Sur la planète Hanon IV, un savant Voth, le Pr Gegen, découvre les restes d'un être humain. Constatant les similitudes génétiques entre cet être et les membres de sa propre espèce, il présente sa trouvaille au Conseil des Anciens et demande de l'aide pour trouver le vaisseau d'où elle provient.
Mais les Anciens sont outrés par la théorie selon laquelle les Voths pourraient avoir évolué à partir d'une autre espèce : leur culture reposerait donc sur un mensonge ?
Gegen persiste à penser qu'il faut connaître la vérité à tout prix. Le ministère projette alors de l'arrêter pour hérésie, mais le savant, à qui une inscription microscopique sur l'uniforme du cadavre a appris que celui-ci venait de l'USS Voyager NCC-74656, part à la recherche de ce vaisseau avec son assistant, Veer.
Gegen et Veer retrouvent l'USS Voyager et s'y téléportent pour étudier secrètement l'équipage, ils se trouvent en occultation interphasique.
L'Enseigne Harry Kim détecte leur présence, à l'issue d'une lutte, Veer est capturé, mais Gegen parvient à s'échapper en emmenant le Commander Chakotay. Ce dernier revient à lui à bord du vaisseau de Gegen, en échange de sa liberté, il accepte d'aider le Professeur à apporter la preuve du bien-fondé de sa théorie dite de « l'Origine lointaine ».
A bord de l'USS Voyager, des recherches montrent que les Voths et les hommes ont effectivement de nombreux marqueurs ADN communs. Chakotay et Gegen formulent une hypothèse voisine. Chakotay veut regagner Voyager, mais le Professeur voit en lui la preuve vivante de sa théorie.
Tout à coup, un Vaisseau-Cité Voth téléporte Voyager à son bord. Des gardes Voths prennent le contrôle du bâtiment, Gegen est informé du fait que les Anciens vont détruire sa preuve, Voyager, à moins qu'il ne renie sa théorie.
Arrivent Gegen et Chakotay. Le savant refuse d'abjurer, alors même qu'il sera incarcéré pour hérésie, mais en apprenant que l'équipage de Voyager va partager son sort, il se rétracte en échange de la liberté des Officiers de Starfleet.
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