La FUP, Etat nation démocratique, est fondée sur certains principes. Elle se donne notamment pour mission de protéger ses citoyens et ses territoires contre toute attaque, mais son engagement pour la paix et la coopération est tel qu'elle ne se laisse entraîner dans des conflits armés que dans des circonstances extrêmes, quand sa survie est en jeu le plus souvent.

Elle commence toujours par rechercher une solution diplomatique (ce qui lui vaut parfois d'être considérée comme « intellectuelle » et faible), mais Starfleet est plus que capable de répondre aux menaces de tous ordres. On peut même dire que la FUP est née de la guerre, c'est à l'issue d'un conflit prolongé contre l'Empire Stellaire Romulien (vers 2160) que la Terre a voulu constituer avec les mondes souverains de Vulcain, Tellar et Andoria, la Fédération Unie des Planètes dans un but de protection mutuelle et de constitution d'un front uni contre d'autres agresseurs potentiels.

Des actions de forces extérieures qui susciteraient des représailles brutales de la part de nations telles que l'Empire Klingon sont traitées de façon très maîtrisée par la Fédération, qui ne fait montre d'aucune agressivité au cours des escarmouches Talariennes des années 2350 au sujet du système de Galen, pas plus qu'en 2268 lors de l'attaque Tholienne contre l'USS Enterprise NCC-1701.

Les options pacifiques ne sont cependant pas toujours viables. Outre ses missions scientifiques et d'exploration, Starfleet joue le rôle de bras armé de la FUP aux frontières. Une situation de guerre larvée règne des années durant entre la Fédération et l'Assemblée Tholienne à la suite d'un incident survenu en 2268.

Près d'un siècle plus tard, en 2353, les Tholiens attaquent des avant-postes de la FUP, ce qui déclenche un conflit. La Fédération a aussi appris qu'il est impossible de raisonner avec certains adversaires, les Borgs en sont un douloureux exemple.

La Fédération ne s'est pas toujours contentée de réagir défensivement, en réaction à des attaques ponctuelles. Dans ses conflits contre l'Union Cardassienne, le Dominion et les Tzenkethis, elle suit un plan de bataille pour vaincre aussi rapidement que possible l'ennemi. Ses forces visent des cibles militaires et industrielles, en s'efforçant d'éviter les dommages collatéraux et la mort de civils non-combattants.

Les Capitaines des navires ont pour ordre de ne pas tirer les premiers, mais quand l'état de guerre est déclaré, la neutralisation de l'ennemi doit intervenir le plus rapidement possible. La Fédération interdit la détention et/ou l'usage de certains armements et munitions.

La plupart des vaisseaux de Starfleet, sont conçus à la fois pour les tâches civiles et militaires (au prix de modifications au coup par coup), mais la Fédération possède aussi de purs vaisseaux de guerre, tels ceux des Class Défiant et Prometheus (au mode d'assaut multivectoriel permettant une attaque sur trois fronts).

Jusqu'au traité de paix de 2366, la Fédération est en conflit territorial avec l'Union Cardassienne, les hostilités reprennent en 2373 quand Cardassia s'allie avec le Dominion du Quadrant Gamma.

Le Quadrant Alpha s'enfonce dans la guerre, à tel point que certains citoyens de la Fédération mettent en question les principes démocratiques et pacifiques de celle-ci. l'Amiral Leyton de Starfleet tente même d'imposer la loi martiale.

Quand les combats prennent fin, en 2375, la Fédération et tout le Quadrant Alpha ont appris une dure leçon : à la guerre, il n'y a ni vainqueur ni vaincu, que des victimes…