Dans les profondeurs des mines de pergium de Janus VI, un groupe de mineurs vient relever la garde. Un homme du nom de Schmitter prend son service, il est tendu car cinquante mineurs ont été tués par un « monstre » insensible aux tirs de phaseurs.
Le Chef de la mine, Vanderberg, le rassure en annonçant l'arrivée prochaine de l'Enterprise, mais à peine Schmitter se retrouve-t-il seul qu'il est attaqué par la mystérieuse créature. Alertés par ses cris, les mineurs ne découvrent que ses restes calcinés.
A peine arrivé, le Cpt Kirk, M. Spock et le Dr McCoy rencontrent Vanderberg qui leur explique que, trois mois auparavant, les colons ont ouvert de nouvelles galeries recelant des gisements de pergium d'une exceptionnelle richesse. Bientôt pourtant, ils se sont rendu compte que leurs machines automatiques étaient en voie de désintégration. Les membres de l'équipe de réparation dépêchée sur place ont été tués et, comme dans le cas de Schmitter, on n'a retrouvé que leurs cendres. Les premiers meurtres ont eu lieu aux niveaux inférieurs, puis aux niveaux supérieur et se rapproche de la zone où vivent les mineurs.
Ed Appel, a vu la créature, « énorme et hirsute » et son phaseur de type 1 n'a eu aucun effet sur elle. Au cours de la conversation, Spock remarque une étrange sphère. Les mineurs, qui ont cessé le travail, lui apprennent qu'il s'agit d'un nodule de silicium. Ils en ont découvert et détruit des centaines dans les nouvelles galeries.
L'analyse à laquelle procède McCoy montre que le corps de Schmitter a subi une corrosion, comme s'il avait été plongé dans de l'acide. En dressant la carte des agressions, Spock s'aperçoit que la créature doit être capable de se déplacer à une vitesse phénoménale, cependant, en l'absence de tout signe de vie identifiable, il sera très difficile de la retrouver dans le labyrinthe de la mine.
Un autre garde est attaqué. La créature dérobe la pompe de circulation principale du réacteur de la colonie, sans cette pompe, une réaction en chaîne va rapidement s'amorcer. Il n'y a pas de pièces de rechange et il n'est pas possible d'arrêter le réacteur car il alimente les systèmes de survie de la colonie. Scotty pense néanmoins pouvoir bricoler un dispositif propre à assurer le fonctionnement du réacteur pendant quarante-huit heures.
Cet acte calculé convainc Spock que la créature est douée d'intelligence. Il suppose que l'on a affaire à une entité vivante siliceuse et il convient de régler les phaseurs de type 2 en conséquence. Spock pense aussi que les nodules ont une importance, mais il ignore laquelle.
Kirk ordonne aux équipes de sécurité de M. Giotto d'entreprendre une fouille des mines, en commençant par le niveau 23 où ont été découverts les nodules. Le tricorder de Spock détecte la présence d'une entité siliceuse, après la mort d'un nouveau garde, Kirk et Spock retrouvent la trace de la créature dans une galerie circulaire qui, de toute évidence, n'a pas été creusée par des machines. Un être de nature rocheuse apparaît, les deux officiers lui tirent dessus, mais le monstre s'enfuit dans une galerie.
Spock ne détecte qu'une seule créature. Au vu du nombre de galeries, il pense qu'il y en eut jadis plusieurs, et que celle qu'ils pourchassent est peut-être la dernière de son espèce. Il annonce à Kirk qu'il ne faut pas prendre cette vie à la légère, mais le Capitaine lui répond qu'ils n'ont pas le choix.
Tandis que la traque continue, le réacteur rend l'âme. L'Enterprise commence l'évacuation de la colonie, sauf celle de Vanderberg et de quelques mineurs qui restent sur place.
Kirk et Spock se séparent pour explorer deux galeries. Kirk pénètre dans une salle emplie de sphères. Spock lui conseille de ne pas leur faire de mal. Au même moment, la créature déclenche une chute de roches : Kirk se retrouve isolé. La créature s'approche de lui, mais il parvient à la tenir en respect avec son phaseur.
Au moyen de son communicateur, Spock dit à Kirk de tuer l'entité. Kirk s'y refuse. Tandis que le Capitaine attend son officier, la créature lui montre qu'elle a été blessée.
A son arrivée, Spock remarque la présence des nodules, en dépit des risques, il tente d'opérer une fusion mentale avec la créature et apprend qu'il s'agit d'une Horta. Elle souffre atrocement, aussi Spock doit-il interrompre la fusion mentale ?
Elle inscrit alors un message dans le sol : « No kill I ». Kirk appelle McCoy pour lui annoncer qu'il a un patient pour lui. Spock reprend la fusion mentale, en établissant cette fois un contact physique avec la Horta.
L'équipe de sécurité de Kirk doit retenir Vanderberg et un groupe de mineurs pendant que McCoy se dirige vers la salle. Spock, en pleine union mentale avec la Horta, parle de « diables » et de « chambre des Ages ». A l'arrivée de McCoy, Kirk lui demande d'aider la Horta et demande à Spock des nouvelles de la pompe.
La réponse de Spock conduit Kirk dans une salle pleine de sphères brisées où il retrouve la pompe. Il regagne la salle principale et extrait Spock de sa fusion mentale. Ils ont tous deux compris que les sphères sont les oeufs de la Horta.
Les mineurs maîtrisent les gardes et se ruent dans la salle, prêts à tuer la Horta, mais Kirk et Spock s'interposent en leur expliquant que celle-ci voulait seulement protéger ses œufs que les mineurs avaient entrepris de détruire. Kirk leur remet la pompe et leur dit qu'ils devraient essayer de travailler avec la Horta, qui, de par ses facultés naturelles de perceuse de galeries, constitue le meilleur mineur qui soit.
McCoy, ébahi, se rend compte qu'il a réussi à soigner la Horta, grâce à un traitement au thermociment. Spock propose à la Horta de coopérer avec les mineurs, ce qu'elle accepte. Lorsque l'Enterprise repart, les bébés Hortas ont commencé d'éclore et ils se mettent aussitôt à creuser des galeries, qui vont mener les mineurs vers d'incommensurables richesses.
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