Département autonome et quasi-clandestin de Starfleet peut être considéré comme incompatible avec les principes sur lesquels est fondée la Fédération Unie des Planètes, mais la Section 31 n'en est pas moins une réalité.

L'appellation « Section 31 » est la désignation officielle d'une unité clandestine qui existe depuis les origines de la FUP. A l'instar du Tal Shiar Romulien et de l'Ordre de l'Obsidienne Cardassien, il s'agit d'une redoutable organisation autonome, qui oeuvre en dehors des procédures opérationnelles normales de la Fédération.

La Section 31 ne rend de compte à aucune autorité, ce qui fait de ses agents des juges, des jurés et des bourreaux. A sa manière toutefois, Starfleet sanctionne cette organisation en refusant de reconnaître ou de nier son existence. La ligne officielle est que les échelons supérieurs de la Flotte sont consternés de l'existence d'un tel groupe, mais officieusement, quelqu'un au sein de Starfleet Command protège la Section 31 et étouffe toute investigation à son sujet.

Des personnages aussi honorables que l'Amiral William Ross ferment les yeux sur les activités de la Section 31, au motif que la fin justifie parfois les moyens. D'autres dignitaires cependant s'offusquent de ce qu'une organisation qui prétend protéger les principes de la Fédération les viole en réalité sans vergogne.

La Section 31 ne fait pas dans la demi-mesure : lors de la guerre entre la FUP et le Dominion, au milieu des années 2370, elle développe un virus meurtrier qui s'attaque aux Fondateurs Métamorphes, puis infecte délibérément le Chef de la Sécurité de Deep Space Mine, Odo, afin d'en faire un vecteur de ce virus.

Le Conseil de la Fédération se récrie devant cette tentative de génocide, mais décide de ne pas fournir aux Fondateurs le remède existant. On estimera plus tard que cette opération a impliqué au moins soixante-treize personnes (Médecins, Administratifs, Officiers de sécurité, Amiraux...). Trois ans plus tard, lorsque le Dr Julian Bashir tentera d'obtenir les résultats des examens médicaux d'Odo afin de le traiter, l'un au moins de ces agents falsifiera un compte rendu médical.

Les membres de la Section 31 lui sont fanatiquement dévoués. Ils se considèrent comme des êtres d'exception, voués corps et âme à l'intérêt de la FUP. Leur dévouement est démontré par l'implantation dans leur cerveau de dispositifs neuro-dépolarisants qui leur permettent de se donner la mort au cas où ils seraient capturés ou risqueraient de compromettre les secrets de l'organisation.

Les agents de la Section 31 adoptent des identités soigneusement fabriquées pour accomplir leurs missions. Le groupe place aussi des agents et des espions chez l'ennemi (au sein du Tal Shiar Romulien), sur la planète-mère Klingonne et jusque dans le cabinet du Président de la Fédération, Jaresh-Inyo.

La Section 31 pratique la désinformation à grande échelle (elle cultive la réputation « anti-Fédération » de Koval (Chef du Tal Shiar) afin de masquer son statut d'agent double et trompe des agents quant à leurs objectifs véritables.

En 2375, le Dr Julian Bashir, envoyé à une conférence conjointe de la Fédération Unie des Planètes et des Romuliens pour le compte de la Section 31, croit être simplement chargé de recueillir des renseignements sur les dirigeants Romuliens.

La Section 31 est équipée du dernier cri en matière de technologie. Elle dispose notamment de relais placés derrière l'oreille pour enregistrer les réactions neurosynaptiques, et jouit d'un accès à des innovations non encore annoncées, tels que des rayons de téléportation, qui ne laissent aucune trace dans les archives de la sécurité, ou des appareils permettant de couper totalement une pièce des communications avec l'extérieur.

Le groupe met parfois sur pied des opérations particulièrement retorses pour recruter de nouveaux agents. Comme le Dr Bashir s'en rend compte en 2374, la Section 31 est prête à enlever des Officiers de Starfleet et à les soumettre à des holosimulations redoutablement stressantes pour mettre à l'épreuve la loyauté des recrues potentielles à l'égard de la Fédération.

Le cerveau amélioré par manipulation génétique du Médecin fait de lui un prospect séduisant pour la Section 31. Julian Bashir est intelligent, ingénieux et fasciné par la résolution d'énigmes. L'agent chargé de l'évaluer, Luther Sloan, révèle qu'il a aussi été choisi pour ses qualités humaines.

Le groupe estime que la FUP a besoin d'hommes doués de conscience, qui par ailleurs sont la raison même d'exister de l'organisation secrète : quelqu'un doit protéger des hommes tels que Bashir d'un univers qui ne partage pas leur sens du bien et du mal.

La Section 31 se targue de voir loin. C'est pour cette raison qu'elle monte son opération Romulienne, en prévision de ce que sera la situation après la guerre contre le Dominion. Le groupe n'hésite pas à sacrifier ses agents et tous les gêneurs pour couvrir ses traces. Luther Sloan en fera les frais, tout comme la Sénatrice Romulienne Cretak.

La plupart des citoyens de la FUP qui ont vent de l'existence de la ténébreuse Section 31 jugent qu'elle déshonore la Fédération et devrait disparaître, mas cette organisation n'en survit pas moins, qui continue comme toujours à accomplir furtivement ses menées.