Le Capitaine Jean-Luc Picard annonce au Dr Paul Stubbs que tout est prêt pour le lancement de sa sonde scientifique. C'est alors que les amortisseurs inertiels de l'USS Enterprise NCC-1701-D subissent une panne inattendue, le vaisseau se dirige droit sur un dangereux amas de matière stellaire.
Tandis que l'Enterprise se prépare à l'impact, le système informatique revient à la normale. Le vaisseau semble hors de danger, cependant, le système accuse bientôt de nouvelles dysfonctions.
Picard informe le Dr Stubbs que tout est fait pour réparer l'ordinateur, mais qu'il faudra peut-être abandonner la mission si la sécurité du vaisseau et de son équipage est en jeu.
Ce soir-là, Wesley Crusher avoue que ses recherches sur les nanites, de minuscules robots dotés d'une mémoire d'ordinateur, sont sans doute la cause des problèmes rencontrés.
Il a créé des machines « améliorées », intelligentes et pourvues de capacités de reproduction rapide. En s'éveillant après une bonne nuit de sommeil, Wesley a découvert horrifié qu'il avait laissé ouvert le conteneur des nanites, ils se sont apparemment échappés jusqu'au cœur de l'ordinateur, où ils se multiplient.
Le Dr Stubbs exige la destruction immédiate des nanites, mais Picard insiste : on ne peut exterminer des êtres doués d'intelligence. Le Dr Stubbs s'introduit subrepticement dans la salle d'accès aux ordinateurs et tue les nanites de la mémoire supérieure d'un tir de rayons gamma. Ceux qui restent répliquent en interférant avec les systèmes de survie de l'Enterprise, puis en attaquant Stubbs dans ses quartiers.
Les nanites acceptent finalement de pénétrer dans les circuits nerveux de Data pour négocier un règlement. Ils ne voulaient pas nuire à l'Enterprise ils cherchaient simplement des matières premières destinées à leur processus de duplication. Ils consentent à mettre un terme au conflit si Picard garantit leur transfert dans un environnement moins confiné.
Le Dr Stubbs utilise son influence au sein de Starfleet pour faire désigner Kavis IV en tant que nouveau monde des nanites. Avec l'aide de ces derniers, l'ordinateur est réparé à temps pour que l'expérience de Stubbs puisse être menée à bien.
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