L'Enterprise a besoin d'un nouvel injecteur de plasma et le Capitaine Archer doit aller en négocier l'acquisition sur une planète habitée par les Kreetassans. Malheureusement, les Kreetassans commencent par faire patienter l'équipage en orbite pendant 5 jours pour l'affront que le Capitaine leur a fait précédemment.

Accompagné de T'Pol et Sato, Archer quitte le vaisseau à bord d'une navette et emmène avec lui son chien, Porthos, pour que ce dernier puisse se dégourdir un peu les pattes. Après 12 nouvelles heures d'attente, ils sont brusquement renvoyés sur le vaisseau, ayant apparemment commis un nouvel affront envers les Kreetassans.

Archer n'y comprend rien et un peu plus tard, T'Pol contacte les Kreetassans qui lui expliquent ce qui s'est passé : pendant les négociations, Porthos a créé un incident diplomatique en urinant sur un arbre sacré appelé "l'arbre bien-aimé". Les Kreetassans sont furieux et coupent court à toute négociation, jusqu'à ce que le Capitaine présente des excuses officielles.

Pour Archer, le problème passe au second plan lorsque, revenant à bord du vaisseau, le Docteur Phlox lui apprend que tous ont été contaminés par un agent pathogène. Obligés de rester en chambre de décontamination, les trois officiers s'enduisent mutuellement de gel décontaminant avant d'être autorisés à sortir de la chambre.

Mais il reste un problème : Porthos tombe malade, également victime de l'agent pathogène extra-terrestre. Emmené d'urgence à l'infirmerie du vaisseau, il est déclaré en danger de mort par le Docteur Phlox. Archer est malade d'inquiétude et il est furieux que les Kreetassans ne l'aient pas prévenu de la présence de cette maladie qui aurait pu leur être fatale.

Phlox déclare que le chien doit passer une nuit à l'infirmerie sous surveillance médicale. Tel une mère veillant sur son enfant malade, Archer reste au chevet de son chien. Pendant ce temps, le médecin essaie de trouver un moyen de soigner le petit animal.

Le Capitaine semble furieux que les Kreetassans aient refusé de livrer l'injecteur comme promis, et il est encore plus furieux qu'ils lui demandent de s'excuser publiquement simplement parce qu'un chien a uriné sur un de leurs arbres. De plus, il fait remarquer que les aliens ne se sont même pas préoccupés de demander des nouvelles de l'état de santé des officiers et de Porthos.

Le lendemain, lorsque T'Pol suggère à Archer de présenter des excuses (même si elles ne sont pas sincères) pour récupérer l'injecteur de plasma, Archer la fustige du regard et lui répond plus que sèchement. T'Pol fait remarquer que le sort de Porthos semble plus préoccuper Archer que celui du vaisseau et de son équipage, puis elle sort de la pièce sans dire mot. Archer et T'Pol sont alors appelés par Sato qui vient de recevoir les demandes des Kreetassans concernant les différentes excuses à faire.

Archer se prépare à passer une nouvelle nuit pénible à l'infirmerie, mais il ne parvient pas à dormir, toujours dérangé par les allées et venues du Docteur qui, lui, ne dort pas ! Renonçant au sommeil, il engage la conversation avec Phlox et explique qu'il ne comprend pas pourquoi T'Pol lui a dit qu'il avait l'air plus préoccupé par le sort de son chien que par celui de son équipage. Phlox lui fait alors remarquer qu'un tel attachement à un animal de compagnie lui semble déplacé : sur Denobula, les animaux de compagnie sont destinés à être ensuite consommés.

Cela semble démontrer que le Capitaine se sent trop seul et aurait vraiment besoin d'une autre compagnie. Il insinue également que la réaction d'Archer à la proposition de T'Pol dénote une certaine tension affective et sexuelle entre elle et le Capitaine. Archer nie farouchement, mais il sait qu'il fait déjà des rêves érotiques et torrides sur T'Pol...

Pendant ce temps, Sato a pris les choses en main et a contacté les Kreetassans pour leur demander quelles sortes d'excuses ils attendent de la part du Capitaine afin que l'injecteur de plasma puisse être livré. Une fois l'information obtenue, Sato se rend à l'infirmerie et découvre le Capitaine et le Docteur en train de pourchasser une sorte de chauve-souris qui s'est échappée de sa cage.

Après les avoir aidés à la capturer, Sato expose le rituel auquel le Capitaine devra se soumettre pour réparer les dégâts causés par l'incident diplomatique. Archer trouve le rituel humiliant et refuse de le pratiquer tant que Porthos ne sera pas guéri. Mais quelques heures plus tard, Porthos manque de peu de mourir d'un choc anaphylactique et le Docteur déclare qu'il doit l'opérer pour qu'il survive.

Après l'opération, Archer s'endort enfin et fait un rêve étrange au cours duquel le Docteur Phlox, habillé en pasteur, fait un discours pour la mort de Porthos, puis fait la leçon au Capitaine concernant la tension sexuelle qui existe entre T'Pol et lui... pendant que T'Pol et Archer s'enlacent passionnément dans la chambre de décontamination.

Le lendemain matin, Porthos commence à se rétablir : Phlox lui a transplanté la glande pituitaire d'une sorte de caméléon, ce qui lui a permis de lutter contre la maladie. Une fois son chien sauvé, Archer accepte de se soumettre au rituel d'excuse.

Revenu sur la planète des Kreetassans, il plante symboliquement un nouvel arbre, torse nu et arborant des peintures sacrées sur le corps. Il découpe ensuite l'arbre souillé en tranches et les dispose à terre selon un dessin précis, il met ainsi fin au rituel.

Revenu à bord de l'Enterprise avec deux injecteurs de plasma, il remercie Phlox d'avoir sauvé la vie de Porthos, puis va s'excuser auprès de T'Pol pour son comportement de la veille. Il ajoute que chez les Humains, il est fréquent que des tensions naissent entre des personnes qui travaillent constamment ensemble, particulièrement si elles sont de sexes opposés. T'Pol lui répond que c'est une bonne chose qu'Archer soit son officier supérieur, ce qui empêche chacun d'être attiré par l'autre... dans l'hypothèse où elle pourrait être attirée par lui.