La formation du mouvement de résistance du Maquis en 2370, apporte avec elle une divergence d'opinion au sein de Starfleet et de la Fédération. Certains ne voient dans les colons mécontents que de vulgaires terroristes, qui, non seulement influencent la manière de combattre de la faction, mais affecte son approvisionnement en équipements et en armes. D'autres, au contraire considèrent que leur cause est juste et vaut la peine que l'on se batte pour elle.

A leurs débuts, les cellules du Maquis lancent des attaques directes sur les colons Cardassiens lourdement armés, dans les zones contestées situées au sein de la zone démilitarisée, mise en évidence par le situation sur Ronara, impliquant Macias et son peuple. A cette époque, la structure du Maquis est encore assez rudimentaire. Les cellules sont composées d'un Chef de file et de deux seconds coordonnant les actions de leur équipe de combat.

Les Chefs de cellule ne se rencontrent jamais, ce qui signifie que la planification des opérations importantes courent un risque très faible de se voir compromises par une faille des protocoles de sécurité, les dirigeants des différentes cellules ne connaissant que les membres de leur propre groupe. Cette façon de communiquer aide à la transmission sur les mouvements de troupes et la tactique utilisée par les Cardassiens.

Et pour un certain nombre d'années, l'exactitude des informations collectées par le Maquis, frustre tout autant le Commandement Central Cardassien que Starfleet Command. La rapidité avec laquelle les informations circulent permet au Maquis de faire face très rapidement aux nouvelles menaces, d'évaluer l'efficacité de leurs efforts et de les modifier en conséquence.

Parallèlement aux tentatives militaires des Cardassiens destinées à protéger leurs intérêts, les raids localisés prennent de plus en plus d'ampleur, le Maquis adaptant ses attaques en conséquence. Les vaisseaux Cardassiens commencent à être la cible de coup de mains audacieux et d'attaques éclairs, mais même si certaines de ces attaques sont réussies, de nombreuses et douloureuses leçons en sont le prix.

Le Maquis réussit cependant à attirer dans ses rangs des pilotes talentueux et expérimentés, capables de tirer le meilleur parti de leur collection hétéroclite de vaisseaux mal armés et vieillissants, à un point tel que les plus petits vaisseaux maquisards peuvent venir à bout de vaisseaux deux fois plus grands et deux fois mieux armés qu'eux.

Le Maquis utilise des techniques de guérilla, où il met en place des scénarios complexes en cas de besoin et prend pour cible tout ce qui peut constituer une menace pour la cause. Comme de nombreuses cellules sont très réactives et adaptables, elles peuvent couvrir une grande surface de terrain au même moment, frapper des cibles différentes, puis fuir se mettre en sécurité à l'abri de petites bases parfaitement occultées.

Dans un premier temps, le Maquis est davantage considéré comme une gène que comme une réelle menace militaire, mais la destruction du Vaisseau Bok'Nor par un fermier de la Fédération annonce un profil beaucoup plus agressif pour le mouvement. Les choix des cibles commence à changer s'éloignant des menaces Cardassiennes avérées pour se diriger vers une approche plus préventive. Cela renforce le point de vue de beaucoup, que le Maquis n'est qu'une bande de terroristes très bien organisée. La connexion avec Starfleet devient plus apparente lorsque de nombreux officiers supérieurs commencent à faire défection pour rejoindre les rangs du Maquis.

La tactique du Maquis prend un nouveau tournant dramatique lorsqu'un de leurs sympathisants, Calvin Hudson, kidnappe Gul Dukat dans une tentative pour forcer le gouvernement Cardassien à réévaluer sa position.

L'ampleur et l'efficacité des attaques surprises du Maquis, très nombreuses à cette époque, montrent que de réelles attaques militaires sont désormais orchestrées, montrant une confiance croissante dans la capacité des cellules du Maquis à causer de réels dommages.

Les attaques comme celle contre le dépôt d'armes Cardassien de Bryma sont méticuleusement préparées tout comme l'attaque de la colonie Yridienne à la frontière de la Zone Démilitarisée. Le vol d'équipements appartenant à la Fédération, comme des réplicateurs et des phasers de type-2 aide à la guerre sur le terrain faisant du Maquis un adversaire redoutable. Le point culminant de leur pouvoir est souvent considéré comme atteint lors de la mise hors de combat de l'USS Malinche.

L'alliance entre le Dominion et Cardassia adoucit l'attitude de la Fédération par rapport au Maquis. Il y a désormais une réelle chance de soutien mutuel, mais les attaques incessantes des forces Jem Hadar et Cardassiennes anéantissent les combattants de la liberté. Ironie du sort, le noyautage de leurs cellules qui s'était révélé si efface, précipite leur perte, le Dominion étant en mesure de réduire le Maquis en un petit nombre de factions totalement isolées et incapables de faire face seules aux forces dressées contre elles.

L'informateur de la Fédération Cing'ta a un accident, lorsque le Maquis découvre sa trahison, il l'abandonne, avec sa navette sur une planète hostile, mais il lui laisse la vie sauve. Le meurtre n'entre pas dans la ligne du Maquis.

Michael Eddington désactive l'USS Defiant en plaçant ses noyaux de mémoire dans l'ordinateur de bord afin d'y introduire un virus en cascade. Ce virus l'empêche de tirer ou de dresser ses boucliers.

Peu de gens dans la Fédération sont en désaccord avec les droits que défend le Maquis, mais reprouvent les méthodes terroristes utilisées. Il est à cet effet très important que le Maquis prenne garde à ne pas se couper de ses partisans et examine soigneusement le pour et le contre de ses attaques.

En 2373, alors que la victoire est presqu'acquise, la décision de leur leader Michael Eddington d'utiliser une arme biogénique est vue par beaucoup comme une erreur tactique, prendre pour cible des objectifs militaires est une chose, mais utiliser du dislenide de cobalt sur une colonie de civils afin de rendre la planète Veloz inhabitable pour les Cardassiens est jugé comme inacceptable, tout comme la décision d'ouvrir le feu sur le navire Cardassien chargé d'évacuer Quatal.