Pour atteindre le rang d'Amiral, ainsi que Matthew Dougherty l'a fait, il faut démontrer une exceptionnelle connaissance technique, un leadership affirmé et une bonne vision stratégique. Il faut également faire preuve d'un attachement indéfectible aux idéaux de la Fédération Unie des Planètes, particulièrement à la Prime Directive.

Malheureusement, même le meilleur des Officiers peut être séduit et éloigné de ses principes par l'appât du gain et un sens erroné de ce qui constitue le bien. L'Amiral Dougherty est un excellent exemple de ce qu'un brillant Officier de Starfleet, peut, à la fois, posséder les compétences demandées à un Officier de haut rang et combien il est facile parfois de trahir ses convictions les plus chèrement entretenues.

Dougherty est envoyé par Starfleet pour un programme secret d'observation conjoint entre la Fédération et les Son'a. A première vue, il ne s'agit que d'une banale mission destinée à surveiller la planète colonisée par les Ba'ku et localisée dans le Secteur 441 dans une partie de l'espace connue sous le nom de Tache de Briar.

Cependant, dissimulé, sous cette prétendue mission scientifique, se trouve un projet beaucoup plus sombre. La Fédération a fourni un Holovaisseau équipé de nombreux projecteurs holographiques très performants, dans le but de déplacer les 600 colons de leur planète sans qu'ils le sachent, dans le but d'investir cette planète afin d'y récolter les particules métaphysiques destinées aux soins de santé de la Fédération et des Son'a.

L'un des traits de caractères les plus affirmés de l'Amiral est son insistance à ce que les choses se fassent de la manière appropriée. Les différents protocoles, procédures et règlements sont les instruments avec lesquels ils travaillent.

Si le Conseil de la Fédération n'a pas approuvé le projet du Holovaisseau, il semble peu vraisemblable que Dougherty ait pris l'initiative de le réaliser de son propre chef, il semblait plus à l'aise au sein de la hiérarchie de Starfleet. Son autorité n'est pas toujours manifeste, l'Amiral peut subtilement rappeler à un de ses subordonnés le pouvoir qu'il exerce.

Dougherty préfère négocier plutôt que combattre, même lorsque ceux qui se trouvent autour de lui estiment que la discussion est futile, mais il n'hésite pas à mener des actions décisives si les circonstances exigent une réponse immédiate.

Lorsqu'un disfonctionnement apparent du Lieutenant-Commander Data révèle l'existence du Holovaisseau mis en place conjointement par la Fédération et les Son'a, la première réaction de Dougherty est de contacter l'USS Enterprise NCC-1071-D pour obtenir les schémas interne de l'androïde.

Il accorde au Capitaine Picard 12 heures pour capturer Data, mais prévoit également d'appeler le vaisseau Son'a si ses collègues de Starfleet échouent.

Dougherty est également réticent à entrer en conflit avec ses collègues officiers. Lorsque Picard apprend l'existence du Holovaisseau, l'Amiral lui parle en privé, lui expliquant les raisons de ce projet et les bénéfices qu'il apportera aux millions de citoyens de la Fédération. Même après que le Capitaine l'ait défié et qu'il ait été détenu dans une cellule Son'a, Dougherty espère encore que lui parler amènera Picard à rejoindre son point de vue.

Dans les limites de ses ordres et des protocoles, Dougherty est capable de faire preuve de compassion. Lorsque Ru'afo veut accélérer la récolte des particules métaphasiques, l'Amiral insiste pour que les Ba'ku soient protéger contre tous risques inutiles. Il est aussi conscient du fait que si les Ba'ku sont blessés, le soutien de la Fédération au projet va disparaitre.

Dougherty se décrirait probablement lui-même comme un réaliste. Ils n'apprécie pas les Son'a et est d'accord avec Picard pour dire que ce sont en quelques sortes de petits malfrats, mais il croit que par rapport aux Borgs ou au Dominion, la Fédération a besoin de tous les alliés qu'elle peut obtenir.

Il est possible que le bénéfice personnel qu'il pourrait retirer des particules métaphysiques influencent son jugement, comme la perspective d'une éternelle jeunesse pourrait tenter énormément de monde.

Son sens du bien et du mal, cependant, lui interdit de tirer profit de ces avantages jusqu'à ce qu'ils puissent être partagés par tous les citoyens de la Fédération, ce qui renforce la certitude de l'Amiral de travailler pour le bien commun.

Cependant, l'éthique personnelle de Dougherty ne l'empêche pas de faire preuve de duplicité pour arriver à ses fins. Lorsque Picard amène l'Androïde renégat Data en garde à vue, l'Amiral l'informe qu'il restera quelques jours au sein de la Tache de Briar jusqu'à l'achèvement de la mission. Cet "achèvement" est en fait, la mobilisation du Holovaisseau afin d'évacuer les Ba'ku et la destruction de la planète elle-même.

Au début, Dougherty tente de justifier la décision de transporter la Colonie Ba'ku, affirmant qu'ils ne sont pas originaires de cette planète, les relocaliser sur un autre monde serait les remettre sur un trajet normal de l'évolution. Plus tard, il fait un pas supplémentaire. Lorsque Ru'afo annonce ses intentions de détruire l'Enterprise, l'Amiral donne son accord, effrayé par l'idée que le vaisseau stellaire ne contacte le Conseil de la Fédération,et que son projet ne soit annulé.

La tragédie c'est que ses propres désirs rendent Dougherty aveugle et qu'il ne perçoit pas les motivations réelles des Son'a. Picard l'informe que les Son'a et les Ba'ku sont en faite de la même race et accuse l'Amiral d'attirer la Fédération au milieu d'une vendetta.

A son crédit, il faut dire que lorsqu'il se rend compte de la situation, Dougherty tente d'arrêter l'évacuation des Ba'ku, malheureusement son revirement de conscience vient trop tard.

Ru'afo voit le revirement de Dougherty comme une menace et l'attaque en le propulsant à travers la paroi vitrée et en le forçant à s'asseoir dans l'un des fauteuils de soins Son'a. Le fauteuil distend les tissus du visage de l'Amiral, le tuant instantanément.

Les enregistrements de Starfleet montreront que Dougherty ne s'est pas toujours conformé à la Prime Directive, ni au code qu'il avait juré de suivre, mais ils montreront également un homme que toute sa carrière précédente a rendu digne du rang qu'il occupait. Un homme qui, à l'ultime instant a su choisir la bonne trajectoire, même si cela devait finir par lui coûter la vie.