La FUP adhère aux strictes lignes de conduite dont elle s'est elle-même pourvue, et qui ont pour objet de préserver en ses frontières une atmosphère détendue non-disruptive, ainsi qu'il sied à une civilisation bienveillante. La règle la plus respectée de toutes est l'Ordre Général de Starfleet n° 1, plus connu sous l'appellation de « Prime Directive ».

Ce guide de conduite s'adresse particulièrement aux Capitaines et aux équipages des vaisseaux d'exploration de Starfleet.

Il stipule sous sa formulation la plus simple que les uns et les autres ne doivent en aucune façon interférer avec le développement naturel des civilisations qui ne sont pas encore capables de sillonner l'espace à vitesse de distorsion.

Une fois qu'une société atteint ce stade vital de développement, on considère que son évolution technologique a atteint un niveau suffisant pour justifier qu'on entame des procédures de premier contact, assorties d'une éventuelle invitation à rejoindre la Fédération.

Comme méthode de protection des sociétés prédistorsionnelles en cours de développement des effets néfastes des exploitations et contaminations étrangères, l'efficacité de la Prime Directive ne saurait être sous-estimée malgré quelques transgressions dûment circonstanciées. Élément d'une importance cruciale de la mission de Starfleet, l'ordre continue de guider les décisions de commandement de tous les Capitaines de vaisseaux spatiaux.

L'instauration de la Prime Directive a été trop tardive pour prévenir certaines interférences culturelles lors de missions comme celle de l'USS Horizon NCC-176 de classe Daedalus, un astronef de la FUP du XXIIe siècle qui avait abordé la planète Sigma Iotia II. L'équipage a causé des dégâts irréparables au développement naturel de cette société en laissant derrière lui un ouvrage intitulé "Les gangs de Chicago des années 1920".

Les Sigma lotiens entraient alors dans une période d'industrialisation intense et l'on avait remarqué leur nette tendance à l'imitation. Pendant les cent ans qui s'écoulèrent entre la visite de l'Horizon et l'arrivée de l'USS Enterprise NCC-1701, l'ouvrage terrestre des années 1920 servit de référence pour bâtir leur toute nouvelle société, altérant à jamais leur évolution.

La FUP estime que la Prime Directive devrait être mise en oeuvre à tout prix, fût-ce même au détriment des vaisseaux et de leurs équipages. Mais en certaines occasions, cette règle a été écartée au motif qu'une interférence supplémentaire permettrait de restaurer l'ordre initial de la société extraterrestre en question, permettant aussi de réparer les torts déjà occasionnés.

Ainsi de l'épisode où le Capitaine James Kirk décide de fournir des fusils à silex au Peuple des Collines de la planète Tyree, afin de préserver l'équilibre des forces lorsque les Klingons donnent des armes similaires à un village voisin. Kirk justifie ses actes en comparant son dilemme aux escarmouches du XXe siècle, sur le continent asiatique de la planète Terre. Deux superpuissances étaient impliquées dans ces conflits larvés, et ni l'une ni l'autre n'avaient réussi à s'extirper de ce bourbier.

Le Dr Leonard McCoy avertit le Capitaine qu'il est peut-être bien en train de condamner par ses actes la planète Tyree à une guerre civile susceptible de durer des années. Hélas, comme l'Ordre Général n°1 ne peut s'appliquer à des mondes non alignés tels que celui des Klingons, qui n'hésitent pas à interférer avec les sociétés primitives (sinon à les conquérir), Kirk estime qu'il n'a plus le choix. Il semble souvent traiter la Prime Directive à la légère quand cela l'arrange.

Pourtant, le Capitaine justifie toujours ses actes, étant d'avis que pareilles transgressions ne sont pas pires en fait que la situation à laquelle telle ou telle culture peut déjà être confrontée. Cela apparaît clairement lors des missions concernant Gamma Trianguli VI, où Kirk annihile le Dieu-Machine Vaal, et la planète Ekos, où il provoque la chute d'un gouvernement fondé sur le mode nazi par la faute d'un sociologue de la FUP, John Gill.

La Prime Directive stipule qu'il ne faut pas s'immiscer dans les sociétés prédistorsionnelles. Mais le Conseil de la Fédération concède que nombre de cultures en cours de développement présentent quoi qu'il en soit un intérêt scientifique certain. En conséquence, Starfleet a mis au point deux méthodes d'observation qui ont le mérite d'éviter toute contamination culturelle des civilisations en question.

La méthode la moins importune, et la plus adaptée dans le cas de l'étude d'une zone densément peuplée, consiste à recourir au déguisement (voire à la transformation chirurgicale) d'un Officier de Starfleet pour lui permettre de se confondre avec les extraterrestres à observer.

On a recours à cette méthode quand le Commander William Riker de l'USS Enterprise NCC-1701-D se téléporte sur Malcor III, havre d'une société en pleine évolution, afin de déterminer la réaction qu'auraient les Malcoriens devant un éventuel premier contact.

Et la mission se déroule comme prévu jusqu'à ce que Riker soit blessé lors d'une émeute et que des scannages internes à l'hôpital de Sikla, révèlent sa véritable nature, celle d'un être Humain.

De même, l'observateur culturel de la Fédération Nikolai Rozhenko, frère adoptif du Lieutenant Worf de l'USS Enterprise, recourt à des retouches d'ordre chirurgical lors de son étude du peuple de Boraal II. Quand la planète est frappée par des réactions plasmoniques qui entraînent une dissipation de son atmosphère, Rozhenko transgresse la Prime Directive en utilisant un bouclier d'énergie pour protéger des villageois qu'il a appris à connaître et à apprécier.

Le Capitaine Jean-Luc Picard refuse d'intervenir en continuant de protéger des villageois qui appartiennent à une ère préindustrielle. Nikolai Rozhenko téléporte alors en secret la population entière dans une re-création holodeck de son monde, afin de tenter de la sauver.

Un des Boraalans s'échappe accidentellement du holodeck et préfère mettre fin à ses jours quand il découvre qu'il se trouve à bord d'un vaisseau spatial Alien.

Cependant, la mission est couronnée de succès : les autres villageois ne savent absolument rien de l'opération délicate qui leur permettra d'être transférés dans un autre monde.

Une méthode beaucoup plus sophistiquée d'observation à couvert implique l'usage d'observatoires camouflés. En 2366, une telle opération a pour cadre la planète Mintaka III pour permettre à une équipe de la Fédération d'observer en secret un peuple indigène de l'âge de bronze.

Hélas, le générateur holographique qui crée une fausse paroi rocheuse en trompe-l'oeil tombe en panne, révélant aux Mintakans l'observatoire étranger.

La situation devient explosive lorsque les Mintakans prennent le Capitaine Jean-Luc Picard pour le « Superviseur », un des héros divins de leur mythologie, ce qui force Picard à outrepasser la Prime Directive pour leur révéler la vérité.

A présent conscients que d'autres civilisations existent par-delà leur monde, les Mintakans ne semblent cependant pas défavorablement affectés par cette découverte. Ils sont libres de poursuivre leur évolution naturelle, sans craindre d'influence extérieure.