L’intérêt de Jonathan Archer pour la participation de l’Humanité à l’exploration de l’Espace fut encouragé dés son plus jeune âge. Son père Henri Archer fut l’un des pionniers de la Conquête Spatiale sur Terre en œuvrant au développement des systèmes de motorisation Warp 5, ces moteurs mettraient les mondes les plus lointains à portée des Humains.

Né en 2112 dans la région de New York, il passa la majeure partie de sa jeunesse à San Francisco à construire minutieusement des modèles réduits de spationefs. Pour son 8ème anniversaire son père lui offre son premier livre d'astronomie " Le cosmos de A à Z " que Jonathan lira plusieurs fois jusqu'à en admirer la couverture représentant la nébuleuse Arachnid.

Il étudie par cœur le discours historique prononcé par Zephram Cochrane lors de l’inauguration du complexe de recherche dédié au moteur Warp en 2120. Adolescent, il fait partie des scouts et pratique le Water Polo. Dés qu’il atteint l’âge requis, Archer intègre les rangs de Starfleet où il entame une carrière au sein de l’organisation encore naissante. Dans son travail, il combine engagement et témérité avec une certaine décontraction.

Malheureusement, son père contracte la maladie de Clark, ce qui lui cause de fréquentes douleurs et provoque des hallucinations, allant même jusqu’à, par instant, ne plus reconnaître son fils ou sa femme. En 1224, Henry Archer meurt des suites de sa maladie, Jonathan vient tout juste de fêter ses 12 ans. C’est un vieil ami de son père, inventeur de la téléportation qui devient alors pour l’adolescent un père de substitution.

Après avoir envisagé pendant quelques temps de s’engager à bord d’un vaisseau cargo, Jonathan choisit finalement d’intégrer Starfleet. Dans les années 2140, promu Commander, il devient l’un des quatre pilotes d’essais du programme NX.

En 2143, à sa grande déception, le Commander A.G. Robinson lui est préféré pour tester le prototype NX Alpha. Malheureusement, le prototype explose en plein vol, entraînant le report du programme. Mais Archer est convaincu que l’accident est dû à une erreur de pilotage et non à un défaut de conception. Peu de temps après l’accident, il fait la connaissance du Lieutenant Charles Tucker III qui travaille alors sur le projet dans l’équipe d’ingénieurs du Capitaine Jefferies.

Convaincus de la validité du programme, Archer, Robinson et Tucker enfreignent les ordres et volent le prototype NX-Beta avec lequel, ils atteignent finalement Warp 5, ce qui relance le projet et repousse les limites jusque là pausées par le Haut Commandement Vulcain auquel Archer a toujours reprocher d’entraver les progrès technologiques Terriens.

Il démontre une extrême fierté pour tout ce qui a été accompli par l’Humanité durant les 50 dernières années, particulièrement l’éradication de tout conflit, maladies et famines. Jonathan est également un interlocuteur percevant parfaitement les situations et qui n’a pas de réserves pour exprimer ses points de vues lorsqu’il les sait pertinents, c’est peut être pour cela qu’Archer est tenu en haute estime par la majorité des Officiers Supérieurs de Starfleet Command.

Ces qualités le désignent en 2151, alors qu’il est encore très jeune, pour occuper le fauteuil de commandement de l’Enterprise NX-01, premier vaisseau spatial d’exploration longue portée propulsé par le moteur auquel son père avait consacré sa vie.

Archer est ravi d’avoir obtenu ce commandement et particulièrement heureux du prodigieux bond en avant que cela représente pour les Humains. Après les premiers tests de vol, il procède lui-même à l’inspection de la coque.

Archer compose un équipage de collègues en qui il a toute confiance, dont bien sur, son vieil ami Charles « Trip » Tucker III. Ils avaient servi ensemble pendant plusieurs années et Jonathan affirme avec beaucoup d’affection que Tucker est une vraie tête de mule. Un autre de ses fidèles compagnons est son chien Porthos, qui se trouve rarement éloigné, il lui arrive même parfois d'accompagner son maître lors de certaines Away Team.

La première mission du Capitaine Archer arrive plus tôt que prévu. Il est invité à se joindre à un groupe composé d’Officiers de Starfleet et de dignitaires Vulcains, chargé de déterminer la meilleure attitude à adopter face à un guerrier Klingon, Klaang, blessé après un atterrissage forcé sur la Terre.

Archer est fortement indigné lorsque les Vulcains préconisent de retarder le lancement de l’Enterprise en attendant un moment moins sensible. Lui, suggère de se voir accorder l’autorisation d’emmener Klaang jusqu’à Qo’Nos.

Henri Archer avait bien fait comprendre à son fils l’avantage qu’il y avait à garder l’esprit ouvert, et il désapprouvait certain terme apparemment racialement péjoratif, dont il qualifiait les Vulcains. Cet humour enfantin était venu en un temps où les Vulcains étaient mal perçus de par leur refus catégorique de partager leurs connaissances et leurs avancées technologiques. Jonathan conserva ses préjugés et lors du décès de son père, il réalisa que ce dernier était mort avant d’avoir pu récolter les fruits de toute une vie de labeur.

Il crut profondément que l’Humanité s’était trop longtemps inclinée devant le jugement Vulcain pour tout ce qui concernait les voyages interstellaires et qu’il était grand temps que l’Humanité vole de ses propres ailes. Pour cette raison, il n’apprécie guère de voir une Vulcaine, le Subcommander T’Pol assignée à son équipage.

Néanmoins, après avoir servi longuement aux côtés de T’Pol, il admet que ses idées préconçues et ses préjugés envers les Vulcains étaient déplacés. Il reconnaît que cette première mission aurait pu échouer sans son aide et il lui demande de rester à bord lorsque l’Enterprise reçoit l’autorisation de continuer son programme d’exploration. La tension commence à disparaître au fur et à mesure que la compréhension et le respect s’installent entre eux, Jonathan servira même de médiateur entre T’Pol et Tucker...

Le Capitaine Archer est d’abord et avant tout un homme d’action. Il déclare que l’Enterprise ne doit pas se contenter de traverser la Galaxie sur la pointe des pieds en refusant toute prise de risque et il professe qu’il n’est rien de plus excitant que de fouler le sol d’un nouveau monde encore inexploré.

Il partage ce sens du merveilleux avec son équipage attirant leur attention vers d’intéressants phénomènes stellaires se trouvant aux abords du vaisseau. Il aime promouvoir un esprit d’équipe, créant une atmosphère à la fois détendue et disciplinée sur la passerelle et donne à ses Officiers Seniors toute latitude pour faire leur travail.

Au combat Archer est un redoutable combattant, capable de se servir d’armes de poing, mais aussi d’affronter ses adversaires à mains nues, de plus, il peut se révéler implacablement tenace. Il est doté d’une étonnante résistance physique, ainsi que le démontre sa réaction face aux blessures reçues lors d’un combat contre les Sulibans sur Rigel 10 ou le brutal interrogatoire subit entre les mains de la Garde Impériale Andorienne sur P’Jem.

Cependant, il est essentiellement un homme de paix. Il profite de toutes les opportunités pour améliorer les relations avec d’autres espèces et tente d’adoucir potentiellement les rencontres avec des espèces hostiles comme les Klingons ou les Nausicaens. Il lui arrive de donner des invitations pour la visite de son vaisseau en offrant un dîner à un Capitaine Vulcain ou un voyage pour religieux pèlerins désireux d’observer la « Plume d’Agasoria ».

Archer porte sur ses épaules la responsabilité d’être le porte parole de l’Humanité parmi les étoiles et parmi ses réalisations les plus significatives, au début de la campagne de l’Enterprise, figure le moment où il devient le premier Humain à se tenir devant le Haut Conseil Klingon ainsi que celui où il établit le premier contact avec les Andoriens. Pris en otage, il parvient néanmoins à jeter les bases d’une tribune diplomatique en leur démontrant une évidente violation du traité Vulcain.

La rencontre avec un Suliban nommé Silik donne de vagues indices sur une future guerre froide temporelle où l’Enterprise et le 22e siècle seront impliqués d’une manière ou d'une autre en lui permettant ainsi d’assouvir son appétit pour les aventures et les défis qu’il rencontre.

Lors de leurs missions successives, Archer et son équipage, sont confrontés à de très nombreux First- Contact : Mazarites, Tholiens, Klingons, Andoriens, Axanars, Tandarans, Sullibans, Tellarites, Xindis pour ne citer qu’eux…  sans oublier l’Empire Stellaire Romulien, même si aucun contact visuel n’est établi avec ces derniers. Ces diverses rencontres, exigent d’Archer qu’il soit beaucoup plus qu’un Commandant Militaire, un véritable diplomate.

En 2154, Archer aide une minorité Vulcaine à lutter contre un Gouvernement par trop oppressif. Durant cette période, il reçoit le Katra de Surak et devient le premier Humain à partager un Mind Meld Vulcain.

Un peu plus tard, un incident sérieux oppose Tellarites et Andoriens. La FUP encore fragile vacille sur ses bases, mais Archer par une manœuvre astucieuse parviendra à garantir la paix et consolider les bases de la Fédération.

En 2161, alors que l’Enterprise a 10 ans de bons et loyaux services, il est désarmé. Archer fait ensuite un mémorable discours lors de la ratification de la coalition des Planètes.

Il sert ensuite dans Starfleet récemment mis en place où il y atteindra le grade d’Amiral, puis deviendra Chef du Personnel à Starfleet Command avant de quitter l’organisation et de prendre sa retraite.

Durant sa carrière, Jonathan Archer s’est vu décerner de nombreuses médailles et récompenses.

En 2164, le Général Shran le nomme membre honoraire de la Garde Impériale Andorienne.

En 2169, il est nommé Ambassadeur de la Fédération sur Andoria.

En 2175, il est élu représentant au Conseil de la Fédération, avant d’en devenir le Président de 2184 à 2192.

Décrit comme un explorateur et un pacifiste, ses aventures sur l’Entreprise sont au menu des manuels scolaires sur des dizaines de mondes. Il est également considéré comme un acteur majeur de la formation de la Fédération Unie des Planètes.