L'équipage de l'USS Voyager NCC-74656 est en visite chez les Voyageurs de Mikhal, peuple entièrement voué à l'exploration. Les Voyageurs transmettent des informations sur cette région peu connue de l'espace en échange de divers approvisionnements. Kes trouve le Docteur dans le holodeck, en grande discussion avec lord Byron et Gandhi.

Depuis peu, il a entrepris d'interviewer des centaines de personnages historiques célèbres (provenant de la base de données du vaisseau), de choisir les éléments de personnalité les plus engageants et de les intégrer à son propre programme. Kes lui demande de descendre sur la planète pour rencontrer Zahir, un Voyageur avec qui elle a noué une idylle.

Un peu plus tard, B'Elanna Torres, amenée à rendre visite au Docteur, découvre avec déplaisir qu'il se comporte avec elle de façon assez déplacée. Il lui annonce qu'il améliore son programme. Outrée, elle explique qu'il ne peut faire n'importe quoi avec ses sous-programmes comportementaux. Elle promet de venir l'aider dès la fin de son service.

Kes passe la soirée entière avec Zahir et ne regagne Voyager que vers trois heures du matin. Elle se rend à l'infirmerie, où le Docteur achève le travail qu'elle aurait dû faire. Il lui assène qu'elle devient par trop imprévisible et sujette à de fréquentes sautes d'humeur, ce à quoi Kes rétorque qu'elle est assez grande pour savoir ce qu'elle a à faire.

Dans la matinée, Kes annonce à Kathryn Janeway qu'elle veut passer plus de temps avec Zahir et ajoute qu'elle se demande si elle a vraiment envie de vivre le reste de son existence à bord de Voyager. Le Capitaine Janeway répond que le vaisseau va rester en orbite pendant plusieurs jours et lui suggère de prendre son temps avant de décider quoi que ce soit.

Tuvok veut aller voir Zahir sur la planète. Le Voyageur lui fournit des renseignements utiles, puis déclare être profondément épris de la charmante Kes. Celle-ci arrive, après le départ de Tuvok, elle fait part à Zahir de son entretien avec le Capitaine Janeway. Zahir lui propose de partir en voyage, mais elle veut se reposer.

Ce soir-là, une silhouette encapuchonnée agresse Zahir. L'assaillant se dirige vers le lodge, ôte son capuchon : c'est le Docteur ! Il annonce au gardien du lodge, Nakahn, qu'il lui faut un vaisseau.

Le lendemain, Kes se rend à l'infirmerie et apprend au Docteur que Zahir a été découvert au bas d'un ravin, blessé. Avant qu'ils puissent partir, B'Elanna vient dire au Docteur que son programme a un problème et qu'elle veut procéder à une analyse de ses sous-programmes.

Kes se rend à la surface avec le medkit, tandis que B'Elanna ramène le Docteur à l'infirmerie. Elle lui explique qu'il a incorporé à son programme nombre des éléments les plus négatifs des personnages historiques. Elle programme un algorithme de recherche pour les éliminer et, avant de le lancer, demande au Docteur de se désactiver.

Tuvok annonce à Janeway qu'il n'a trouvé aucun indice sur le lieu de l'agression contre Zahir. Ils arrivent à l'infirmerie pour trouver B'Elanna étendue sur le sol. Ils activent le Docteur, qui déclare que B'Elanna souffre d'une réaction à quelque chose qu'elle a mangé. Tuvok remet au Docteur les données collectées par le tricordeur sur le lieu de l'attentat, puis il repart avec Janeway.

Une fois seul, le Docteur disparaît dans un clignotement, puis reparaît presque aussitôt. Il se saisit d'un hypospray, ranime B'Elanna et lui déclare qu'il l'a neutralisée afin de pouvoir couvrir ses traces, à l'égard de « lui » surtout. B'Elanna Torres se rend compte que les sous-programmes ont créé en fait une nouvelle personnalité, ce méchant Docteur, qui l'a paralysée à partir de la taille, veut son aide.

Ses sous-programmes commencent à se dégrader, et il exige qu'elle lui dise comment effacer le véritable HMU. Elle lui répond que s'il détruit le Docteur, il se détruira avec. Le méchant Docteur menace de la torturer, mais il se dégrade rapidement, il décide de demander de l'aide à ses « ancêtres » et se dirige vers le holodeck.

Kes découvre B'Elanna inconsciente sur le biolit. L'ordinateur lui apprend que le Docteur est dans le holodeck. Elle l'y trouve, qui torture les hologrammes historiques. L'abject Docteur la saisit, se dirige vers la salle de téléportation, puis les téléporte tous deux sur la planète, où il se sert d'un tricordeur pour créer un signal de dispersion qui empêchera quiconque de la ramener à bord par téléportation. Le Docteur est furieux lorsque Kes s'adresse à lui en l'appelant « Docteur » : il hait son alter ego, si faible.

Janeway apprend que Kes et le Docteur ont quitté le vaisseau. Elle contacte Tuvok, qui a découvert que le Docteur était l'auteur de l'agression contre Zahir.

Le Docteur entraîne Kes au lodge, où il tente désespérément de régler l'émetteur portatif afin de stabiliser son programme. Il affirme avoir davantage le droit d'exister car il est plus essentiel, elle réplique que la vie intelligente ne peut évoluer que par la coopération. Nakahn vient annoncer au Docteur que son vaisseau est prêt, mais ajoute qu'il ne pourra jamais échapper à Voyager. Le Docteur, furieux, entraîne Kes vers le vaisseau.

Tuvok, Chakotay et Zahir suivent leur piste et coincent le Docteur sur une corniche rocheuse. Il menace de tuer Kes sur le champ s'ils continuent d'approcher. Son programme se dégrade nettement, aussi Chakotay cherche-t-il à gagner du temps.

Kes déclare au Docteur que tout ce qu'il a fait était destiné à la protéger. Refusant d'accepter la vérité, il se précipite avec elle dans le vide. Voyager parvient à rompre le champ de dispersion pendant la chute, et les téléporte tous deux à bord.

B'Elanna supprime immédiatement tous les sous-programmes modifiés. Le Docteur retrouve son état normal, pour apprendre avec plaisir que Kes a décidé de rester avec ceux qui se soucient d'elle.

Banque de données

• Dans un premier temps, Tuvok soupçonne Nakahn d'être implique dans l'attentat contre Zahir, qui l'avait mis dans l'embarras devant le Capitaine Kathryn Janeway.