En route vers la passerelle, Chakotay suggère à B'Elanna Torres que tout ne va pas bien à bord de l'USS Voyager NCC-74656, de nombreux membres de l'équipage, issus tant de Starfleet que du Maquis, semblent mécontents du Capitaine Janeway et de Tuvok, une mutinerie couve. Il veut savoir dans quel camp elle va se ranger.
Quand Janeway quitte le bord pour prendre une navette et gagner un vaisseau Rukani, la mutinerie éclate. B'Elanna est du côté de Chakotay. Après avoir neutralisé l'équipe de la passerelle, ils retrouvent Seska, puis tous trois se dirigent vers le mess et s'en assurent rapidement le contrôle. La faction du Maquis est bientôt maîtresse de tout le vaisseau.
A l'arrivée de Tom Paris, B'Elanna arrête le programme : elle était en train de jouer un scénario dans le holodeck. Elle déclare avoir découvert ce programme, qui s'intitule « Insurrection Alpha », en purgeant la base de données. Elle ignore qui a rédigé ce programme crypté, dont l'auteur a de toute évidence voulu rester anonyme.
Tom se met à son tour à « jouer », contre Chakotay d'abord, puis dans le camp des mutins. Il trouve ce programme palpitant, tout comme Neelix, qui a entendu Tom et B'Elanna en parler, après avoir été mis au courant de son existence par le Docteur. Bientôt, tout le monde est dans la confidence.
A sa visite suivante au holodeck, Tom est déçu d'apprendre que le programme s'achève alors que les Paris et Janeway holographiques tentent de reprendre le vaisseau. L'ordinateur ne peut aller plus loin car aucun paramètre narratif supplémentaire n'a été programmé.
Lors d'un briefing, Janeway demande qui a écrit ce holoroman.
Tuvok reconnaît qu'il l'a créé comme programme d'entraînement, mais l'a abandonné lorsqu'il est apparu qu'une mutinerie du Maquis était fort improbable. Comme tout le monde y a apparemment pris grand plaisir, Janeway suggère que Tuvok achève le programme, Tom se porte volontaire pour cette tâche.
Tuvok propose de faire part à Tom de ses projets initiaux de conclusion du scénario, mais Tom choisit de laisser libre cours à son inventivité. Ils se disputent au sujet de la plausibilité des événements scénarisés par Tom, Tuvok préfère le réalisme au drame.
B'Elanna et Neelix s'en mêlent, puis le Docteur apporte ses suggestions. Tom s'irrite de toutes ces offres d'assistance, mais il doit accepter l'aide de Tuvok, qui seul peut faire des ajouts au programme.
Tuvok et Tom se dirigent vers le holodeck. Lorsqu'ils ouvrent les paramètres narratifs, Voyager perd de sa puissance de téléportation, le système de communications tombe en panne et les deux officiers se retrouvent en cellule, où une version holographique de Seska explique qu'elle a trouvé et achevé le programme.
Le holodeck est scellé, il ne réagit pas aux commandes, et les protocoles de sécurité sont désactivés. La Seska du holodeck libère Tom et Tuvok, à qui elle donne dix secondes pour s'enfuir avant de leur tirer dessus. Ils vont trouver la Janeway holographique, qui leur annonce être en route pour la soute afin de libérer les autres officiers. Ils tombent alors sur Seska et Chakotay, Kathryn Janeway est tuée par son propre fusil-phaseur défectueux en essayant de les abattre. Ils vont à l'infirmerie, mais le Docteur les torture.
Hors du holodeck, la véritable Janeway n'a aucun moyen de fermer le programme en toute sécurité, mais elle peut accéder aux paramètres narratifs et procéder à de subtiles modifications. Elle offre ainsi une assistance à Tom et Tuvok, en faisant par exemple apparaître un extincteur lorsqu'ils sont pris dans un incendie de plasma, et leur envoie des messages sur écran. Malheureusement, le programme de Seska réagit à chaque changement : Chakotay capture Tom et Tuvok.
Seska emmène ses prisonniers vers la soute, dans l'intention de les tuer. Janeway réussit à modifier l'hologramme de Chakotay de telle sorte qu'il trahisse Seska, mais celle-ci l'abat. Quelles que soient les modifications apportées, il semble que le programme s'adapte de lui-même pour les surmonter, si bien que Seska reprend toujours le dessus.
La tactique suivante de Janeway consiste à créer un ennemi holographique qui attaque le vaisseau sous la forme de l'espèce que son homologue holographique rencontrait dans une phase antérieure du programme. Paris déclare avoir appelé ces êtres à l'aide. Dans la confusion qui s'ensuit, Tuvok et Tom parviennent à s'armer, mais Seska déclenche le système d'autodestruction, les relais du holodeck du véritable Voyager connaissent alors une surcharge appelée à détruire toute la grille d'alimentation.
Seska annonce à Tom et Tuvok qu'elle n'arrêtera la séquence de sabordage que s'ils lui remettent leurs armes. Tuvok lui donne son phaseur et Tom renvoie le vaisseau assaillant, elle tente néanmoins de les abattre.
Quand Seska presse la détente, son phaseur se comporte comme auparavant celui de Janeway et la « tue », ce qui met fin à la simulation. Vif soulagement de Tom et Tuvok, enfin libres de quitter le holodeck.
Plus tard, au mess, Janeway porte un toast, Tom est fort heureux qu'elle n'ait pas souffert de la hantise de la page blanche. Ils évoquent la possibilité de produire d'autres holo-scénarios de ce type, avec cette restriction qu'ils ne devraient pas être aussi proches de la réalité.
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