Depuis le début du XXIIIe siècle, les senseurs sont capables de lancer automatiquement des Alertes jaunes et rouges. Auparavant, moins perfectionnés, ils avaient tendance à provoquer de fausses alertes, ainsi, des émissions inoffensives telles que les ondes radio déclenchaient les systèmes d'alerte. En 2260, la technologie des senseurs et des ordinateurs a suffisamment progressé pour éliminer ces problèmes. Lorsque l'Officier Commandant le vaisseau ou un de ses subordonnés habilités donne l'alerte, le mode croisière cède instantanément le pas à une nouvelle série de règles opérationnelles.

ALERTE JAUNE

L'Alerte jaune indique que le vaisseau, sans être pour le moment en danger, pourrait bien l'être à court terme. Équipage et ordinateurs se préparent à une situation susceptible de mettre des vies en péril. Les principaux systèmes, dont les propulseurs à impulsion principaux, les moteurs à distorsion, les senseurs, les conduites d'alimentation et les systèmes de visées des phaseurs sont portés à leur puissance maximale. Les systèmes de déflexion principaux sont placés en attente.

A bord du vaisseau, une torpille est préparée pour un lancement immédiat tandis que les autres systèmes sont mis en ligne. La passerelle de combat, les phaseurs, hangars à navettes et les générateurs auxiliaires du déflecteur sont alimentés et également placés en position d'attente. Le(s) hangar(s) à navettes est (sont) prêts pour des lancements, et un réacteur de secours est préparé pour une intervention à courte échéance.

Si l'Alerte jaune n'est pas levée, les systèmes de diagnostic de niveau 4 vérifient le bon état de tous les systèmes à mesure qu'ils sont activés. L'état des systèmes des chaloupes de survie est automatiquement évalué selon un protocole de diagnostic de niveau 5.

Dans le même temps, l'équipage s'apprête à faire face aux difficultés. Les Officiers en Second se préparent, conscients qu'ils peuvent être appelés dans les cinq minutes. Les autres savent qu'ils peuvent être également appelés, le personnel polyvalent jouant un rôle de remplacement dans les secteurs d'activité secondaires. Tandis que l'équipage se met en position, l'ordinateur central s'assure que chacun est là où il doit être et informe le Chef de la Sécurité si tel n'est pas le cas.

ALERTE ROUGE

L'Alerte rouge est annoncée par des panneaux rouges clignotants et de bruyantes sirènes. Seuls l'ordinateur central, le CO ou FO, l'ING et l’OPS peuvent déclencher une telle alerte, qui est automatiquement activée si le bâtiment est endommagé ou sous le feu d'un ennemi.

Tout le personnel, toutes les équipes ont quinze minutes pour se rendre à leur poste principal ou secondaire. Des agents de la Sécurité prennent position de façon à préserver le libre accès aux chaloupes et sécuriser les endroits stratégiques du navire.

Toutes les cinq minutes, des diagnostics de niveau 4 sont effectués sur les armements, les composants tactiques et le noyau de distorsion du vaisseau. Toute donnée inattendue est communiquée à la passerelle. Des tests de niveau 3 évaluent l'état de préparation tandis que les systèmes de distorsion et des phaseurs sont alimentés et engagés. Des champs de force et des portes isolantes font de chaque section du vaisseau une entité autonome, avec l'espoir qu'une calamité frappant un pont ne se propagera pas aux autres.

Divers éléments, dont les hangars à navettes, les systèmes à impulsion et les systèmes de senseurs deviennent pleinement opérationnels. Les déflecteurs sont réglés en mode « combat », et une ou deux navettes sont prêtes au lancement immédiat. Les réacteurs à impulsion, les systèmes à impulsion de secours, les moteurs auxiliaires de secours des déflecteurs sont placés en attente opérationnelle. Les batteries de phaseurs et leurs systèmes de secours sont alimentés et en position d'attente. Les ordinateurs commencent à localiser le personnel et signalent toute anomalie à la Sécurité.

ALERTE BLEUE

L'Alerte bleue est déclenchée quand un astronef emploie des capacités non standard, lorsqu'il actionne un dispositif d'occultation (hors Quadrant Alpha pour les navires Fédérés) ou se pose sur une planète ou en décolle, par exemple.

Si un vaisseau doté d'un dispositif d'occultation (Factions Klingonne, Romulienne ou Maquis) et d'armements lourds passe en mode furtif, l'équipage gagne les stations de combat, les senseurs sont actionnés, le dispositif d'occultation est lancé et les systèmes silencieux de propulsion sont engagés. Des panneaux lumineux bleus annoncent la situation tactique à l'intention de l'équipage.

L'Alerte bleue est effective à bord des spationefs de la Fédération tels que L'USS Voyager NCC-74656 de classe Intrepid, capables de se poser en toute sécurité à la surface d'une planète. Dans ce cas, l'alerte préviendra l'équipage qu'il doit se préparer à un atterrissage, le pilote mettra les contrôles d'atmosphère en attente opérationnelle et le dispositif d'atterrissage en fonction.