En tant que nation intersidérale régie par une charte de lois et de règles, la Fédération garantit à ses citoyens un certain nombre de droits inaliénables, qui tous figurent dans la Constitution de la FUP.

Ce document historique rédigé en 2161, acte les moyens qu'ont les membres de la Fédération pour gouverner et protéger leurs mondes. Il définit aussi d'importantes libertés civiles individuelles, telles que celles qui figurent dans la Septième Garantie et protègent un citoyen de la Fédération contre une auto-incrimination.

La Constitution est la fondation concrète sur laquelle reposent les grands principes moraux de la Fédération, et notamment le droit à l'équité inscrit dans le Code de Justice de la Fédération.

C'est au nom de ce droit que les suspects sont considérés comme innocents jusqu'à ce que la preuve de leur culpabilité soit établie et que, si leur innocence est démontrée, ils doivent être libérés et absous de toute charge.

La Fédération est assez libérale dans l'opinion qu'elle se fait de la justice, si l'on compare notamment ses pratiques avec celles, guidées par la cupidité, de l'Alliance Ferengie, ou bureaucratiques à l'excès, de Cardassia.

Le système judiciaire Cardassien fonctionne en effet selon le principe que tout accusé est coupable et n'a d'autre choix que d'abandonner son sort à une procédure préalablement déterminée. La loi Ferengie, pour tout ce qui ne concerne pas la législation commerciale et la pratique des affaires, est d'une souplesse proportionnelle à la quantité de latinum que possède l'accusé. La morale et l'éthique de ces deux sociétés sont fort différentes de celles de la Fédération.

Dans un tribunal de la Fédération, l'accusé ne peut être opprimé en raison de sa faiblesse, ni jugé à l'avance, mais il ne peut non plus influencer le système judiciaire.

Il est jugé selon la règle de la loi, et seulement selon cela. Il existe différents niveaux de juridiction au sein de la Fédération, des tribunaux planétaires et des lois propres à chacun de ses mondes membres jusqu'aux cours supérieures contre les crimes ayant une portée interplanétaire et intersidérale. Ces forums judiciaires comprennent le Grand Jury et, au niveau le plus élevé, la Cour Suprême de la FUP.

La Fédération abrite tous ses citoyens sous le parapluie de son système judiciaire, y compris ceux qui servent à bord des vaisseaux de Starfleet. Les tribunaux militaires respectent donc un modèle très proche de celui de leurs homologues civils, où la cour se compose d'un juge, d'un accusateur public et d'un avocat de la défense, ainsi que d'un jury et d'un ordinateur impartial.

Les lois de la Fédération Unie des Planètes, tout comme ses considérations morales et éthiques, entrent parfois en conflit avec diverses espèces Aliens qui les considèrent comme invalides ou insupportables.

Il arrive que des citoyens de la FUP sur qui pèsent des charges criminelles fassent l'objet d'une demande d'extradition de la part d'une puissance étrangère, les lois de la Fédération doivent alors être interprétées en fonction de la situation.

En 2369 (Date stellaire 46910), Jadzia Dax, Officier Trill de Starfleet et citoyenne de la Fédération, est traduite devant une cour Bajorane à bord de la station Deep Space Nine, Jadzia est tenue pour responsable d'un crime prétendument commis par un ancien hôte du symbiote Dax, Curzon, pour l'assassinat du Général Ardelon Tandro. Le mode de jugement partisan des Bajorans contribue à éclaircir la situation, alors qu'un tribunal de la FUP aurait pu l'envenimer, mais il place aussi la charge de la preuve sur les épaules de l'accusé.

Trois ans plus tard, un collègue de Jadzia, Miles O'Brien, est victime d'un système judiciaire Alien, selon la loi Argrathie, le Chef O'Brien est déclaré coupable d'espionnage et condamné à vingt ans d'emprisonnement dans une réalité virtuelle.

La justice telle que la considère la Fédération est en plusieurs occasions soumise à rude épreuve. En 2366 (Date stellaire 431521), l'équipage de l'USS Enterprise NCC 1709-D rencontre le dénommé Kevin Uxbridge, un Douwd quasi omnipotent se faisant passer pour un homme et vivant sur Delta Rana IV.

Dans un accès de colère, après une attaque menée contre sa planète par des Husnocks (qui tuent sa femme, l'Humaine Rishon, et les autres résidents), le Douwd use de ses pouvoirs pour annihiler l'espèce Husnock.

Pour un crime d'une telle ampleur, le Capitaine Jean-Luc Picard note que la Fédération n'a aucun moyen de le juger ou même de faire appliquer un quelconque jugement.

La Fédération s'est trouvée confrontée à des crimes qui imposent l'incarcération, mais la peine de mort est contraire à l'esprit de la Constitution, hormis dans les cas les plus extrêmes.

Au lieu de cela, les criminels qui représentent un danger clairement établi pour la Fédération sont emprisonnés dans des colonies pénitentiaires de haute sécurité, dont Elba II, cependant que les détenus moins dangereux purgent leur peine dans des établissements tels que la colonie pénitentiaire de Nouvelle-Zélande, sur Terre.