Alors que l'USS Enterprise NCC-1701 regagne la base stellaire 6 pour un repos bien mérité, Uhura reçoit un message de Starfleet. Malgré les interférences, elle réussit à entendre le nom d'un vaisseau, l'USS Intrepid (à équipage Vulcain), et les coordonnées d'un secteur.

Tout à coup, Spock tremble de douleur et annonce que l'Intrepid vient de « mourir ». Il n'y a aucun moyen de corroborer cette déclaration au moyen des instruments, mais Spock insiste. Kirk l'envoie à l'infirmerie avec McCoy.

Peu après, Uhura parvient à « nettoyer » la transmission de Starfleet, Kirk reçoit l'ordre de se diriger vers le secteur 39J. Tout contact a été perdu avec le système Gamma 7A et l'Intrepid, qui l'explorait. Alors que l'Enterprise change de cap, Chekov indique au Capitaine ce que les senseurs à longue portée montrent : le système solaire et ses milliards d'habitants ont péri.

A l'infirmerie, Spock explique qu'il a ressenti la mort des quatre cents Vulcains à bord de l'Intrepid. Le choc a été si fort qu'il a perçu ce qui se produisait en dépit de la distance. Il est certain qu'ils n'ont eu aucune idée de ce qui leur arrivait, et qu'en tout état de cause, le phénomène leur était incompréhensible.

Spock regagne la passerelle, où Uhura a perdu le contact avec Starfleet. Les senseurs détectent des turbulences énergétiques devant le vaisseau et l'équipage découvre une étrange zone obscure dans l'espace. L'Enterprise ralentit, Kirk lance une sonde et quelques secondes plus tard, l'équipage entend une sorte de gémissement aigu parcourir le vaisseau, dont la moitié des occupants se sentent mal et perdent connaissance.

Le Capitaine Kirk ordonne à Kyle de maintenir le vaisseau en position par rapport à la zone obscure. Spock ne peut tirer de conclusion au sujet du phénomène sans plus de données, mais il indique à Kirk qu'apparemment il s'agit d'une forme d'énergie, qui a très certainement pu tuer l'équipage de l'Intrepid et les habitants du système solaire. Kirk, nettement affaibli, décide de sonder la zone de ténèbres.

L'Enterprise approche de la zone obscure. L'équipage entend de nouveau la plainte stridente. Lorsqu'il s'en remet, les étoiles semblent avoir disparu. Une proportion plus grande de l'équipage a été touchée, McCoy entreprend de distribuer des stimulants. Scotty fait état d'une perte d'énergie inexplicable de cinq pour cent.

Spock rapporte que le son suraigu a été produit lors du passage de l'Enterprise dans une couche-frontière de l'espace. Il pense que le vaisseau et son personnel sont entourés par un champ énergétique incompatible avec leurs processus mécaniques et biologiques. McCoy propose de se placer en sûreté, mais Kirk décide de rester. McCoy le contacte de l'infirmerie pour lui annoncer que, selon les moniteurs, tout le monde à bord est en train de mourir.

Le Capitaine stoppe les moteurs, tandis que l'on essaie de mettre au point une ligne de conduite. Alors que Scotty s'efforce de recalibrer les moteurs, le vaisseau passe en marche arrière, mais bizarrement, il bondit vers l'avant. Spock propose de lancer la propulsion vers l'avant, mais contre toute logique le bâtiment ralentit.

Lors du briefing, McCoy annonce, qu'à mesure que l'on va de l'avant, les fonctions vitales faiblissent. Spock déclare qu'il y a dans la zone obscure quelque chose qui draine les diverses formes d'énergie connues. Il pense que cette même chose a privé d'énergie l'Intrepid et le système solaire. Kirk donne l'ordre à Scotty de concentrer toute la puissance de distorsion et d'impulsion pour déclencher une énorme poussée.

Scotty effectue les différents réglages nécessaires, l'Enterprise se lance en avant toute, sans pouvoir se libérer. L'énorme dépense d'énergie attire une gigantesque entité d'aspect amibien, dont Spock indique qu'elle est la source de la déperdition d'énergie. Une sonde aussitôt lancée indique que l'entité, longue d'environ dix-huit mille kilomètres, est composée de protoplasme.

Le Dr McCoy explique que l'entité est un organisme unicellulaire se nourrissant d'énergie. Afin d'en savoir plus, Spock et lui convainquent Kirk de lancer une navette chargée de recueillir des informations complémentaires. Il s'agit certainement d'une mission suicide, qu'ils veulent néanmoins mener à bien. Finalement, le Capitaine décide d'envoyer Spock.

Celui-ci réussit à pénétrer dans l'entité, il se dirige directement vers son noyau. Bientôt, il indique que l'être semble sur le point de se reproduire. Le contact vocal est perdu, mais il parvient néanmoins à transmettre des données.

Si l'être peut se reproduire, il risque de se multiplier rapidement: il faut le détruire à tout prix. L'Enterprise ne dispose de réserves d'énergie que pour survivre une heure. Spock parvient à transmettre une donnée vitale : il serait possible de détruire l'entité de l'intérieur, mais le signal s'interrompt avant qu'il n'ait pu expliquer comment.

Kirk et McCoy se rendent compte qu'ils doivent produire des anticorps propres à anéantir l'amibe spatiale. Kirk demande à Scotty de concentrer toute la puissance sur les boucliers du vaisseau, afin de pouvoir pénétrer dans l'entité. Ceci fait, Kirk donne l'ordre à Scotty de préparer une charge d'antimatière, puis le vaisseau met le cap sur le noyau. La charge d'antimatière est fixée à une sonde, avec un retard de déclenchement de sept minutes.

Dès qu'elle est logée dans le noyau, l'Enterprise fait marche arrière à pleine vitesse d'impulsion. Il ne reste que quelques secondes pour se mettre à l'abri.

Mais au moment où le vaisseau s'éloigne, on détecte la navette de Spock. Kirk braque deux rayons tracteurs sur celle-ci, perdant ainsi quelques précieuses secondes. Il n'y a plus de puissance, mais l'explosion d'antimatière rompt la membrane de l'entité : les deux vaisseaux sont projetés au loin, sains et saufs.

Banque de données

• Kirk, Spock et McCoy estiment que la gigantesque amibe spatiale (entité unicellulaire) est comparable à une maladie en train d'envahir leur Galaxie, l'Enterprise et son équipage se comporteraient comme des anticorps.