Le Commander Chakotay et l'Enseigne Kaplan, qui viennent à peine d'achever une mission de reconnaissance, regagnent l'USS Voyager NCC-74656 à bord d'une navette, mais Kaplan ignore leur position.
Ils captent un signal d'appel de la Fédération, qui les conduit non vers Voyager mais jusqu'à une planète voisine. Ils parviennent à établir un contact audio, puis le signal cesse.
Chakotay ordonne à Kaplan de lancer une balise de transmission indiquant à l'équipage de Voyager ce qui s'est produit, puis la navette se pose.
A la surface de la planète, ils sont attaqués par un groupe d'humanoïdes. Kaplan trouve la mort au cours de l'agression, Chakotay est blessé, mais un autre groupe survient qui lui porte secours. Il reprend connaissance dans une pièce sombre, où une femme se présente à lui comme Riley Frazier. Elle lui explique qu'elle faisait partie d'un groupe d'êtres humains qui ont été enlevés par des Aliens et amenés ici.
Sur cette planète se trouvent des représentants de diverses autres espèces, dont des Klingons, des Romuliens et des Cardassiens. La plupart s'entredéchirent, mais certains ont constitué une sorte de coopérative dont elle est l'un des dirigeants, elle précise que c'est elle qui a envoyé le signal de détresse.
Lorsque Chakotay veut contacter Voyager, Riley lui apprend que les agresseurs ont détruit leur système de communications, ainsi que la navette. De plus, il souffre d'un traumatisme cérébral. Il lui faut se reposer.
Voyager a rencontré un vaisseau Borg inactif. Janeway décide de découvrir tout ce qui est possible au sujet des Borgs, elle demande à Tuvok de mettre sur pied un détachement.
Chakotay propose d'emmener Riley et les siens à bord de Voyager. Elle lui répond qu'ils ne veulent absolument pas quitter la planète mais ont besoin d'assistance pour améliorer leur sécurité. Elle entreprend de réparer le dispositif de communications. Chakotay souhaite l'aider, mais elle estime qu'il est trop mal en point.
Tuvok, B'Elanna Torres et Harry Kim constatent que le Cube Borg est sans doute désemparé depuis cinq ans. Ils ont trouvé à bord onze cents cadavres de Borgs, un grand nombre d'entre eux conservés sous vide. Ils en ont rapporté un afin que le Docteur puisse l'examiner. Kathryn Janeway craint que les Borgs n'aient été défaits par une force supérieure. Elle décide d'aller à la rencontre de Chakotay plus tôt que prévu sur le planning.
Pendant ce temps, le Commander Chakotay se réveille et part à la recherche de Riley Frazier. Elle est derrière une porte fermée. Un homme s'active sur elle, et il voit nettement un implant Borg à l'arrière de sa tête. Elle avoue que les autres et elle-même ont été assimilés par les Borgs.
Lorsque le Cube a été endommagé par un orage électrocinétique, le lien avec le Collectif a été rompu. Ils se sont mis à recouvrer leur mémoire et ont récupéré ce qu'ils ont pu à bord du vaisseau avant de s'installer sur la planète.
Les diverses espèces assimilées se sont dressées les unes contre les autres. Elle ne lui a pas dit la vérité car elle redoutait qu'il ne leur fasse pas confiance. Avant de s'évanouir, Chakotay déclare ne pouvoir les tenir pour responsables de ce qui est arrivé.
A bord de Voyager, le Docteur réactive malencontreusement le drone Borg. Il parvient à le neutraliser, mais B'Elanna lui indique que le drone se trouve de nouveau réglé sur son programme initial.
L'état du Commander Chakotay empire. Le médecin de la coopérative, Orum, est convaincu que le seul moyen de le traiter consiste à se servir de leurs implants Borgs pour établir un lien neural avec lui, afin d'utiliser leur énergie pour le guérir.
Chakotay, aux portes de la mort, accepte. Une fois lié au groupe, il partage la mémoire de ses membres. Quand il retrouve ses esprits, il se sent beaucoup mieux. Riley l'attend. Un effet résiduel fait qu'il entend encore ses pensées et ses sentiments, ils s'approchent l'un de l'autre et s'embrassent.
Voyager découvre la balise de Chakotay et détecte un commbadge à la surface de la planète.
Grâce à l'aide de Chakotay, la coopérative réussit à réparer le système de communications à courte portée. Orum détecte la présence de Voyager.
Chakotay et Riley s'y téléportent. Riley déclare à Janeway que la coopérative voudrait rétablir le lien neural entre tous les anciens Borgs vivant sur la planète, ce qui devrait permettre de faire cesser les conflits. L'intervention de Janeway est indispensable pour réactiver le générateur neuroélectrique du Cube Borg et le réorienter vers la planète. Il n'aurait à fonctionner que quelques secondes.
Kathryn Janeway se montre sceptique, mais elle accepte d'y réfléchir. Une fois Riley partie, elle demande à Chakotay ce qu'il en pense. Il lui répond que Riley et les autres membres de la coopérative sont sincères, mais admet que d'autres considérations sont sûrement à prendre en compte.
Chakotay retourne sur la planète pour annoncer à Riley qu'il ne lui est pas possible de l'aider dans son projet. Il lui propose de repartir avec lui, mais elle refuse. Il regagne Voyager en navette avec B'Elanna, puis entend soudain les pensées de la coopérative: attaquée, elle a besoin de son intervention. Il assomme B'Elanna d'un tir de phaseur.
L'USS Voyager détecte le changement de trajectoire de la navette et la suit jusqu'au Cube Borg. La coopérative indique à Chakotay la manière efficace de réactiver le générateur neuroélectrique. Lorsque la navette arrive au Cube, Chakotay se voit obligé de repousser un détachement de Voyager, mais il réussit à réactiver le générateur.
Le lien neuroélectrique donne la possibilité à la coopérative de mettre un terme à l'attaque, mais les Borgs du Cube, réactivés, s'en prennent au détachement. Voyager parvient à ramener les siens sains et saufs. Le bâtiment Borg déclenche alors sur le champ une procédure d'autodestruction. Peu après, la coopérative contacte l'équipage de Voyager pour expliquer qu'elle a détruit le Cube Borg et s'excuser auprès de Chakotay de l'avoir ainsi contraint à intervenir.
Le Commander Chakotay se considère comme responsable, mais le Capitaine Kathryn Janeway le rassure en lui signalant que la coopérative ne semble pas se comporter comme un Collectif Borg.
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