Michael Eddington est nommé en 2371 agent de liaison de Starfleet Security à bord de Deep Space Nine, où il se présente à bord de l'USS Defiant NX-72405.

Son affectation à la station soulève des objections de la part du Cder Benjamin Sisko, qui estime le constable Odo parfaitement capable d'assurer la sécurité de Deep Space Nine. Mais le Defiant intègre un dispositif d'occultation prêté par les Romuliens, et la FUP juge nécessaire de désigner un officier de Starfleet aguerri pour veiller à sa sécurité.

L'apparition du Dominion du Quadrant Gamma en tant que menace potentielle pour la paix est un autre facteur majeur de la nomination d'Eddington, cela d'autant plus qu'Odo est un Korrigan.

Pour atténuer les rancœurs, Sisko délègue les affaires de sécurité ayant trait à Starfleet à Eddington, et celles qui concernent la station à Odo, mais ce dernier n'envisage pas moins de démissionner.

Odo finit néanmoins par reconnaître en Eddington un égal et un partenaire dans le maintien de la sécurité à bord de la station. Cette acceptation est facilitée par la manière qu'a Eddington d'aborder son travail : respect scrupuleux des règlements et consignes, dévouement à la cause de la justice sont ses mots d'ordre.

Après des débuts plutôt rudes, Eddington et Odo établissent des rapports professionnels étroits. Eddington a pour responsabilité directe la sécurité de Starfleet, mais Odo et lui travaillent en équipe pour la plupart des missions.

Eddington n'oeuvre seul que lorsque la situation touche à des affaires très secrètes de Starfleet, en pareil cas, il va jusqu'à exclure Sisko de ses relations avec le QG de Starfleet.

Eddington exécute les ordres directs du Vice-Amiral Toddman de Starfleet Security, même lorsque ces ordres sont en contradiction avec les plans de Sisko, notamment lors des incursions illicites du Defiant dans le Quadrant Gamma. Dans de telles circonstances, il ne fait rien pour dissimuler ses agissements. Sisko, certes irrité de ces ingérences, comprend cependant qu'Eddington ne peut désobéir aux ordres de Starfleet.

Eddington suscite l'admiration de ses pairs au sein de Starfleet pour son professionnalisme et son sens du devoir, mais, à son arrivée à bord de Deep Space Nine, il constitue une variable inconnue. Diplômé avec mention de l'Académie de Starfleet, il a gravi les échelons jusqu'à son grade actuel de Lieutenant-Commander.

En tant qu'individu, il échappe à toute définition simple, ce solitaire a pour habitude d'œuvrer en coulisses.

En dehors de son travail, Eddington ne fréquente guère le personnel de la station. On le voit rarement au bar de Quark, et il ne laisse rien paraître de sa vie privée. Il évite d'exprimer ses opinions sur les sujets prêtant à controverse, même lorsqu'on le presse, par exemple, quand Worf et le Chef O'Brien débattent des mérites du Maquis. « Je n'ai aucune opinion sur le Maquis » : telle est l'unique apport d'Eddington à la discussion.

Peu après sa promotion au grade de Capitaine, Sisko a un aperçu des ressorts de la personnalité d'Eddington, au cours d'un bref échange à bord du Defiant lors d'une périlleuse mission en territoire Tzenkethi.

Eddington félicite Sisko de sa promotion, ce dernier l'en remercie, mais ajoute que son nouveau grade ne change pas grand-chose. L'important, c'est qu'il aime son travail. Eddington réplique que, lorsqu'on entre dans Starfleet, on vise le fauteuil de Capitaine, mais que lui-même a peu de chances de l'obtenir par la filière « Sécurité ».

Sisko indique qu'il pourrait toujours demander sa mutation à un poste de commandement. « Mais alors, qui donc protégerait l'Ambassadeur ? », répond Eddington, ce qui donne à penser qu'il a trouvé sa voie et s'y sent à l'aise, bien qu'elle ne mène pas au fauteuil tant convoité de Capitaine. A l'époque, rien ne laisse deviner combien cette impression est éloignée de la réalité.

En 2372, après avoir été à plusieurs reprises sévèrement défaits par les Klingons, les Cardassiens demandent à la Fédération de leur allouer des réplicateurs industriels pour les aider à relancer leur industrie gravement affaiblie.

Eddington, dans son rôle de Chef de la Sécurité de Starfleet, est le pivot de cette opération secrète. Il assure la coordination avec le QG de Starfleet et met les officiers de Deep Space Nine au courant du transfert à venir. Les réplicateurs destinés à Cardassia doivent transiter par la station spatiale. Eddington a veillé à entourer ce transfert des mesures de sécurité les plus strictes, mais le maillon faible est Eddington lui-même.

Au cours du transfert, il apparaît qu'Eddington est un membre haut placé du Maquis. Il organise le détournement de la cargaison de réplicateurs industriels destinés aux Cardassiens et leur livraison à une base secrète du Maquis dans les Badlands. Eddington contacte ensuite Sisko par le canal des communications subspatiales. Il refuse de s'excuser de ses actes ou même de révéler les motivations qui l'ont conduit à abandonner sa carrière dans Starfleet pour rejoindre le Maquis.

Eddington demandent à Sisko de ne pas se mêler des affaires du Maquis. Il déclare que les rebelles sont les ennemis des Cardassiens et non de la Fédération, mais que, si cette dernière ne met pas un terme à ses envois de réplicateurs aux Cardassiens, elle aura à faire face à bien d'autres ennuis que de simples détournements.

Sisko, furieux qu'Eddington ait trahi son engagement envers Starfleet, ne goûte guère cette menace implicite.

Eddington déclare que la Fédération est obsédée par le Maquis, peut-être parce que les membres de Starfleet sont si nombreux à avoir rejoint le Maquis que la Fédération pense que tout le monde devrait rejoindre sa propre organisation.

Il pense que les réplicateurs sont envoyés aux Cardassiens afin qu'un jour eux aussi puissent « prendre la place qui leur revient au sein du Conseil de la Fédération.

Il ajoute que, selon lui, la Fédération est pire que les Borgs, qui au moins font part de leurs objectifs d'assimilation. La Fédération, plus insidieuse, assimile des individus qui n'en sont pas même conscients.

Sisko réfute cette argumentation. Il juge qu'Eddington a trahi son uniforme et son devoir, et jure de le traquer où qu'il aille. Un jour, aussi longtemps que cela lui prenne, il veillera à ce que Michael Eddington soit traduit en justice.