En 2346, Gul Dukat, Officier Cardassien, est nommé Préfet de Bajor et en assure la direction ainsi que le commandement des forces Cardassiennes présentes.

Dés 2360, il est affecté également à la direction de la station minière et poste de commandement, Terok Nor, située en orbite de Bajor. Dukat, dernier Préfet en charge de Bajor avant la fin de l'occupation Cardassienne est coupable d'avoir orchestré de nombreuses atrocités, c'est un des individus les plus détestés par les Bajorans.

A sa décharge, il est toutefois admis qu'il était convaincu qu'une approche plus douce était nécessaire pour réprimer la résistance Bajorane et rendre Bajor propre à la colonisation et son premier acte en tant que Préfet fut d'adoucir un peu les conditions épouvantables régnant dans les camps de travail où trimaient les Bajorans.

La résistance, le remercia de ses "bienfaits" par un attentat qui détruisit un dock orbital et tua 200 Cardassiens. Dés lors, Dukat voua une haine féroce envers les Bajorans qui le lui rendirent bien, Dukat échappa à, pas moins, de 5 attentats.

Malgré l'aversion des Bajorans qu'il professe, il a néanmoins de nombreuses aventures avec de jeunes femmes Bajoranes, et, entre autres, Kira Meru, la mère de Kira Nerys, dont il a une fille, Tora Ziyal.

Dukat s'oppose vivement au retrait des troupes Cardassiennes de Bajor en 2369, car celle-ci s'étant produite durant son administration, cela lui fait perdre la confiance du Centre de Commandement Cardassien et il est rétrogradé au grade de Gul, n'obtenant plus que des commandements de deuxième ordre.

Néanmoins, durant, les trois années qui suivent, il joue un rôle majeur dans les nombreuses interactions survenant entre les militaires Cardassiens et la Fédération.

Revenu sur Deep Space Nine, il est le premier Cardassien que rencontre Benjamin Sisko, nouveau commandant de la station. Leurs rencontres ultérieures assez fréquentes ne seront pas toujours marquées par la civilité.

Accusé d'avoir été impliqué dans la fourniture d'armes au citoyens Cardassiens de la zone démilitarisée, en 2370, il aide Benjamin Sisko dans son enquête, afin de prouver son innocence. Brièvement enlevé par le Maquis, il est sauvé par Sisko.

Il apparaitra, plus tard, que le Commandement Central Cardassien était effectivement responsable de la violation du traité signé entre l'Empire Cardassien et la Fédération.

Après le coup d'état survenu en 2372, Dukat est promu Légat et Conseiller militaire. Lors de l'invasion de l'Union Cardassienne par les Klingons, il parvient, grâce à l'assistance de l'USS Defiant, à évacuer les membres du conseil et à les ramener sur Deep Space Nine, à bord du croiseur Prakesh.

Un peu plus tard, en compagnie de Kira Nerys, il retrouve sa fille Ziyal, ayant d'abord eu l'intention de la tuer, il décide néanmoins de la garder avec lui malgré l'effet que cela risque d'avoir sur sa carrière.

Après son retour avec Ziyal, Dukat est désavoué, non seulement par la société Cardassienne, mais également par sa propre famille, sa femme et ses enfants lui tournent le dos.

Il est rétrogradé et reçoit le commandement d'un petit cargo : le Groumall. Lors d'une mission à bord, en compagnie de Kira Nerys, après avoir assisté à la destruction de l'avant poste de Korma, ils parviennent à s'emparer d'un Oiseau de Proie Klingon.

Dukat tente alors de convaincre le Conseil Cardassien d'utiliser l'Oiseau de Proie capturé pour mener une nouvelle offensive contre les Klingons, mais le Conseil rejette sa proposition, préférant la solution diplomatique.

Ecœuré par l'attitude du Conseil, il décide de se battre de son côté et en 2372, son vaisseau contribue à aider une Away Team dirigée par Benjamin Sisko et dont la mission consiste à infiltrer le Quartier Général Klingon de Ty'Gokor afin de démasquer la présence d'un Fondateur.

En 2373, Dukat est convaincu que la seule façon pour Cardassia de retrouver son ancienne gloire, c'est de rejoindre le Dominion. Lors de pourparlers secrets, il négocie l'entrée de Cardassia dans le Dominion avec lui-même comme dirigeant. Il promet au peuple Cardassien que sous sa direction que tout ce qui avait été perdu serait retrouvé. Au départ, l'entrée dans le Dominion de Cardassia et la venue au pouvoir de Dukat avait été célébrée par de nombreux Cardassiens qui s'étaient senti humiliés par les défaites subies contre la Fédération et les Klingons.

Une de ses premières décisions est de demander aux Dominions de libérer tous les prisonniers du camp d'internement 371, à l'exception d'un seul : Elim Garak, responsable de la mort de son père et amoureux de sa fille Ziyal.

Durant les premières semaines après son entrée en fonction, Dukat expulse les Klingons de l'espace Cardassien et balaie les forces du Maquis grâce à l'aide que lui apportent ses nouveaux alliés. Il remporte également plusieurs victoires, tant contre la Fédération que contre l'Empire Klingon.

La réouverture du Vortex Bajoran ainsi que le passage des renforts du Dominion en direction du Quadrant Alpha devait être son plus grand triomphe.

Malheureusement pour lui, les forces du Dominion sont détruites à l'intérieur même du Vortex par les Prophètes eux même. De plus, les alliés reprennent Deep Space Nine.

Dukat, rendu à demi-fou par ce revers brutal de fortune, sombre complètement dans la folie après le meurtre de sa fille chérie Ziyal par Damar son commandant en second. Il refuse d'évacuer avec le reste des forces du Dominion et est capturé par Starfleet. Par la suite, il souffre d'hallucinations et de paranoïa, traité par les médecins de la Fédération, il est déclaré guérit et sain d'esprit.

A bord de l'USS Honshu, il est sur le point d'être jugé pour crime de guerre lorsque le vaisseau est intercepté par des navires de guerre Cardassiens. Dukat réussi à s'échapper à bord d'une navette en compagnie de son ennemi juré, Benjamin Sisko. Sur la planète, en proie à de nouvelles hallucinations, il tente de tuer Sisko et s'enfuit.

En 2374, de plus en plus obsédé par sa vengeance contre les Bajorans et Sisko, Dukat est persuadé d'avoir trouvé le moyen de détruire le peuple Bajoran et leur Emissaire. Après avoir décrypté les anciens textes de Bajor, il parvient, grâce à un ancien rituel Bajoran, à libérer un Pah-wraiths et à le faire entrer dans son corps.

Ainsi possédé, il se rend sur Deep Space Nine et en détruisant l'Orbe de Contemplation provoque la disparition du Vortex Bajoran. Dans le processus, Dukat provoque également la mort de Jadzia Dax, dont le seul tort était de se trouver là.

Il revient ensuite sur DS9, sous les traits d'un Bajoran, gagne la confiance de Kai Winn Adami et la convainc de libérer les Pah-Wraiths dans les Grottes de Feu en utilisant un livre sacré.

Après avoir tué Winn, Dukat tente de s'unir aux Pah-Wraiths, mais est lui-même éliminé par Sisko avec l'aide des Prophètes. Désormais Dukat demeure à jamais prisonnier avec les Pah-wraiths au cœur des Grottes de Feu.