Les Tholiens posent depuis des décennies, de nombreux problèmes à la Fédération, dont les spationefs ont été inquiétés et les colonies attaquées. Cependant, la menace du Dominion a amené les Tholiens à envisager une politique moins ouvertement hostile.

Il arrive régulièrement à la Fédération Unie des Planètes de connaître des relations tendues avec divers peuples des Quadrants Alpha, Delta et Gamma, mais rares sont les espèces qui se révèlent être une source d'irritation aussi constante que les Tholiens. Ces êtres mystérieux autant qu'inamicaux, dirigés par un gouvernement nommé "Assemblée Tholienne", occupent une région de l'espace proche de celles des Klingons.

On n'en sait guère plus au sujet de l'organisation de leur société et de leur planète mère.

La physiologie des Tholiens est fort différente de celle des humanoïdes. Leur apparence est très colorée et la surface visible est constituée de multiples facettes, ils sont probablement revêtus d'une armure ou de vêtements qui dissimulent leur aspect réel. Leur forme générale est vaguement ovoïde et ils possèdent deux membres supérieurs, munis de pinces et six membres inférieurs. Deux points brillants, qui pourraient être des yeux, sont situés aux deux tiers de la hauteur du corps, juste au dessus d'une sorte de bec. Les motifs intenses et irradiants qui fluctuent en permanence, pourraient être liés à des facteurs physiologiques voire émotionnels.

Du fait de la rareté des contacts avec les Tholiens, il est difficile de se procurer leurs produits qui de ce fait sont très prisés. Les mauvaises relations entre la FUP et l'Assemblée Tholienne font que la soie Tholienne est très coûteuse et que très souvent, il n'est possible de s'en procurer que si l'on a des liens directs avec des membres éminents de l'Assemblée Tholienne.

Les Tholiens sont plus connus pour leur tempérament querelleur que pour leurs belles et fines étoffes. Prompts à recourir à la force, ils attachent également une grande importance à la ponctualité et à l'honnêteté et ne tolèrent absolument pas la tromperie. Toutefois, leur tendance à présumer de la malhonnêteté d'autrui, les amène souvent à réagir à des provocations imaginaires.

Les Tholiens se signalent par leur agressivité territoriale. Ils annexent des régions de l'espace contiguës aux leurs de façon apparemment arbitraire, ils provoquent de déplorables incidents diplomatiques en s'engageant sous le moindre prétexte dans un conflit, que celui-ci les concerne ou non, et accusent souvent d'ingérence les spationefs d'autres sociétés, sans se préoccuper du caractère intentionnel ou non de ces incursions. Une fois l'accusation portée, les Tholiens agissent avec une violence rare contre les intrus.

Ils utilisent des navires performants, dont la silhouette en pointe triangulaire comporte trois ailes (une de chaque côté et une au sommet). Ces appareils sont équipés d'armes à rayons conventionnels, ainsi qu'une arme à champ d'énergie, qui ne correspond à rien de ce que la Fédération a connu avant que cette arme soit utilisée à son détriment en 2268. Ces armes émettant un rayon de couleur bleue produisent un rayon énergétique circulaire en forme de fleur.

Leur outil de destruction le plus dangereux reste cependant, la "Toile Tholienne". Deux navires Tholiens opèrent en tandem et "tissent" cette toile, qui est en fait un champ d'énergie en entrelacs, entre leurs poupes respectives. Lorsque le champ tracteur est achevé, le ou les bâtiments ennemis y sont attirés, puis le champ se contracte pour les détruire. Les effets sont dévastateurs. Néanmoins, en 2268, l'USS Enterprise NCC-1701 utilise une interphase spatiale et parvient à se libérer.

Les vaisseaux Tholiens sont mieux équipés pour l'attaque que pour la défense et leurs systèmes défensifs, plutôt médiocres, sont vulnérables face aux phaseurs de Starfleet. Outre ses redoutables vaisseaux de guerre, la flotte Tholienne comprend également des cargos beaucoup moins belliqueux.

Dans le passé, les relations entre la FUP et l'Assemblée Tholienne ont été marquées par la violence. En 2268, le vaisseau Tholien du Commander Loskenne ouvre le feu sur l'Enterprise alors qu'une opération de sauvetage est en cours. Celle du Capitaine James T. Kirk coincé dans une zone instable de l'espace. Les Tholiens prétendent que l'Enterprise s'est introduit dans une région leur appartenant, alors que les archives de la Fédération montrent qu'ils se trouvent en fait au cœur d'un territoire vierge de toute domination et donc ouvert à tous.

En 2353, survient la première rencontre meurtrière avec les Tholiens, ceux-ci ayant attaqué une base stellaire de la Fédération.

L'ensemble du personnel fut tué à l'exception de Kyle Riker, le père de William Riker, stratège militaire réputé et collaborateur civil de Starfleet.

En raison de la longue période de tensions existant entre la Fédération Unie des Planètes et l'Assemblée Tholienne, l'Académie de Starfleet continuera à intégrer dans la formation des élèves officiers des simulations de combat contre des vaisseaux Tholiens et ce jusqu'en 2355.

La politique réactionnaire et agressive des Tholiens pose des problèmes, non seulement à la Fédération Unie des Planètes, mais également aux autres puissances de la Galaxie, considérées avec une même inimitié par l'Assemblée Tholienne. Ainsi, en 2367, des dignitaires Klingons expriment leur inquiétude au sujet d'un engagement Tholien dans les hostilités. En effet l'Emissaire Klingonne K'Ehleyr sollicite l'aide du Capitaine Jean-Luc Picard alors que les Tholiens semblent sur le point de devenir acteurs dans la guerre civile Klingonne, ce qui aggraverait considérablement la situation.

Depuis quelques temps, toutefois, il semble que les Tholiens soient prêts à mettre fin à leur attitude hostile, ainsi, en 2371, ils établissent des relations diplomatiques avec la Fédération.

Des observateurs Tholiens prennent part à la Conférence d'Anvers organisée sur Terre par La FUP et un ambassadeur Tholien s'est rendu à bord de Deep Space Nine.

Les Tholiens ont conclu un traité de non agression avec le Dominion, mais cette nouvelle menace a finalement abouti à l'établissement de relations plus productives et même de liens d'amitié avec la Fédération Unie des Planètes.