nombreux points de vue. Les jardins et les espaces verts, en grand nombre, sont répartis autour des places, tandis que des arcs en béton séparent les différents quartiers.

Les colons et les maquisards se mêlent librement, tous prennent leur repas dans une aire ouverte sur la place principale et équipée d'un réplicateur de nourriture, de tables et de chaises. Les membres du Maquis fréquentent également les bars et les tripots, cherchant à y recruter de nouveaux défenseurs pour la Cause.

L'organisation a même à sa disposition une grande salle de réunion destinée à recevoir un maximum de maquisards sur une de ces colonies. Néanmoins, l'espace de couchage étant souvent limité, les nouveaux venus doivent souvent se contenter de loger quelques temps dans des bâtiments vétustes avant qu'un logement plus confortable leur soit fourni.

Le petit parc de navires du Maquis, n'est apparemment pas détecté ou passe pour des navires civils appartenant aux différentes colonies. Ils sont utilisés pour le transit entre les colonies ainsi que pour des raids audacieux contre les navires Cardassiens.

Très rapidement, il devient évident que la présence du Maquis sur ces planètes représente une menace pour les simples citoyens. Les agressions perpétrées par les Cardassiens, comme le sabotage des réplicateurs publics et autres attaques manifestes contre les citoyens, provoquent une remise en cause de la présence des groupes Maquisards. A la fin de l'année 2370, des agents Cardassiens infiltrent Ronara et ouvrent le feu sur la foule, peu intéressés de savoir si les victimes sont des militants appartenant au Maquis ou de simples citoyens innocents.

Avec l'escalade des hostilités en 2370, la plupart des campements du maquis se déplacent et quittent les colonies. Le lieu privilégié pour créer de nouvelles bases sont les Badlands, situés à proximité de la Zone Démilitarisée.

Ces bases sont occupées par des colons privés de leurs droits et forcés de quitter leurs mondes par la modification des frontières ou les actions menées par les forces Cardassiennes. Pour se cacher, les rebelles choisissent de préférence des grottes souterraines, car il est plus facile de s'y dissimuler afin d'échapper aux patrouilles de la Fédération et aux forces Cardassiennes. Des passerelles sont construites, reliées par des échelles, afin de pouvoir occuper tout l'espace de manière optimale. Kidnappé par le Maquis, Gul Dukat est retenu prisonnier dans l'une de ces grottes.

Les grottes de Marba IV dans les Badlands servent de refuge aux colons de Sarva II, chassés de leurs planètes et qui refusent l'accord de réinstallation offert par la Fédération, espérant avoir la chance de pouvoir un jour réintégrer leur ancien monde, afin de retrouver la vie qu'ils s'étaient construite.

C'est une véritable ruche, toujours en activité, avec des néons lumineux accrochés aux murs et des rideaux épais qui divisent les cavernes. Les travaux nécessitant un équipement lourd, voisinent avec les aires de repos et il n'y a pas de zone définie faisant office d'infirmerie, les rebelles lorsqu'ils sont blessés sont installés sur des palettes et laissés en des lieux de vie et de passage, dans la zone de travail de la base.

Dans le même temps, le Maquis établit de petites bases de fortune tout le long de la Zone Démilitarisée. Ils ont tendance à privilégier des endroits improbables, tels que l'astéroïde Jungle où Calvin Hudson et les membres de sa cellule se dissimulent en 2370.

Vers le milieu de l'année 2373, il apparait que les mondes situés autour de la frontière que contestent mutuellement la Fédération et les Cardassiens sont généralement considérés comme étant des colonies maquisardes, ce qui signifie que ne trouvant pas toujours de sympathie parmi les Officiers de Starfleet, la grande majorité des colons ont embrassés la cause défendue par l'organisation du Maquis.

Cependant, le Capitaine Benjamin Sisko menace "d'éliminer toutes les colonies du Maquis de la Zone Démilitarisée" en représailles aux attaques au deselenide de cobalt de Michael Eddington sur les mondes Cardassiens de Veloz Prime et de Quatal Prime.

Les établissements de Solosos III et Track II deviennent des cibles légitimes, après que le Maquis ait commencé à s'attaquer aux vaisseaux de la Fédération tel que l'USS Malinche NCC-38997. Solosos II doit être évacué par les colons maquisards lorsque l'USS Defiant NX-38997 disperse de la résine de Trilithium dans l'atmosphère, ce qui rend la planète inhabitable pour toute vie humanoïde.

L'entrée de l'Union Cardassienne dans le Dominion quelques semaines plus tard, annonce la fin brutale du Maquis. Le Jem'Hadar éliminant systématiquement tous les foyers de résistance, Athos IV est l'un de leurs derniers bastions, décrit par Michael Eddington comme "un sinistre petit rocher entouré de brouillard et perdu au milieu de nulle part". Le Maquis l'avait choisi comme base parce que l'atmosphère crée beaucoup d'interférences, empêchant l'utilisation des senseurs à partir des vaisseaux en orbite ainsi que l'impossibilité d'utiliser les téléporteurs.

La Fédération est amenée à croire que la base pourrait être le site de lancement d'un missile dévastateur, mais la ville frontière d'Athos IV n'est en fait, que l'ultime point de ralliement des derniers membres du Maquis. Personne n'est sensé connaître la base, mais le Jem'Hadar parvient encore à y traquer les derniers survivants du Maquis et à les massacrer. Les cadavres jonchent les rues dévastées et les leaders sont retenus en captivité dans un bunker du centre ville.

Certains spéculent afin de déterminer si c'est réellement la fin du Maquis, mais même si certaines bases et quelques colonies parviennent à rester cachées dans les Badlands, il semble peu probable qu'ils puissent survivre à l'irruption de la guerre du Dominion dans le Quadrant Alpha quelques mois plus tard.

Banque de Données

• La plupart des Maquisards présents sur la Base Ronara s'y sont réfugiés après avoir été vaincus par les troupes Cardassiennes sur leur planète Juhraya.
• Calvin Hudson est aux premières loges lorsqu'il est confronté à la brutalité des Cardassiens alors qu'il joue son rôle de représentant de la Fédération dans les colonies situées dans la Zone Démilitarisée, ce qui le pousse à mettre en place sa propre base maquisarde.