Will Decker est le fils du Commodore Matthew Decker, tué en 2267 alors qu'il tentait de détruire la redoutable Broyeuse de planètes. Comme son père, Decker intègre Starfleet au début de sa carrière, il est affecté sur Delta IV, où il noue une idylle avec la Deltane Ilia. Leur liaison, très intense, ne perdure pas, mais ils ne se disent pas adieu lorsque Decker repart.

En 2270, l'USS Enterprise NCC-1701 revient de sa mission quinquennale. Le Capitaine James Kirk accepte alors sa promotion au rang d'Amiral et peu après, l'Enterprise est soumis à une refonte majeure. Kirk recommande Will Decker pour lui succéder à son poste de Capitaine, ce sera son premier commandement.

La refonte s'étale sur dix-huit mois et elle n'est pas achevée lorsqu'un étrange nuage menace la planète Terre. Malgré sa foi affichée en Decker, l'Amiral Kirk convainc Starfleet Command de lui redonner les commandes de l'USS Enterprise.

Kirk fait part de cette nouvelle à Decker à bord même du spationef. Fort mécontent de l'attitude de son mentor, le jeune homme sait que Kirk cherche depuis quelque temps à retrouver un poste opérationnel et l'accuse de profiter d'une situation d'urgence pour reprendre le fauteuil de Capitaine de l'Enterprise.

Kirk ordonne à Decker d'être son Premier Officier pour la mission et le rétrograde temporairement au grade de Commander. A la mort de l'officier scientifique Vulcain de l'Enterprise, Sonak, tué dans un accident de téléportation, Decker hérite en outre de ce poste.

Decker s'inquiète de ce que Kirk n'est pas familier de l'Enterprise dans sa nouvelle mouture et craignant que cela ne mette la mission en péril, il n'hésite pas à faire valoir ses droits et à agir comme il le juge nécessaire pour protéger « son » vaisseau.

Lorsque Kirk donne l'ordre de passer en vitesse de distorsion avant que les moteurs ne soient prêts, Decker le prévient qu'il commet une erreur.

L'Enterprise est ensuite attiré dans un vortex et menace de heurter un astéroïde. Decker contredit alors l'ordre donné par Kirk d'employer les phaseurs pour détruire l'astéroïde, et donne à Pavel Chekov l'instruction d'utiliser des torpilles à photons.

Quelques heures plus tard, dans les quartiers du Capitaine, James Kirk exige une explication. Will Decker souligne que l'USS Enterprise rénové canalise l'action des phaseurs par le biais des moteurs principaux et ceux-ci étant déséquilibrés, les phaseurs étaient inactifs. Kirk admet à contrecœur que Decker a bien agi et qu'il a sauvé ainsi l'astronef.

James Kirk considère les soucis de Will Decker comme une manifestation de son ego, mais le jeune officier estime ne faire que veiller à la sûreté du vaisseau et de ses membres. Lorsque le Vulcain M. Spock se joint à l'équipage, il lui cède bien volontiers le poste d'officier scientifique.

Toutefois, Will Decker est bien moins expérimenté que son prédécesseur. Quand l'Enterprise rencontre finalement le nuage, il recommande d'activer les boucliers et les écrans, mais Kirk objecte que cela pourrait être interprété comme un acte hostile.

Tout donne à penser que le nuage est à la fois agressif et suffisamment puissant pour percer les défenses de l'USS Enterprise.

Le vaisseau de Starfleet est autorisé à pénétrer dans le nuage, mais une sonde surgit alors à bord, qui scanne l'ordinateur puis Ilia avant que celle-ci ne soit vaporisée sous les yeux même de Will Decker.

Le nuage renvoie à l'Enterprise une sonde ayant l'aspect d'Ilia. Elle a été envoyée pour observer les « unités carbone » par son maître V'Ger. L'équipage se rend compte que la sonde possède la mémoire d'Ilia, Decker parvient à raviver ses souvenirs. La sonde confirme alors que V'Ger est à la recherche de quelque chose, sans savoir quoi.

L'Enterprise découvre enfin au cœur du nuage une ancienne sonde lancée de la Terre, Voyager VI. Cette dernière a été reconstruite et reprogrammée par une civilisation mécanique implantée de l'autre côté de la Galaxie, puis renvoyée vers la Terre.

Lorsqu'il apparaît que V'Ger veut s'unir physiquement à un être Humain, il saisit cette occasion d'étendre le champ de ses perceptions. Son amour pour la vie et pour Ilia, qui fait partie de V'Ger désormais, lui a donné de nouveaux objectifs. Decker fournit les informations dont V'Ger a besoin, puis avec Ilia, parés d'un nimbe éclatant, se fondent en V'Ger, qui disparaît tandis que tous trois évoluent en une nouvelle forme de vie.