Durant les années d'occupation Cardassienne, jamais l'âme Bajorane n'a été brisée. Au sein de nombreux groupes de résistance, des hommes et des femmes de grand courage n'ont cessez de lutter au péril de leur vie. Pourtant l'Occupation de Bajor se déroule sous le signe d'une impitoyable brutalité. Les Cardassiens n'ont aucun respect pour la religion et la culture Bajorane.

Malgré cela, au cours des quarante années que dure l'Occupation de Bajor, la religion Bajorane est d'un immense réconfort pour ce peuple, car elle le soude contre l'ennemi.

Plus l'occupation se prolonge et plus il est difficile à l'occupant de maîtriser les Bajorans qui résistent avec courage à l'exploitation de leur monde.

Les Cardassiens pillent toutes les ressources de Bajor, ils se servent des Bajorans comme esclaves, la répression de la religion est féroce. Quiconque est surpris à enseigner la parole des prophètes est emprisonné. Les centres culturels sont détruits.

Peu à peu, la résistance Bajorane prend un tour violent avec la création d'organisations terroristes. Très rapidement des réseaux de résistants entreprennent de frapper les oppresseurs. Des hommes, des femmes, parfois à peine sortis de l'enfance luttent côte à côte, en vue d'un objectif commun : chasser les Cardassiens de Bajor, reconquérir leur planète.

Parmi les groupes les plus actifs figure la cellule de Shakaar Edon. Elle s'illustre notamment à la fin de l'Occupation par la libération du camp de travail de Gallitep. Une autre cellule, Orthania effectue le premier coup de main en dehors de Bajor en attaquant la colonie Cardassienne de Pullok V.

Les membres les plus en vue de la résistance deviennent des héros du peuple Bajoran. Leurs exploits acquièrent souvent ne dimension légendaire, parfois hors proportion avec la réalité. La mort du Gull Zarale figure parmi les hauts faits attribués à Li Nalas, alors qu'en réalité, il a pris Zarale par surprise littéralement au saut du lit. La véracité du récit importe peu, toute victoire, même la plus modeste, entretient l'espoir du peuple Bajoran.

En réaction, les Cardassiens se montrent sans pitié. En témoigne le sort réservé à l'une des cellules Bajoranes les plus actives, basée à Kendra. Bien décidés à anéantir toute résistance, les Cardassiens menacent d'exécuter plus d'un millier d'innocents, si on ne leur révèle pas l'emplacement de la base du réseau.

Pour sauver cers malheureux Kai Opaka divulgue la localisation de la base. Quarante-trois résistants sont tués dont son propre fils. Mais quelque soit la violence des coups portés, les Bajorans ne baissent pas les bras et répliquent toujours.

L’appartenance à la résistance Bajorane est périlleuse, tous les combattants savent qu'ils risquent leur vie à chaque opération. Les réseaux s'efforcent cependant de se protéger au mieux, notamment par un implant intradermique contenant un isotope de tritanium. En cas de capture, le résistant activera ce dispositif afin que ses camarades puissent le repérer et le suivre à la trace pour lui porter secours.

Les résistants ont mis au point de nombreuses méthodes de cryptage et de dissimulation de leurs messages. L'une des plus efficaces fait appel à un signal diffusé sur une étroite bande thêta au sein du rayonnement de fond (qui le masque).

En plus des armes de fabrication Bajoranne, les résistants emploient des fusils disrupteurs de phase Cardassiens. Ces armes d'ordonnance sont redoutablement efficaces (puissance : 4.7 mégajoules - temps de rechargement : 3 millisecondes.)

En 2369, les forces d'occupation Cardassiennes se retirent finalement de Bajor. La décision est prise par le gouvernement civil suite à l'épuisement de la majeure partie des richesses minérales de Bajor.

Cependant, certains d'entre eux décident de ruiner la planète, il est même question de tuer les Bajorans jusqu'au dernier, mais Gul Dukat, juge cette mesure trop extrême. En partant les oppresseurs empoisonnent cependant les réserves d'eau et les terres agricoles, ravagent et incendient les villes et profanent même l'ancien monastère qui est au cœur de la religion Bajorane.

Toutefois, sous la pression diplomatique de la Fédération Unie des Planètes avec laquelle ils viennent de négocier un traité de Paix, les Cardassiens finissent par vider les lieux.

Néanmoins, les Bajorans préfèrent se persuader que ce départ résulte des attaques incessantes des résistants contre le personnel et le matériel Cardassien.